Análise funcional de genes candidatos para características de interesse econômico em bovinos da raça Canchim.

• Autor(a) principal: SOUSA, I. N.
• Data de Publicação: 2018
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da EMBRAPA (Repository Open Access to Scientific Information from EMBRAPA - Alice)
• Texto Completo: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101605
• topic: Característica zootécnica; Ontologia de genes; Região genômica; Gene ontology; Charbray breed; Zootechnical traits; Regions; Gado Canchim

Sabe-se que a qualidade de um produto é o fator fundamental para que o mesmo possa ser inserido no mercado e o setor brasileiro de carne bovina tem se preocupado não só com o aumento da produção, mas também com a qualidade da carne produzida. No entanto, produtores enfretam dificuldades para obter a melhoria de características como a quantidade de gordura subcutânea e entremeada, ganho de peso, além da pelagem e da circunferência escrotal. Diversas metodologias foram desenvolvidas no intuito de obter resultados mais rápidos e mais acurados, como o uso de genes candidatos e análises individuais e adjacentes de SNPs que controlam a manifestação de características de interesse econômico, assim como estudos que visam elucidar a arquitetura biológica e metabólica envolvida na característica. Diante do exposto, o presente estudo tem como objetivo realizar uma análise funcional de genes obtidos de regiões genômicas previamente idenficadas por estudos de associação ampla do genoma (GWAS). Foram prospectadas pelo banco de dados Ensembl, 36 regiões genômicas associadas com com espessura de gordura subcutânea (EGS), marmoreio (MARM), área de olho de lombo (AOL), peso ao sobreano (PESO), pelagem (PELO) e circunferência escrotal (CE). Os 220 genes encontrados foram submetidos à anotação funcional pela ferramenta Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery (DAVID) para verificar suas funcionalidades nas categorias processo biológico, componente celular, função molecular e vias metabólicas, e foram obtidas 186 anotações. Para a verificação das vias metabólicas, foi utilizado o banco de dados Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). Posteriormente, foram selecionados os genes candidatos a partir da filtragem de termos ontológicos e de vias metabólicas relacionados com tecido adiposo, tecido muscular, desenvolvimento e proliferação celular, pelagem e bolsa escrotal, sendo estes obtidos pelos bancos de dados QuickGO e Integrative Visual Analysis Tool for Biological Networks and Pathways (VisANT). Outro critério de seleção utilizado para a seleção de genes foi a identificação prévia dos mesmos na literatura. Após esta filtragem, foram selecionados 29 genes considerados como potenciais candidatos para as características avaliadas, sendo dois genes para EGS, três para MARM, 15 para AOL, seis para PESO, um para PELO e cinco para CE. Os resultados obtidos neste estudo podem na seleção de animais geneticamente superiores em programas de melhoramento da raça Canchim.