Identificação molecular de amostras de Legionella pneumophila provenientes de fontes ambientais
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Data de Publicação: | 2021 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
Texto Completo: | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/53287 |
Resumo: | Legionella pneumophila (Lp) é uma bactéria Gram negativa encontrada em ambientes aquáticos naturais e artificiais nos quais a inalação de aerossóis contaminados pode causar uma pneumonia severa conhecida como Doença dos Legionários com taxa de mortalidade de 10% em indivíduos saudáveis. No Brasil há poucas informações a respeito deste patógeno, mas sabe se que a Pneumonia Adquirida na Comunidade foi responsável por 598.668 hospitalizações e 52.776 mortes só no ano de 2017 e acredita-se que uma porcentagem significativa desses casos seja causada pela Lp. Além disso, os casos de legioneloses vêm crescendo ao redor do mundo e um dos fatores associados a isto é o aumento de sistemas artificiais de água e da exposição humana a fontes contaminadas. A única forma de prevenir a doença dos legionários é pelo controle e tratamento destes ambientes artificiais, especialmente aqueles em grandes edifícios. Sendo assim, o objetivo deste estudo foi caracterizar amostras de Legionella spp. provenientes de fontes ambientais previamente identificadas pela Conforlab. O estudo contou com 50 amostras de Legionella spp. isoladas em meio BCYE a partir de diversas fontes ambientais em nove estados brasileiros fornecidas pela empresa Conforlab. A identificação molecular das amostras foi realizada pela técnica Sequence-based Typing que consiste no sequenciamento e análise de sete genes para a obtenção de um Sequence Type (ST). As amostras foram obtidas de amostras provenientes de hotéis, centros comerciais, laboratórios, empresa e indústria. Cerca de 70% das amostras são da região sudeste do país e 50% do estado de São Paulo. Foram identificados 11 STs entre 34 amostras, dos quais oito são previamente descritos e três STs novos (ST2960, ST2962 e ST2963). Dois complexos clonais foram identificados CC-ST1 e CC-ST1642. O novo ST2960 foi identificado em quatro diferentes torres de resfriamento. O sequenciamento genômico foi realizado em duas amostras de Legionella spp. no qual a sequência da amostra 20935 corresponde a espécie Lp enquanto o outro genoma apresentou maior similaridade com a espécie Legionella anisa, sendo essa a segunda espécie do gênero mais encontrada em amostras de água. Como esperado ST1 foi prevalente, pois é amplamente distribuído na maioria dos países, e os outros STs previamente descritos estão associados às legioneloses em outros países. Dado o grande número de casos de pneumonia anualmente, estima-se que ocorra no Brasil cerca de seis mil óbitos por ano devido à doença dos legionários. Portanto, é necessário que medidas de vigilância e controle da presença de Legionella spp. sejam implementadas, além da realização de mais estudos para a maior compreensão deste patógeno no país |
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Ferrari, Dândrea Driely de MeloAssef, Ana Paula D’Alincourt CarvalhoDegrave, Wim M. S.McIntosh, DouglasVivoni, Adriana MLara, Flavio AlvesSuffys, Philip NoelGomes, Harrison Magdinier2022-06-15T23:06:24Z2022-06-15T23:06:24Z2021FERRARI, Dândrea Driely de Melo. Identificação molecular de amostras de Legionella pneumophila provenientes de fontes ambientais. 2021. 86 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2021.https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/53287Legionella pneumophila (Lp) é uma bactéria Gram negativa encontrada em ambientes aquáticos naturais e artificiais nos quais a inalação de aerossóis contaminados pode causar uma pneumonia severa conhecida como Doença dos Legionários com taxa de mortalidade de 10% em indivíduos saudáveis. No Brasil há poucas informações a respeito deste patógeno, mas sabe se que a Pneumonia Adquirida na Comunidade foi responsável por 598.668 hospitalizações e 52.776 mortes só no ano de 2017 e acredita-se que uma porcentagem significativa desses casos seja causada pela Lp. Além disso, os casos de legioneloses vêm crescendo ao redor do mundo e um dos fatores associados a isto é o aumento de sistemas artificiais de água e da exposição humana a fontes contaminadas. A única forma de prevenir a doença dos legionários é pelo controle e tratamento destes ambientes artificiais, especialmente aqueles em grandes edifícios. Sendo assim, o objetivo deste estudo foi caracterizar amostras de Legionella spp. provenientes de fontes ambientais previamente identificadas pela Conforlab. O estudo contou com 50 amostras de Legionella spp. isoladas em meio BCYE a partir de diversas fontes ambientais em nove estados brasileiros fornecidas pela empresa Conforlab. A identificação molecular das amostras foi realizada pela técnica Sequence-based Typing que consiste no sequenciamento e análise de sete genes para a obtenção de um Sequence Type (ST). As amostras foram obtidas de amostras provenientes de