Caracterização genética de populações de campo de Schistosoma mansoni com o uso de microssatélites
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Data de Publicação: | 2007 |
Tipo de documento: | Tese |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
Texto Completo: | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/21050 |
Resumo: | Apresentamos a utilização de 4 bibliotecas genômicas enriquecidas, como fonte de microssatélites, para o estudo da estrutura genética de populações de Schistosoma mansoni. De 382 sequências obtidas, 250 (65,4%) apresentaram loci de microssatélites. Onze destes loci foram polimórficos quando testados em 100 vermes, com 2 a 19 alelos por loci. A heterozigosidade esperada (He) foi de 0,79 e a observada (Ho) de 0,59. Apresentamos ainda um locus de minissatélites, com uma porção interna variável composta por um microssatélite “CA”. Este minissatélite e outros 3 loci de microssatélites, anteriormente descritos, mostraram sucesso na diferenciação de cepas de S. mansoni e de 9 diferentes espécies do gênero Schistosoma. Apresentamos também, a utilização de ovos individualizados de S. mansoni como fonte de DNA para PCR, um novo protocolo, que utiliza resina de troca iônica, para extração do DNA e a utilização de PCR-multiplex na genotipagem de ovos e vermes adultos de S. mansoni. O número de alelos por locus não diferiu entre ovos e vermes e observamos ainda uma redução no número de genótipos homozigotos nos vermes, em relação aos ovos. Tanto os ovos quanto os vermes utilizados foram provenientes das amostras de fezes coletadas de moradores da área endêmica de Virgem das Graças – Minas Gerais. Analisamos ainda, entre 10 e 22 ovos, de outras 53 populações de parasitos, da mesma área, para a determinação de sua variabilidade genética. Para se testar uma possível estruturação geográfica destas populações, estas foram divididas em 5 grupos, de acordo com sua origem geográfica dentro do município. Destas populações, 33 foram coletadas de amostras de fezes pré-tratamento e 20, pós-tratamento quimioterápico. Nove populações coletados antes e depois do tratamento f oram comparadas para o estudo da influência da quimioterapia sobre variabilidade genética. Foram utilizados nestas análises 5 loci de microssatélites por apresentarem resultados consistentes com DNA de ovos e em PCR-multiplex. Entre as 53 populações observamos que o número de alelos por locus variou de 2 a 13 e não houve correlação entre variações no número de alelos por locus e o tratamento. A heterozigozidade observada variou de 0,0 a 1,0. Com exceção de 13 populações, Ho foi sempre menor que He. Em 39 das 53 populações, em pelo menos um locus, Ho foi ignificativamente diferente de He (p<0,05) representando desvios do equilíbrio de Hardy-Weinberg. Não se observou nenhum tipo de estruturação geográfica destas populações quando comparadas par a par, em uma ou ambas as coletas, ou quando comparadas pré e pós-tratamento quimioterápico. Este trabalho abre perspectivas promissoras no estudo e no entendimento de vários mecanismos biológicos envolvidos nas interações parasito-hospedeiro, na patogenia e epidemiologia e até numa futura quimioterapia da esquistossomose, doença que ainda hoje afeta, de maneira séria, e em certos casos, fatal, cerca de 200 milhões de pessoas em mais de 70 países. |
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Apresentamos ainda um locus de minissatélites, com uma porção interna variável composta por um microssatélite “CA”. Este minissatélite e outros 3 loci de microssatélites, anteriormente descritos, mostraram sucesso na diferenciação de cepas de S. mansoni e de 9 diferentes espécies do gênero Schistosoma. Apresentamos também, a utilização de ovos individualizados de S. mansoni como fonte de DNA para PCR, um novo protocolo, que utiliza resina de troca iônica, para extração do DNA e a utilização de PCR-multiplex na genotipagem de ovos e vermes adultos de S. mansoni. O número de alelos por locus não diferiu entre ovos e vermes e observamos ainda uma redução no número de genótipos homozigotos nos vermes, em relação aos ovos. Tanto os ovos quanto os vermes utilizados foram provenientes das amostras de fezes coletadas de moradores da área endêmica de Virgem das Graças – Minas Gerais. Analisamos ainda, entre 10 e 22 ovos, de outras 