Estudo Estrutural de Parte do Domínio M2 do Receptor P2X7 Humano

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Ferreira, Dinarte Neto Moreira
Data de Publicação: 2013
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/26849
Resumo: O receptor P2X7 é um canal iônico trimérico ativado por ligante. Quando ativado pelo ATP, seu agonista natural, abre um canal cátion seletivo, entretanto, quando ativado por altas concentrações de ATP a célula se torna permeável a corantes de alto peso molecular por um poro não seletivo de identidade desconhecida. Há duas hipóteses para a abertura deste poro, a primeira consiste na dilatação do próprio canal iônico e a segunda consite na necessidade de recrutar novas subunidades para a formação do poro, contudo estas hipóteses permanecem controversas na literatura. Não há modelos estruturais derivados de estudos de ressonância magnética nuclear ou cristalografia de raios-x na literatura que venham a auxiliar nesta questão. O entendimento dos mecanismos de ativação do P2X7R poderia ajudar no desenho de novos antagonistas de potencial clínico, visto que a ativação do P2X7R está envolvido com dor neuropática, doenças inflamatórias como a artrite reumatoide e leucemia linfocítica. Dados na literatura sugerem que o P2X7R possui dois domínios transmembrana por subunidade e que o domínio transmembrana 2 forma a luz do canal iônico. Entretanto, algoritmos especializados na predição de hélices transmembrana não entram em acordo sobre quais resíduos formariam a região transmembrana 2 do P2X7R.Todas as predições se focam em uma região de 47 resíduos altamente hidrofóbica, mas variam em relação a quais resíduos estariam atravessando a membrana Além disso, esta região hidrofóbica contém resíduos consenso entre todos os subtipos P2X. Desta maneira, fomos estudar parte deste segmento hidrofóbico que foi denominado peptídeo ADSEG (FGIRFDILVFGTGGKFDIIQLVVY). Dados publicados pelo nosso grupo mostram que, assim como os domínios transmembrana do receptor de AcH e de glicina, este peptídeo era capaz de formar canais iônicos cátions seletivos em membranas artificiais. Estas informações sugerem que este segmento tem um papel importante na seletividade iônica do P2X7R e pode estar localizado na membrana ou na região adjacente, podendo adentrar a membrana durante o mecanismo de ativação, possivelmente durante a abertura do poro não seletivo. Neste trabalho determinamos a estrutura do peptídeo ADSEG por RMN utilizando o DMSO como mimético de membrana e verificamos a estabilidade da estrutura de menor energia obtida por dinâmica molecular, como uma maneira de refinar a estrutura. O peptídeo se apresentou estruturado em parte em \03B1-hélice e parte em folha-\03B2, em acordo com os resultados na literatura por FTIR (Fourier Transform Infrared Spectroscopy). Este dobramento poderia explicar o fato dos programas de predição de hélices transmembrana não entrarem em acordo se esta região, que é altamente hidrofóbica, poder estar ou não atravessando a membrana. Novos experimentos são necessários para sustentar se este segmento esta ou não localizado na região transmembrana 2 do P2X7 e se ele estaria participando a atividade de canal iônico ou na de poro não seletivo.
