Multiple introductions followed by Ongoing Community Spread of SARS-COV-2 at One of the Largest Metropolitan areas of Northeast Brazil
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| Data de Publicação: | 2020 |
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| Título da fonte: | Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
| Texto Completo: | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/44941 |
Resumo: | A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/ |
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Paiva, Marcelo Henrique SantosGuedes, Duschinka Riberio DuarteDocena, CássiaBezerra, Mateus FigueiraDezordi, Filipe ZimmerMachado, Laís CeschiniKrokoviski, LarissaHelveio, ElisamaSilva, Alexandre Freitas daVasconcelos, Luydson Richardson SilvaRezende, Antonio MauroSilva, Severino Jeferson Ribeiro daSales, Kamila Gaudêncio da SilvaSá, Bruna Santos Lima Figueiredo deCruz, Derciliano Lopes daCavalcanti, Claudio EduardoMenezes Neto, Armando deSilva, Caroline Targino Alves daMendes, Renata Pessôa GermanoSilva, Maria Almerice Lopes daGräf, TiagoResende, Paola CristinaBello, GonzaloBarros, Michelle da SilvaNascimento, Wewherton Ricardo Correia doArcoverde, Rodrigo Moraes LoyoBezerra, Luciane Caroline AlbuquerqueBrandão Filho, Sinval PintoAyres, Constãncia Flávia JunqueiraWallau, Gabriel Luz2020-12-16T18:06:27Z2020-12-16T18:06:27Z2020PAIVA, Marcelo Henrique Santos et al. Multiple Introductions Followed by Ongoing Community Spread of SARS-CoV-2 at One of the Largest Metropolitan Areas of Northeast Brazil. Viruses, v. 12, p. 1-18, 2020.1999-4915https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/4494110.3390/v12121414A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/Universidade Federal de Pernambuco. Centro Acadêmico do Agreste. Núcleo de Ciências da Vida. Caruaru, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Plataformas Tecnológicas. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Microbioologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Parasitologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Microbioologia. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Laboratório de Virologia e Terapia Experimental. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Imunologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Microbioologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Laboratório de Virologia e Terapia Experimental. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Parasitologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Parasitologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Parasitologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Parasitologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Salvador, BA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Imunologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Parasitologia. Recife, PE, Brasil / Universidade Federal de Pernambuco. Centro de Ciências Médicas. Departamento de Medicina Tropical. Recife, PE, Brasil..Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Parasitologia. Recife, PE, BrasilSecretaria de Saúde de Pernambuco (SES-PE). Secretaria Executiva de Vigilância em Saúde. Recife, PE, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Parasitologia. Recife, PE, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.Multiple epicenters of the SARS-CoV-2 pandemic have emerged since the first pneumonia cases in Wuhan, China, such as Italy, USA, and Brazil. Brazil is the third-most affected country worldwide, but genomic sequences of SARS-CoV-2 strains are mostly restricted to states from the Southeast region. Pernambuco state, located in the Northeast region, is the sixth most affected Brazilian state, but very few genomic sequences from the strains circulating in this region are available. We sequenced 101 strains of SARS-CoV-2 from patients presenting Covid-19 symptoms that reside in Pernambuco. Phylogenetic reconstructions revealed that all genomes belong to the B lineage and most of the samples (88%) were classified as lineage B.1.1. We detected multiple viral introductions from abroad (likely from Europe) as well as six local B.1.1 clades composed by Pernambuco only strains. Local clades comprise sequences from the capital city (Recife) and other country-side cities, corroborating the community spread between different municipalities of the state. These findings demonstrate that different from Southeastern Brazilian states where the epidemics were majorly driven by one dominant lineage (B.1.1.28 or B.1.1.33), the early epidemic phase at the Pernambuco state was driven by multiple B.1.1 lineages seeded through both national and international traveling.engMDPISARS-CoV-2CoronavírusSurtoBrasilFilogenéticaCOVID-19Rede Genômica FiocruzGENOMAHCOVSARS-CoV-2CoronavirusOutbreakFilogenéticaPhylogenetticsCOVID-19Multiple introductions followed by Ongoing Community Spread of SARS-COV-2 at One of the Largest Metropolitan areas of Northeast Brazilinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; 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Multiple introductions followed by Ongoing Community Spread of SARS-COV-2 at One of the Largest Metropolitan areas of Northeast Brazil Paiva, Marcelo Henrique Santos SARS-CoV-2 Coronavírus Surto Brasil Filogenética COVID-19 Rede Genômica Fiocruz GENOMAHCOV SARS-CoV-2 Coronavirus Outbreak Filogenética Phylogenettics COVID-19 |
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