53 populações de parasitos, da mesma área, para a determinação de sua variabilidade genética. Para se testar uma possível estruturação geográfica destas populações, estas foram divididas em 5 grupos, de acordo com sua origem geográfica dentro do município. Destas populações, 33 foram coletadas de amostras de fezes pré-tratamento e 20, pós-tratamento quimioterápico. Nove populações coletados antes e depois do tratamento f oram comparadas para o estudo da influência da quimioterapia sobre variabilidade genética. Foram utilizados nestas análises 5 loci de microssatélites por apresentarem resultados consistentes com DNA de ovos e em PCR-multiplex. Entre as 53 populações observamos que o número de alelos por locus variou de 2 a 13 e não houve correlação entre variações no número de alelos por locus e o tratamento. A heterozigozidade observada variou de 0,0 a 1,0. Com exceção de 13 populações, Ho foi sempre menor que He. Em 39 das 53 populações, em pelo menos um locus, Ho foi ignificativamente diferente de He (p<0,05) representando desvios do equilíbrio de Hardy-Weinberg. Não se observou nenhum tipo de estruturação geográfica destas populações quando comparadas par a par, em uma ou ambas as coletas, ou quando comparadas pré e pós-tratamento quimioterápico. Este trabalho abre perspectivas promissoras no estudo e no entendimento de vários mecanismos biológicos envolvidos nas interações parasito-hospedeiro, na patogenia e epidemiologia e até numa futura quimioterapia da esquistossomose, doença que ainda hoje afeta, de maneira séria, e em certos casos, fatal, cerca de 200 milhões de pessoas em mais de 70 países.We describe the development and use of genomic microsatellite markers for Schistosoma mansoni genetic studies. Microsatellites were developed from microsatellite enriched genomic libraries. We obtained sequence data from 382 clones and detected microsatellites in 250 (65.4%) of the sequences. Eleven out of these loci were polymorphic and presented between 2 to 9 alleles per loci when tested in 100 individual worms. The average values of expected (He) and observed (Ho) heterozygosities were 0.79 and 0.59, respectively. We also identified a minisatellite locus, which contained an internal CA repeat. This minisatellite together with 3 previously described microsatellites loci, showed success in the differentiation of S. mansoni strains and when applied in the differentiation of 9 Schistosoma species. We also developed a new DNA extraction protocol that uses S. mansoni eggs as source of DNA. The genotyping reactions were conducted in a multiplex format. A comparison between the use of adult worms or egg DN A indicated that allele number per locus was the same. We also observed a reduction in homozygous genotypes in worms relative to the eggs. To investigate the genetics of a parasite population from an endemic site we obtained biological material from the village of Virgem das Graças, Minas Gerais. Ten to 22 eggs from other 53 parasite populations from the same area were analyzed in order to determine its genetic variability. The 53 populations were divided into 5 groups in accordance with their geographic origin in the village. Thirt-three out of these populations came from samples collected before chemotherapy treatment and 20 after the treatment. In order to evaluate the effects of chemotherapy in the genetic variability, 9 populations collected two times, before and after treatment, were compared. Five microsatellite markers, that present the consistent results in eggs and in multiplex-PCR, were selected to use in these analyses. Among the 53 populations, allele number per locus varied from 2 to 13 and no correlation could be established between this variation and the hemoterapic treatment. Observed heterozygosity varied from 0.0 a 1.0. In all but 13 populations Ho was always lower than He. In 39 out of 53 populations, Ho was significantly different from He for at least 1 locus (p<0.05) showing no Hardy-Weinberg deviation. No genetic structuring was observed between populations when comparing in pairs, or in one collect relative to other, neither when comparing before and after chemoterapic treatment. This work opens interesting perspectives for the study and knowledge of various biological points in parasite-host interaction, pathogeny, and