hotéis, centros comerciais, laboratórios, empresa e indústria. Cerca de 70% das amostras são da região sudeste do país e 50% do estado de São Paulo. Foram identificados 11 STs entre 34 amostras, dos quais oito são previamente descritos e três STs novos (ST2960, ST2962 e ST2963). Dois complexos clonais foram identificados CC-ST1 e CC-ST1642. O novo ST2960 foi identificado em quatro diferentes torres de resfriamento. O sequenciamento genômico foi realizado em duas amostras de Legionella spp. no qual a sequência da amostra 20935 corresponde a espécie Lp enquanto o outro genoma apresentou maior similaridade com a espécie Legionella anisa, sendo essa a segunda espécie do gênero mais encontrada em amostras de água. Como esperado ST1 foi prevalente, pois é amplamente distribuído na maioria dos países, e os outros STs previamente descritos estão associados às legioneloses em outros países. Dado o grande número de casos de pneumonia anualmente, estima-se que ocorra no Brasil cerca de seis mil óbitos por ano devido à doença dos legionários. Portanto, é necessário que medidas de vigilância e controle da presença de Legionella spp. sejam implementadas, além da realização de mais estudos para a maior compreensão deste patógeno no paísLegionella pneumophila (Lp) is a Gram negative bacterium found in natural and artificial aquatic environments in which the inhalation of contaminated aerosols can cause severe pneumonia known as Legionnaires' Disease, wich presentes a mortality rate of 10% in healthy individuals. In Brazil there is little information about this pathogen, but it is known that Community Acquired Pneumonia was responsible for 598,668 hospitalizations and 52,776 deaths in 2017 alone and it is believed that a significant percentage of these cases is caused by Lp. In addition, cases of legionellosis have been growing around the world and one of the factors associated with this is the increase in artificial water systems and human exposure to contaminated sources. The only way to prevent legionnaires' disease is by controlling and treating these artificial environments, especially those in large buildings. Therefore, the objective of this study was to identify and characterize samples of Legionella spp. from environmental sources. The study included 50 samples of Legionella spp. isolated in BCYE medium from several environmental sources in nine Brazilian states provided by the company Conforlab. The molecular identification of the samples was carried out using the Sequence-based Typing technique, which consists of sequencing and analysis of seven genes to obtain a Sequence Type (ST). Isolates were obtained from samples coming from hotels, shopping centers, laboratories, company and industry. About 70% of the samples are from the southeastern region of the country and 50% from the state of São Paulo. 11 STs were identified among 34 isolates, of which eight are previously described and three were new STs (ST2960, ST2962 and ST2963). Two clonal complexes were identified by the MST: CC-ST1 and CC-ST1642. The new ST2960 has been identified in four different cooling towers. Genomic sequencing was performed on two samples of Legionella spp. Between the two completely sequenced isolates one (20935) corresponded to the species Lp while the other genome showed greater similarity with the species Legionella anisa, this being the second species of the genus most found in water samples. As expected, ST1 was prevalent, as it is widely distributed in most countries, in addition to being related to most cases of LD. The other STs previously described are associated with legionellosis in other countries, reinforcing the clinical importance of these samples. Given the large number of pneumonia cases annually, it is estimated that approximately six thousand deaths occur in Brazil each year due to legionnaires' disease. Therefore, implementation of surveillance and control measures of Legionella spp. is necessary. In addition further studies are needed in order to better understand this pathogen in the countryFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porLegionellaL. pneumophilaFontes ambientaisDoença dos LegionáriosLegionellaL. pneumophilaSequence-based TypingLegionella pneumophilaDoença dos LegionáriosReplicação de Sequência AutossustentávelIdentificação molecular de amostras de Legionella pneumophila provenientes de fontes ambientaisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2021Instituto Oswaldo CruzFundação Oswaldo CruzMestrado AcadêmicoRio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecularinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/53287/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINAL000250058.pdfapplication/pdf2898863https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/53287/2/000250058.pdfac9a10ed8114f087bd8d54951bc491b4MD52icict/532872022-06-15 20:06:24.739oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352022-06-15T23:06:24Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false |
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