id CRUZ_8c4074f2636aa2975dc5041edef717d0
oai_identifier_str oai:www.arca.fiocruz.br:icict/26849
network_acronym_str CRUZ
network_name_str Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
repository_id_str 2135
spelling Ferreira, Dinarte Neto MoreiraAlves, Luiz Anastacio2018-06-12T17:41:53Z2018-06-12T17:41:53Z2013FERREIRA, Dinarte Neto Moreira. Estudo Estrutural de Parte do Domínio M2 do Receptor P2X7 Humano. 2013. 82 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular)-Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2013.https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/26849O receptor P2X7 é um canal iônico trimérico ativado por ligante. Quando ativado pelo ATP, seu agonista natural, abre um canal cátion seletivo, entretanto, quando ativado por altas concentrações de ATP a célula se torna permeável a corantes de alto peso molecular por um poro não seletivo de identidade desconhecida. Há duas hipóteses para a abertura deste poro, a primeira consiste na dilatação do próprio canal iônico e a segunda consite na necessidade de recrutar novas subunidades para a formação do poro, contudo estas hipóteses permanecem controversas na literatura. Não há modelos estruturais derivados de estudos de ressonância magnética nuclear ou cristalografia de raios-x na literatura que venham a auxiliar nesta questão. O entendimento dos mecanismos de ativação do P2X7R poderia ajudar no desenho de novos antagonistas de potencial clínico, visto que a ativação do P2X7R está envolvido com dor neuropática, doenças inflamatórias como a artrite reumatoide e leucemia linfocítica. Dados na literatura sugerem que o P2X7R possui dois domínios transmembrana por subunidade e que o domínio transmembrana 2 forma a luz do canal iônico. Entretanto, algoritmos especializados na predição de hélices transmembrana não entram em acordo sobre quais resíduos formariam a região transmembrana 2 do P2X7R.Todas as predições se focam em uma região de 47 resíduos altamente hidrofóbica, mas variam em relação a quais resíduos estariam atravessando a membrana Além disso, esta região hidrofóbica contém resíduos consenso entre todos os subtipos P2X. Desta maneira, fomos estudar parte deste segmento hidrofóbico que foi denominado peptídeo ADSEG (FGIRFDILVFGTGGKFDIIQLVVY). Dados publicados pelo nosso grupo mostram que, assim como os domínios transmembrana do receptor de AcH e de glicina, este peptídeo era capaz de formar canais iônicos cátions seletivos em membranas artificiais. Estas informações sugerem que este segmento tem um papel importante na seletividade iônica do P2X7R e pode estar localizado na membrana ou na região adjacente, podendo adentrar a membrana durante o mecanismo de ativação, possivelmente durante a abertura do poro não seletivo. Neste trabalho determinamos a estrutura do peptídeo ADSEG por RMN utilizando o DMSO como mimético de membrana e verificamos a estabilidade da estrutura de menor energia obtida por dinâmica molecular, como uma maneira de refinar a estrutura. O peptídeo se apresentou estruturado em parte em \03B1-hélice e parte em folha-\03B2, em acordo com os resultados na literatura por FTIR (Fourier Transform Infrared Spectroscopy). Este dobramento poderia explicar o fato dos programas de predição de hélices transmembrana não entrarem em acordo se esta região, que é altamente hidrofóbica, poder estar ou não atravessando a membrana. Novos experimentos são necessários para sustentar se este segmento esta ou não localizado na região transmembrana 2 do P2X7 e se ele estaria participando a atividade de canal iônico ou na de poro não seletivo.P2X7 receptor is a trimeric ligand-gated ion channel. When activated by the naturally ocurring agonist ATP it opens a cation selective channel, however, when activated by high ATP concentrations, it allows the cells to become permeable to large wheight dyes thought a unindentified non selective pore. There are two hypotesistho this phenomena: the first one consists in a dilatation of the ion channel itself and the second highlights the need of another subunit to assembly the pore, however, this issue remains controversal in the literature. There are no structural models avaliable from nuclear magnectic ressonance or x-ray cristallography studies that help one to solve this issue. The understanding of the P2X7R activation underlying mechanisms may help to design new antagonists, that can be used in clinic, once P2X7R activation is related to disased such as neuroptic pain, inflammatory diseases