Identificação e caracterização de pequenos RNAs não codificadores de proteínas em Biomphalaria glabrata (Mollusca: Gastropoda)

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Queiroz, Fábio Ribeiro
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/35386
Resumo: A Organização Mundial de Saúde (OMS) estima que mais de 240 milhões de pessoas em 78 países necessitam de tratamento para a esquistossomose, uma doença endêmica causada por trematódeos do gênero Schistosoma. No Brasil, Schistosoma mansoni é a única espécie representativa desse gênero e Biomphalaria glabrata, B. tenagophila e B. straminea são as espécies hospedeiras intermediárias encontradas naturalmente infectadas. Embora numerosos avanços tenham ocorrido para compreender a relação Biomphalaria/S. mansoni, os mecanismos de regulação genética da resposta imunológica desenvolvida pelo molusco contra a infecção pelo parasito ainda precisam ser melhor explorados. Acreditamos que os pequenos RNAs, representados principalmente por miRNAs, piRNAs e siRNAs, sejam elementos chaves para o entendimento desses mecanismos de regulação gênica, por serem potentes reguladores pós transcricionais da expressão gênica em praticamente todos os seres vivos. Diante disso, ferramentas de bioinformática, sequenciamento de nova geração e qPCR foram utilizadas para avaliar o papel desses pequenos RNAs, e dos genes de suas vias de processamento, tanto no desenvolvimento do molusco como em sua relação com o parasito S. mansoni. Assim, foi possível identificar a existência dos principais genes envolvidos na biogênese de miRNAs e piRNAs no genoma de B. glabrata. As nucleases Bgl-Drosha e Bgl-Dicer, bem como as Ago-like, Bgl-Ago2 e Bgl-Piwi foram também caracterizadas e confirmadas serem ortólogas daquelas de outros organismos referência. Além disso, o padrão de expressão de alguns genes dessas vias foi determinado por qPCR no molusco em estádios diferentes de desenvolvimento, bem como em moluscos infectados por S. mansoni. Foi avaliado também o perfil de expressão dos principais genes da via de processamento de miRNAs e piRNAs no transcritoma de B. glabrata, o que evidenciou remarcada superexpressão em tecidos como manto, ovoteste e glândula de albúmen dos genes Bgl-Piwi, Bgl-Tudor, Bgl-Ago2 e Bgl-Vasa, sugerindo importância para o mecanismo de regulação de expressão mediada por pequenos RNAs no desenvolvimento do molusco. Para identificar os pequenos RNAs sintetizados por essas vias, amostras de exemplares do molusco com concha e sem concha, coletados em diferentes estádios de desenvolvimento tiveram seus pequenos RNAs sequenciados, mostrando assim uma grande diversidade de miRNAs e piRNAs em B. glabrata, perfil este que foi validado posteriormente por qPCR. Para todos os Bgl-miRNAs identificados foram preditos alvos no genoma, evidenciando a regulação de inúmeros processos biológicos no molusco. Por fim, pela primeira vez foram identificados os BglpiRNAs e sua abundância e diversidade foram determinadas em tecidos e na hemolinfa. Esses resultados abrem a possibilidade para novos estudos objetivando confirmar o potencial desses ncRNAs em interferir no ciclo do S. mansoni intramolusco.