epidemiology and even in the chemotherapy of schistosomiasis, a diseases affecting about 200 million people in more than 70 countries around the world.FapemigFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil.porMicrossatélites marcadoresGenética PopulacionalSchistosoma mansoniCaracterização genética de populações de campo de Schistosoma mansoni com o uso de microssatélitesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis2007Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René RachouBelo Horizonte/MGPrograma de Pós-Graduação em Ciências da Saúdeinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-83082https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/21050/1/license.txt9193a7c197bc67acd023525e72a03240MD51ORIGINALNilton Barnabé Rodrigues.pdfNilton Barnabé Rodrigues.pdfapplication/pdf5234167https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/21050/2/Nilton%20Barnab%c3%a9%20Rodrigues.pdf37d975c17dc6a5d081c77a77b4bb2954MD52TEXTNilton Barnabé Rodrigues.pdf.txtNilton Barnabé Rodrigues.pdf.txtExtracted texttext/plain209459https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/21050/3/Nilton%20Barnab%c3%a9%20Rodrigues.pdf.txtef113f1345b15a0b293c532e08307649MD53icict/210502019-09-09 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Apresentamos a utilização de 4 bibliotecas genômicas enriquecidas, como fonte de microssatélites, para o estudo da estrutura genética de populações de Schistosoma mansoni. De 382 sequências obtidas, 250 (65,4%) apresentaram loci de microssatélites. Onze destes loci foram polimórficos quando testados em 100 vermes, com 2 a 19 alelos por loci. A heterozigosidade esperada (He) foi de 0,79 e a observada (Ho) de 0,59. Apresentamos ainda um locus de minissatélites, com uma porção interna variável composta por um microssatélite “CA”. Este minissatélite e outros 3 loci de microssatélites, anteriormente descritos, mostraram sucesso na diferenciação de cepas de S. mansoni e de 9 diferentes espécies do gênero Schistosoma. Apresentamos também, a utilização de ovos individualizados de S. mansoni como fonte de DNA para PCR, um novo protocolo, que utiliza resina de troca iônica, para extração do DNA e a utilização de PCR-multiplex na genotipagem de ovos e vermes adultos de S. mansoni. O número de alelos por locus não diferiu entre ovos e vermes e observamos ainda uma redução no número de genótipos homozigotos nos vermes, em relação aos ovos. Tanto os ovos quanto os vermes utilizados foram provenientes das amostras de fezes coletadas de moradores da área endêmica de Virgem das Graças – Minas Gerais. Analisamos ainda, entre 10 e 22 ovos, de outras 53 populações de parasitos, da mesma área, para a determinação de sua variabilidade genética. Para se testar uma possível estruturação geográfica destas populações, estas foram divididas em 5 grupos, de acordo com sua origem geográfica dentro do município. Destas populações, 33 foram coletadas de amostras de fezes pré-tratamento e 20, pós-tratamento quimioterápico. Nove populações coletados antes e depois do tratamento f oram comparadas para o estudo da influência da quimioterapia sobre variabilidade genética. Foram utilizados nestas análises 5 loci de microssatélites por apresentarem resultados consistentes com DNA de ovos e em PCR-multiplex. Entre as 53 populações observamos que o número de alelos por locus variou de 2 a 13 e não houve correlação entre variações no número de alelos por locus e o tratamento. A heterozigozidade observada variou de 0,0 a 1,0. Com exceção de 13 populações, Ho foi sempre menor que He. Em 39 das 53 populações, em pelo menos um locus, Ho foi ignificativamente diferente de He (p<0,05) representando desvios do equilíbrio de Hardy-Weinberg. Não se observou nenhum tipo de estruturação geográfica destas populações quando comparadas par a par, em uma ou ambas as coletas, ou quando comparadas pré e pós-tratamento quimioterápico. Este trabalho abre perspectivas promissoras no estudo e no entendimento de vários mecanismos biológicos envolvidos nas interações parasito-hospedeiro, na patogenia e epidemiologia e até numa futura quimioterapia da esquistossomose, doença que ainda hoje afeta, de maneira séria, e em certos casos, fatal, cerca de 200 milhões de pessoas em mais de 70 países. |
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