Candida tropicalis: Epidemiologia Molecular de isolados clínicos em Hospital Universitário de Minas Gerais

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Moreira, Lucas Machado
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/48569
Resumo: O aumento da prevalência de infecções nosocomiais causadas por Candida tropicalis descreve a espécie como um patógeno emergente em escala mundial. Esse fenômeno, somado a fatores predisponentes como o aumento no número de casos de pacientes gravemente imunocomprometidos, elevam as taxas de morbimortalidade associadas às infecções por C. tropicalis. Frente a esse cenário, o estudo objetivou avaliar por meio de ferramentas moleculares de menor custo, a epidemiologia dos isolados de C. tropicalis identificados como agentes etiológicos de quadros de candidíase invasiva em um Hospital Universitário de Minas Gerais. Um número de 110 isolados fúngicos, oriundos de episódios de candidíase que ocorreram no período de janeiro de 2013 a janeiro de 2017, presuntivamente identificados como C. tropicalis, por meio de metodologia convencional, foram incluídos no estudo. A identificação fenotípica dos isolados envolveu avaliação em CHROMagar® Candida, onde 93 isolados desenvolveram coloração azul e 17 apresentaram coloração inespecífica. A avaliação da macromorfologia dos isolados exibiu 4 variantes morfológicas descritas como cotonosa, micelial, lisa e rugosa. A identificação bioquímica dos isolados foi realizada em sistema Vitek® 2 YST Card e apresentou 17 perfis bioquímicos distintos compatíveis com a identificação de C. tropicalis. No entanto, o sistema não conseguiu identificar 4 dos 110 isolados testados. A identificação molecular dos isolados foi realizada pela amplificação e posterior sequenciamento da região ITS1-5.8S-ITS2 do DNA ribossomal, e a partir da avaliação das sequências de DNA dos isolados foi possível avaliar a existência de 12 haplótipos com alta taxa de diversidade haplotípica. A análise filogenética dos haplótipos determinou o agrupamento dos haplótipos em 4 clados. O clado 1 agrupa os haplótipos 1, 3, 4 e 6 e concentra 76% dos isolados. A tipagem dos isolados pela amplificação das regiões repetitivas hipervariáveis (minissatélites) M13 evidenciou a existência de 7 perfis moleculares. Os isolados inseridos no estudo foram provenientes de 64 pacientes, dos quais 52% eram do sexo masculino, a mediana de idade observada foi de 61,7 anos e o principal motivo de internação foi associado a doenças crônico-degenerativas, seguido pelas doenças hematológicas e/ou neoplasias. A análise multivariada dos fatores de risco associados ao quadro de candidíase invasiva, nos permitiu inferir que o uso de sonda urinária [OR 84,4, IC95% 4,4-1634,2], submissão ao procedimento de transfusão sanguínea [OR 8,0, IC95% 1,1- 56,8], internação no CTI [OR 77,7, IC95% 3,7-1651,3] e o não uso de antifúngicos [OR 4,5, IC95% 1,3-15,1] foram associados a um aumento da chance de óbito. Enquanto, a análise de sobrevida determinou que os pacientes que apresentaram infecção por cepas pertencentes ao clado ITS 3 (H2) exibiram o menor tempo de sobrevida e maior risco de óbito [HR 12,49, IC95% 2,27-68,77] comparado aos pacientes acometidos por isolados do clado ITS 4 (H5, H8 e H10). As metodologias empregadas nesse estudo demonstraram robustez e poder discriminatório para avaliar os perfis genotípicos circulantes na unidade hospitalar, elucidaram aspectos epidemiológicos e identificaram as prováveis correlações clínicas entre os aspectos genotípicos dos isolados e o desfecho clínico do paciente.
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spelling Moreira, Lucas MachadoOliveira, Manoel Marques Evangelista deMuniz, Mauro de Medeiros2021-08-11T16:48:59Z2021-08-11T16:48:59Z2019MOREIRA, Lucas Machado. Candida tropicalis: Epidemiologia Molecular de isolados clínicos em Hospital Universitário de Minas Gerais. 2019. 118 f. Dissertação (Mestrado em Pesquisa Clínica em Doenças Infecciosas)-Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2019.https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/48569O aumento da prevalência de infecções nosocomiais causadas por Candida tropicalis descreve a espécie como um patógeno emergente em escala mundial. Esse fenômeno, somado a fatores predisponentes como o aumento no número de casos de pacientes gravemente imunocomprometidos, elevam as taxas de morbimortalidade associadas às infecções por C. tropicalis. Frente a esse cenário, o estudo objetivou avaliar por meio de ferramentas moleculares de menor custo, a epidemiologia dos isolados de C. tropicalis identificados como agentes etiológicos de quadros de candidíase invasiva em um Hospital Universitário de Minas Gerais. Um número de 110 isolados fúngicos, oriundos de episódios de candidíase que ocorreram no período de janeiro de 2013 a janeiro de 2017, presuntivamente identificados como C. tropicalis, por meio de metodologia convencional, foram incluídos no estudo. A identificação fenotípica dos isolados envolveu avaliação em CHROMagar® Candida, onde 93 isolados desenvolveram coloração azul e 17 apresentaram coloração inespecífica. A avaliação da macromorfologia dos isolados exibiu 4 variantes morfológicas descritas como cotonosa, micelial, lisa e rugosa. A identificação bioquímica dos isolados foi realizada em sistema Vitek® 2 YST Card e apresentou 17 perfis bioquímicos distintos compatíveis com a identificação de C. tropicalis. No entanto, o sistema não conseguiu identificar 4 dos 110 isolados testados. A identificação molecular dos isolados foi realizada pela amplificação e posterior sequenciamento da região ITS1-5.8S-ITS2 do DNA ribossomal, e a partir da avaliação das sequências de DNA dos isolados foi possível avaliar a existência de 12 haplótipos com alta taxa de diversidade haplotípica. A análise