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No Brasil, Schistosoma mansoni é a única espécie representativa desse gênero e Biomphalaria glabrata, B. tenagophila e B. straminea são as espécies hospedeiras intermediárias encontradas naturalmente infectadas. Embora numerosos avanços tenham ocorrido para compreender a relação Biomphalaria/S. mansoni, os mecanismos de regulação genética da resposta imunológica desenvolvida pelo molusco contra a infecção pelo parasito ainda precisam ser melhor explorados. Acreditamos que os pequenos RNAs, representados principalmente por miRNAs, piRNAs e siRNAs, sejam elementos chaves para o entendimento desses mecanismos de regulação gênica, por serem potentes reguladores pós transcricionais da expressão gênica em praticamente todos os seres vivos. Diante disso, ferramentas de bioinformática, sequenciamento de nova geração e qPCR foram utilizadas para avaliar o papel desses pequenos RNAs, e dos genes de suas vias de processamento, tanto no desenvolvimento do molusco como em sua relação com o parasito S. mansoni. Assim, foi possível identificar a existência dos principais genes envolvidos na biogênese de miRNAs e piRNAs no genoma de B. glabrata. As nucleases Bgl-Drosha e Bgl-Dicer, bem como as Ago-like, Bgl-Ago2 e Bgl-Piwi foram também caracterizadas e confirmadas serem ortólogas daquelas de outros organismos referência. Além disso, o padrão de expressão de alguns genes dessas vias foi determinado por qPCR no molusco em estádios diferentes de desenvolvimento, bem como em moluscos infectados por S. mansoni. 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Por fim, pela primeira vez foram identificados os BglpiRNAs e sua abundância e diversidade foram determinadas em tecidos e na hemolinfa. Esses resultados abrem a possibilidade para novos estudos objetivando confirmar o potencial desses ncRNAs em interferir no ciclo do S. mansoni intramolusco.The World Health Organization (WHO) estimates that more than 240 million people in 78 countries need treatment for schistosomiasis, an endemic disease caused by trematodes of the genus Schistosoma. In Brazil, Schistosoma mansoni is the only representative species of this genus, and Biomphalaria glabrata, B. tenagophila and B. straminea are the intermediate host species found naturally infected. Although numerous advances have been made to comprehend the Biomphalaria/S. mansoni relationship, the mechanisms of gene regulation in the immune response developed by the mollusk against infection by the parasite still need to be better explored. We believe that small RNAs, mainly represented by miRNAs, piRNAs and siRNAs, are key elements to understand these mechanisms of gene regulation since they are potent post-transcriptional regulators of gene expression in almost all living organisms. Considering this, bioinformatics tools, next generation sequencing and qPCR were used to evaluate the role of these small RNAs and the genes of their processing pathway as in the snail development as on its relationship with the S. mansoni parasite. Thus, it was possible to identify the existence of the main genes involved in the miRNAs and piRNAs biogenesis in the B. glabrata genome. The nucleases Bgl-Drosha and Bgl-Dicer, as well as Ago-like, Bgl-Ago2 and Bgl-Piwi were also characterized and confirmed as orthologs of those from other reference organisms. Additionally, the expression pattern of some genes from these pathways was determined by qPCR onto the mollusk in different development stages, as well as in the mollusk infected by S. mansoni. It was also evaluated the expression pattern of the main genes from miRNAs and piRNAs processing pathway in the transcriptome of B. glabrata, which evidenced remarkable overexpression in tissues like mantle, ovotestis and albumen gland of the genes Bgl-Piwi, Bgl-Tudor, Bgl-Ago2 and Bgl-Vasa, suggesting importance for the mechanism of gene regulation mediated by small RNAs in the mollusk development. To identify the small RNAs synthesized through these pathways, samples of mollusk specimen with and without shell, collected in different development stages had their small RNAs sequenced, showing a huge diversity of miRNAs and piRNAs in B. glabrata and this pattern was after validated through qPCR. For all the Bgl-miRNAs identified, it was predicted targets on the genome, evidencing the regulation of several biologic processes in the mollusk. Finally, for the first time, there have been identified the Bgl-piRNAs, and their abundance and diversity were determined in tissues and in the hemolymph. These results open the possibilities to new studies aiming to confirm the potential of the ncRNAs in interfering with the S. mansoni intra mollusk cycle.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação Ezequiel Dias/FUNED/Instituto René Rachou/FIOCRUZ-MG.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil.porPequenos RNAsBiomphalaria glabrataBioinformáticaSmall RNAsBiomphalaria glabrataBioinformaticsEsquistossomose mansoni/Prevenção & controleSchistosoma mansoni/ParasitologiaPequenos RNAs/GenéticaIdentificação e caracterização de pequenos RNAs não codificadores de proteínas em Biomphalaria glabrata (Mollusca: Gastropoda)info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis2019Fundação Oswaldo Cruz. Instituto René Rachou. Belo Horizonte, MG, BrazilUniversidade Federal de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, BrasilBelo Horizonte/MGFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa René Rachou. Programa de Pós Graduação em Ciências da Saúdeinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-83082https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/35386/1/license.txt9193a7c197bc67acd023525e72a03240MD51ORIGINALT_2019_FabioRibeiroQueiroz.pdfT_2019_FabioRibeiroQueiroz.pdfapplication/pdf18180740https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/35386/2/T_2019_FabioRibeiroQueiroz.pdfd00ee1527febda68232cb3c2ccdadd3aMD52TEXTT_2019_FabioRibeiroQueiroz.pdf.txtT_2019_FabioRibeiroQueiroz.pdf.txtExtracted texttext/plain431096https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/35386/3/T_2019_FabioRibeiroQueiroz.pdf.txt2fbf77464e365cdf120096ae0518fdb5MD53icict/353862019-09-09 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