Detecção de polimorfismos de base única em etiquetas de seqüências expressas de Schistosoma mansoni

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Simões, Mariana Crivellari Machado
Data de Publicação: 2005
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/34681
Resumo: CAPES, FIOCRUZ e Fogarty-NIH
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spelling Simões, Mariana Crivellari MachadoBahia, DianaOliveira, Guilherme Corrêa deFranco, Glória ReginaMoreira, Luciano AndradeOliveira, Guilherme Corrêa de2019-08-08T18:08:30Z2019-08-08T18:08:30Z2005SIMõES, Mariana Crivellari Machado. Detecção de polimorfismos de base única em etiquetas de sequências expressas de Schistosoma mansoni. 2005. 155 f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Centro de Pesquisas René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, 2005.https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/34681CAPES, FIOCRUZ e Fogarty-NIHA aplicação de marcadores moleculares tem sido útil na investigação genética de parasitos de importância médica e seus hospedeiros. A correlação de tipos genéticos com dados clínicos tem sido realizada com o uso de marcadores moleculares polimórficos. Marcadores tipo SNPs (polimorfismos de base única) são o tipo mais comum de variação de seqüência encontrados em eucariotas. Sabe-se que os SNPs são marcadores dialélicos altamente estáveis, cuja estimativa de freqüência pode ser realizada com relativa facilidade. Não obstante, até o presente trabalho, SNPs não foram descritos em larga escala no parasito Schistosoma mansoni. Nesse contexto, nosso principal objetivo foi identificar polimorfismos de base única em etiquetas de sequências expressas (ESTs) de S. mansoni. As 61.002 ESTs utilizadas na detecção de SNPs foram geradas pela Rede Genoma de Minas Gerais, através da técnica de sequenciamento parcial de cDNAs. As sequências foram processadas por um sistema automatizado que foi desenvolvido a partir do uso de programas públicos (PHRED/CROSS_MATCH/PHRAP/CONSED) e um novo programa de busca por SNPs, cSNPer. O cSNPer foi escrito na linguagem C pelo nosso grupo e identifica polimorfismos em arquivos do tipo .ace gerados por programas de agrupamento, como o Phrap, e analisa a conseqüência da mutação para a proteína codificada. Foram identificados 2.303 possíveis SNPs em 863 agrupamentos, sendo utilizado o valor de qualidade nas ESTs de Phred ≥ 20, na seqüência consenso de Phred ≥ 40 e nas bases vizinhas de Phred ≥ 15. Foi analisada a presença de SNPs em genes candidatos à vacina, nas quais Sm14, Sm23, catepsina B e GST apresentaram-se polimórficos. Em seguida, foi realizada a validação da presença de SNPs no gene da catepsina B. A catepsina B é responsável por degradar hemoglobina presente no sangue do hospedeiro humano, que é a principal fonte de nutrição do Schistosoma. Foi identificada a presença de 16 SNPs na seqüência da catepsina B, sendo que 6 resultaram na mudança do aminoácido codificado. Com o propósito de verificar se a presença dessas mutações não-sinônimas poderiam estar modificando a estrutura da proteína e, possivelmente, alterando a sua função, foi realizada a modelagem por homologia da catepsina B do parasito, utilizando o programa Modeller. As análises dos aminoácidos na estrutura modelo e na estrutura mutante foram realizadas utilizando o programa STING. Foi observado que as mudanças de aminoácido encontradas, provavelmente, não alteram a estrutura da proteína e, conseqüentemente, a sua função.Molecular markers have shown to be useful in genetic investigations on parasites of medical importance and their hosts. A correlation between genetic types and clinical data has been established by using polymorphic molecular markers. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) molecular markers are the most common kind of sequence change found in eucaryotes. It is well known that SNPs are highly stable diallelic markers, whose frequency estimate may be easily made. Nevertheless, up to the present investigation, such molecular markers have not been studied in Schistosoma mansoni. Within this context, we aimed at identifying single nucleotide polymorphism in expressed sequence tags (ESTs) of S. mansoni. A total of 61.002 ESTs were generated by the Schistosoma mansoni Genome Project of the State of Minas Gerais by partially sequencing cDNAs using the ESTs classic strategy used for detecting SNPs. The sequences were processed by an automated system developed using PHRED/CROSS_MATCH/PHRAP/CONSED and a new program of search for SNPs, cSNPer. cSNPer was written in C language by our group to identify polymorphisms in ace files generated by clusters tools such as Phrap, and also the consequence of the mutantion on the codificate protein . A total of 2.303 possible SNPs were identified in 863 clusters using a quality value of Phred ≥ 20 for ESTs, Phred ≥ 40 for the consensus sequence and Phred ≥ 15 for neighbouring bases (NQS). The presence of SNPs was analyzed in vaccine candidate genes, which are polymorphic: Sm14, Sm23; catepsin B and GST. We validated the SNPs in the catepsin B gene. This enzyme is responsible for degrading hemoglobin in human host’s blood, which is the main nutrition source for Schistosoma. A total of 16 SNPs were identified in catepsin B, 6 which resulted in non-synonym aminoacid change. Aimed at verifying whether the presence of such non-synonym mutations could be modifying the protein structure, and, consequently, its function, a model based on homology of the parasite catepsin B was produced using the software Modeller. Structure analysis was carried out with the software STING. The results obtained indicate that the aminoacid sequence changes probably did not alter the protein structure, and consenquently its function.Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil.porDetecção de polimorfismos de base única em etiquetas de seqüências expressas de Schistosoma mansoniDetention of polimorphisms of only base in labels of express sequences of Schistosoma mansoniinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2005Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Rene Rachou. Belo Horizonte, MG, BrasilMestrado AcadêmicoBelo Horizonte/MGFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa René Rachou. Programa de Pós Graduação em Ciências da Saúde. Área de Concentração Biologia Celular e MolecularEsquistossomosePolimorfismo de Um Único NucleotídeoSequências Expressas Marcadorasinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/34681/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINALmariana_crivellari_machado.pdfapplication/pdf5083206https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/34681/2/mariana_crivellari_machado.pdf612178a8e7970325d364e233bee25b7dMD52TEXTmariana_crivellari_machado.pdf.txtmariana_crivellari_machado.pdf.txtExtracted texttext/plain205745https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/34681/3/mariana_crivellari_machado.pdf.txta7cc3c9baaeb5bf2389f17b24fe62006MD53icict/346812022-08-04 09:48:09.95oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352022-08-04T12:48:09Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
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