Proposta de CLUP genômico com efeitos aditivos e de dominância em ambiente R.

• Autor(a) principal: SANTOS, V. S. dos
• Data de Publicação: 2017
• Outros Autores: MARTINS FILHO, S., RESENDE, M. D. V. de, SILVA, F. F. e
• Tipo de documento: Artigo
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da EMBRAPA (Repository Open Access to Scientific Information from EMBRAPA - Alice)
• Texto Completo: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084054
• topic: Amostrador de Gibbs; Componentes de variância; Modelo linear misto; SNPs; Método estatístico

Recentemente, efeitos de dominância, têm sido incluídos na seleção genômica de várias espécies, sendo o método GBLUP-D o mais utilizado. Esse método consiste em substituir, no procedimento REML/BLUP, as matrizes de parentesco baseadas no pedigree pelas matrizes com base nos marcadores moleculares. Este método pode ser realizado por meio do software GVCBLUP ou por meio do pacote BGLR do software R, o qual se baseia em regressão bayesiana via Kernel de Reprodução do Espaço de Hilbert. Objetivou-se nesse trabalho avaliar a possibilidade e efetividade de implementação do GBLUP-D via a função lmekin implementada no pacote coxme do software R por meio da inclusão das matrizes de parentesco genômicos aditivo e de dominância. Assim, comparou-se, via análises de dados simulados, os resultados obtidos pela função lmekin com os obtidos pelo software GVCBLUP e pacote BGLR. Os resultados mostraram que os métodos GBLUP e GBLUP-D ajustados via REML no software GVCBLUP e por meio da função lmekin são equivalentes. Assim, a função lmekin é uma alternativa eficiente para o ajuste, no software R, de modelos genômicos contemplando efeitos aditivos e de dominância.