filogenética dos haplótipos determinou o agrupamento dos haplótipos em 4 clados. O clado 1 agrupa os haplótipos 1, 3, 4 e 6 e concentra 76% dos isolados. A tipagem dos isolados pela amplificação das regiões repetitivas hipervariáveis (minissatélites) M13 evidenciou a existência de 7 perfis moleculares. Os isolados inseridos no estudo foram provenientes de 64 pacientes, dos quais 52% eram do sexo masculino, a mediana de idade observada foi de 61,7 anos e o principal motivo de internação foi associado a doenças crônico-degenerativas, seguido pelas doenças hematológicas e/ou neoplasias. A análise multivariada dos fatores de risco associados ao quadro de candidíase invasiva, nos permitiu inferir que o uso de sonda urinária [OR 84,4, IC95% 4,4-1634,2], submissão ao procedimento de transfusão sanguínea [OR 8,0, IC95% 1,1- 56,8], internação no CTI [OR 77,7, IC95% 3,7-1651,3] e o não uso de antifúngicos [OR 4,5, IC95% 1,3-15,1] foram associados a um aumento da chance de óbito. Enquanto, a análise de sobrevida determinou que os pacientes que apresentaram infecção por cepas pertencentes ao clado ITS 3 (H2) exibiram o menor tempo de sobrevida e maior risco de óbito [HR 12,49, IC95% 2,27-68,77] comparado aos pacientes acometidos por isolados do clado ITS 4 (H5, H8 e H10). As metodologias empregadas nesse estudo demonstraram robustez e poder discriminatório para avaliar os perfis genotípicos circulantes na unidade hospitalar, elucidaram aspectos epidemiológicos e identificaram as prováveis correlações clínicas entre os aspectos genotípicos dos isolados e o desfecho clínico do paciente.The increased prevalence of nosocomial infections caused by Candida tropicalis has been describing the species as an emerging pathogen on worldwide scale. In addition, this phenomenon has been associated to predisposing factors such as the increasing severe number of cases of immunocompromised patients raising the morbimortality rates associated with C. tropicalis infections. According to this scenario, the study aimed to evaluate the epidemiology of Candida tropicalis isolates identified as etiological agents of invasive candidiasis in a Federal University Hospital of Minas Gerais, using lower cost molecular tools. A number of 110 fungal isolates from candidiasis episodes that occurred from January 2013 to January 2017, identified as C. tropicalis, using conventional methodology were included in the study. The isolates phenotypic identification involved; evaluation of CHROMagar® Candida, and 93 isolates developed blue staining and 17 has shown non-specific staining. The macromorphology; four morphological variants described as cotonous, mycelial, smooth and rough. The biochemical identification was performed in Vitek® 2 YST Card system and presented 17 distinct biochemical profiles identified as C. tropicalis. However, the system was unable to identify 4 of the 110 isolates tested. The molecular identification was performed by PCR amplification and further sequencing of the ribosomal DNA (ITS1-5.8SITS2 region) and it was possible to demonstrate 12 haplotypes with high diversity. Phylogenetic analysis of haplotypes has clustered them into four clades. Clade 1 groups haplotypes 1, 3, 4 and 6 (considered as precursor group) concentrating 76% of the isolates. The M13 hypervariable regions (minisatellites) typing has shown seven molecular profiles. From those, 64 patients, 52% were male, the median age observed was 61.7 years and the hospitalization main reason were associated with chronic-degenerative diseases, followed by hematological and/or neoplasia. The multivariate analysis of the risk factors associated with invasive candidiasis has allowed to infer that urinary catheter use [OR 84.4, 95% CI.44- 1634.2], blood transfusion procedure [OR 8, 0, IC95% 1.1-56.8], ICU hospitalization [OR 77.7, IC 95% 3.7-1651.3] and non-use of antifungal agents [OR 4.5, IC 95% 1,3- 15,1] were associated with a higher risk of death. The Survival analysis has shown that patients who presented infections caused by strains belonging to the ITS 3 clade (H2) exhibited the shortest survival time and highest risk of death [HR 12.49, 95% CI 2.27-68.77] when comparing those patients affected by ITS 4 clade isolates (H5, H8 and H10). The methodologies employed in this study demonstrated robustness and discriminatory power to evaluate the genotypic profiles circulating in the hospital units, accuratelly identification elucidating epidemiological aspects and strongly suggesting the presumable clinical correlations between the genotypic pattern and the possibility of predicting the clinical outcome.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porCandida tropicalisEpidemiologia MolecularCandidíaseHospitais UniversitáriosCandida tropicalisEpidemiologia MolecularCandidíaseHospitais UniversitáriosCandida tropicalis: Epidemiologia Molecular de isolados clínicos em Hospital Universitário de Minas Geraisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2019Instituto Nacional de Infectologia Evandro ChagasFundação Oswaldo CruzRio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Pesquisa Clínica em Doenças Infecciosasinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/48569/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINAL000247349.pdfapplication/pdf2890278https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/48569/2/000247349.pdf0a7560e2e21c7df69301537e142725cfMD52TEXT000247349.pdf.txt000247349.pdf.txtExtracted texttext/plain241906https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/48569/3/000247349.pdf.txt9d6e5fa0c3c2a3f2f30b6bc9e9c3efe5MD53icict/485692021-08-12 02:01:18.246oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352021-08-12T05:01:18Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
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