and lymphocytic leucemia. Avaliable data in literature suggests two transmembrane domains per subunit and the second transmembrane domais forms the ion conducting pathway. However, algorithms specialized in predict membrane spannig segments do not agree in wich residues spans the membrane The predictions keep in a high hydrophobicity 47 residues segment but varies in wich residues would be in contact with the membrane.In this contexto, we begin to studieparto f this hidrophobic segment, and called it ADSEG peptide. Data published by our group shows that, as seem for AcHR and GlyR transmembrane segments, this peptide can form cátion selective channels in articial bilayers. This data suggests that this segmente might play an importante role in P2X7R ion selectivity and may be localized in the membrane or adjacente to it and play a role in the non seletive pore formation indeed. In this work, we solve the structure of the ADSEG peptide in DMSO as a membrane mimetic enviroment and inspect it stability of the less energy structure by molecular dynamics simulations as a manner to refine the structure. The peptide shows structured part in \03B1-helix and part in \03B2-sheet, in agrément with previous data in literature by FTIR spectroscopy. This fold pattern may explain the fact that the \03B1-helix membrane spanning predctions algorithms cannot agree in wich of the hydrophobic segment residues are buried in the membaneenviroment. New experiments are needed to support wheather this segment is o is not localizes in the P2X7R second transmembrane domain and if it is plays a role in ion channel or non-selective pore formation mechanism.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porCanais IônicosSimulação de Dinâmica MolecularEspectroscopia de Ressonância MagnéticaPotenciais da MembranaCanais Iônicos de Abertura Ativada por LiganteEstudo Estrutural de Parte do Domínio M2 do Receptor P2X7 Humanoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2013Instituto Oswaldo CruzFundação Oswaldo CruzRio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecularinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/26849/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINALdinarte_ferreira_ioc_mest_2013.pdfapplication/pdf2912758https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/26849/2/dinarte_ferreira_ioc_mest_2013.pdf4b9fc37af94e1763435d14f3b8d86b69MD52TEXTdinarte_ferreira_ioc_mest_2013.pdf.txtdinarte_ferreira_ioc_mest_2013.pdf.txtExtracted texttext/plain158199https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/26849/3/dinarte_ferreira_ioc_mest_2013.pdf.txt8318f3ead5616d12d66e9da2bc9b9763MD53icict/268492022-06-24 13:03:01.565oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352022-06-24T16:03:01Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Estudo Estrutural de Parte do Domínio M2 do Receptor P2X7 Humano
title Estudo Estrutural de Parte do Domínio M2 do Receptor P2X7 Humano
spellingShingle Estudo Estrutural de Parte do Domínio M2 do Receptor P2X7 Humano
Ferreira, Dinarte Neto Moreira
Canais Iônicos
Simulação de Dinâmica Molecular
Espectroscopia de Ressonância Magnética
Potenciais da Membrana
Canais Iônicos de Abertura Ativada por Ligante
title_short Estudo Estrutural de Parte do Domínio M2 do Receptor P2X7 Humano
title_full Estudo Estrutural de Parte do Domínio M2 do Receptor P2X7 Humano
title_fullStr Estudo Estrutural de Parte do Domínio M2 do Receptor P2X7 Humano
title_full_unstemmed Estudo Estrutural de Parte do Domínio M2 do Receptor P2X7 Humano
title_sort Estudo Estrutural de Parte do Domínio M2 do Receptor P2X7 Humano
author Ferreira, Dinarte Neto Moreira
author_facet Ferreira, Dinarte Neto Moreira
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Ferreira, Dinarte Neto Moreira
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Alves, Luiz Anastacio
contributor_str_mv Alves, Luiz Anastacio
dc.subject.other.pt_BR.fl_str_mv Canais Iônicos
Simulação de Dinâmica Molecular
Espectroscopia de Ressonância Magnética
topic Canais Iônicos
Simulação de Dinâmica Molecular
Espectroscopia de Ressonância Magnética
Potenciais da Membrana
Canais Iônicos de Abertura Ativada por Ligante
dc.subject.decs.pt_BR.fl_str_mv Potenciais da Membrana
Canais Iônicos de Abertura Ativada por Ligante
