Inferência de redes regulatórias utilizando algoritmos de estimação de distribuição
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2014 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da FURG (RI FURG) |
Texto Completo: | http://repositorio.furg.br/handle/1/7671 |
Resumo: | Inferência de redes de regulação gênica a partir de dados de expressão esparsos e na presença de ruído ainda é um desao nos dias de hoje. Nesse trabalho, foram utilizados dois Algoritmos de Estimação de Distribuição distintos para inferir uma Rede de Regulação Gênica. A m de avaliá-los, os algoritmos foram aplicados em três tipos de dados: (i) dados simulados a partir de uma distribuição Gaussiana multivariada, (ii) dados simulados a partir de um simulador realista, GeneNetWeaver e (iii) dados a partir de experimentos de citometria de uxo. Os métodos de inferências em questão apresentam um desempenho comparável com algoritmos de inferência tradicionais em termos de precisão na reconstrução da rede. |
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Inferência de redes regulatórias utilizando algoritmos de estimação de distribuiçãoRedes de regulação gênicaAlgoritmo de estimação de distribuiçãoRedes bayesianasGene regulatory networksEstimation of distribution algorithmBayesian networksInferência de redes de regulação gênica a partir de dados de expressão esparsos e na presença de ruído ainda é um desao nos dias de hoje. Nesse trabalho, foram utilizados dois Algoritmos de Estimação de Distribuição distintos para inferir uma Rede de Regulação Gênica. A m de avaliá-los, os algoritmos foram aplicados em três tipos de dados: (i) dados simulados a partir de uma distribuição Gaussiana multivariada, (ii) dados simulados a partir de um simulador realista, GeneNetWeaver e (iii) dados a partir de experimentos de citometria de uxo. Os métodos de inferências em questão apresentam um desempenho comparável com algoritmos de inferência tradicionais em termos de precisão na reconstrução da rede.Inference of Gene Regulatory Networks from sparse and noisy expression data is still a challenge nowadays. In this work two dierent Estimation of Distribuition Algorithms were used to infer Gene Regulatory Networks. In order to evaluate them, the algorithms were applied to three types of data: (i) data simulated from a multivariate Gaussian distribution, (ii)data simulated from a realistic simulator, GeneNetWeaver and (iii) data from ow cytometry experiments. The proposed inference method shows a performance comparable with traditional inference algorithms in terms of the network reconstruction accuracy.Werhli, Adriano VelasqueEmmendorfer, Leonardo RamosSalvá, Thyago2018-06-26T14:32:12Z2018-06-26T14:32:12Z2014info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfSALVÁ, Thyago. Inferência de redes regulatórias utilizando algoritmos de estimação de distribuição. 2014. 63 f. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Programa de Pós-Graduação em Computação, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, 2014.http://repositorio.furg.br/handle/1/7671porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FURG (RI FURG)instname:Universidade Federal do Rio Grande (FURG)instacron:FURG2018-06-26T14:32:12Zoai:repositorio.furg.br:1/7671Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.furg.br/oai/request || http://200.19.254.174/oai/requestopendoar:2018-06-26T14:32:12Repositório Institucional da FURG (RI FURG) - Universidade Federal do Rio Grande (FURG)false |
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Inferência de redes de regulação gênica a partir de dados de expressão esparsos e na presença de ruído ainda é um desao nos dias de hoje. Nesse trabalho, foram utilizados dois Algoritmos de Estimação de Distribuição distintos para inferir uma Rede de Regulação Gênica. A m de avaliá-los, os algoritmos foram aplicados em três tipos de dados: (i) dados simulados a partir de uma distribuição Gaussiana multivariada, (ii) dados simulados a partir de um simulador realista, GeneNetWeaver e (iii) dados a partir de experimentos de citometria de uxo. Os métodos de inferências em questão apresentam um desempenho comparável com algoritmos de inferência tradicionais em termos de precisão na reconstrução da rede. |
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