description O receptor P2X7 é um canal iônico trimérico ativado por ligante. Quando ativado pelo ATP, seu agonista natural, abre um canal cátion seletivo, entretanto, quando ativado por altas concentrações de ATP a célula se torna permeável a corantes de alto peso molecular por um poro não seletivo de identidade desconhecida. Há duas hipóteses para a abertura deste poro, a primeira consiste na dilatação do próprio canal iônico e a segunda consite na necessidade de recrutar novas subunidades para a formação do poro, contudo estas hipóteses permanecem controversas na literatura. Não há modelos estruturais derivados de estudos de ressonância magnética nuclear ou cristalografia de raios-x na literatura que venham a auxiliar nesta questão. O entendimento dos mecanismos de ativação do P2X7R poderia ajudar no desenho de novos antagonistas de potencial clínico, visto que a ativação do P2X7R está envolvido com dor neuropática, doenças inflamatórias como a artrite reumatoide e leucemia linfocítica. Dados na literatura sugerem que o P2X7R possui dois domínios transmembrana por subunidade e que o domínio transmembrana 2 forma a luz do canal iônico. Entretanto, algoritmos especializados na predição de hélices transmembrana não entram em acordo sobre quais resíduos formariam a região transmembrana 2 do P2X7R.Todas as predições se focam em uma região de 47 resíduos altamente hidrofóbica, mas variam em relação a quais resíduos estariam atravessando a membrana Além disso, esta região hidrofóbica contém resíduos consenso entre todos os subtipos P2X. Desta maneira, fomos estudar parte deste segmento hidrofóbico que foi denominado peptídeo ADSEG (FGIRFDILVFGTGGKFDIIQLVVY). Dados publicados pelo nosso grupo mostram que, assim como os domínios transmembrana do receptor de AcH e de glicina, este peptídeo era capaz de formar canais iônicos cátions seletivos em membranas artificiais. Estas informações sugerem que este segmento tem um papel importante na seletividade iônica do P2X7R e pode estar localizado na membrana ou na região adjacente, podendo adentrar a membrana durante o mecanismo de ativação, possivelmente durante a abertura do poro não seletivo. Neste trabalho determinamos a estrutura do peptídeo ADSEG por RMN utilizando o DMSO como mimético de membrana e verificamos a estabilidade da estrutura de menor energia obtida por dinâmica molecular, como uma maneira de refinar a estrutura. O peptídeo se apresentou estruturado em parte em \03B1-hélice e parte em folha-\03B2, em acordo com os resultados na literatura por FTIR (Fourier Transform Infrared Spectroscopy). Este dobramento poderia explicar o fato dos programas de predição de hélices transmembrana não entrarem em acordo se esta região, que é altamente hidrofóbica, poder estar ou não atravessando a membrana. Novos experimentos são necessários para sustentar se este segmento esta ou não localizado na região transmembrana 2 do P2X7 e se ele estaria participando a atividade de canal iônico ou na de poro não seletivo.
publishDate 2013
dc.date.issued.fl_str_mv 2013
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2018-06-12T17:41:53Z
dc.date.available.fl_str_mv 2018-06-12T17:41:53Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv FERREIRA, Dinarte Neto Moreira. Estudo Estrutural de Parte do Domínio M2 do Receptor P2X7 Humano. 2013. 82 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular)-Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2013.
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/26849
identifier_str_mv FERREIRA, Dinarte Neto Moreira. Estudo Estrutural de Parte do Domínio M2 do Receptor P2X7 Humano. 2013. 82 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular)-Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2013.
url https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/26849
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)
instacron:FIOCRUZ
instname_str Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)
instacron_str FIOCRUZ
institution FIOCRUZ
reponame_str Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
collection Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
bitstream.url.fl_str_mv https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/26849/1/license.txt
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/26849/2/dinarte_ferreira_ioc_mest_2013.pdf
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/26849/3/dinarte_ferreira_ioc_mest_2013.pdf.txt
bitstream.checksum.fl_str_mv 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33
4b9fc37af94e1763435d14f3b8d86b69
8318f3ead5616d12d66e9da2bc9b9763
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)
repository.mail.fl_str_mv repositorio.arca@fiocruz.br
_version_ 1798324826875625472