Field and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil
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Data de Publicação: | 2021 |
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Tipo de documento: | Artigo |
Idioma: | eng |
Título da fonte: | Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá) |
Texto Completo: | https://patua.iec.gov.br/handle/iec/4299 |
Resumo: | Brazil experienced a large dengue virus (DENV) epidemic in 2019, highlighting a continuous struggle with effective control and public health preparedness. Using Oxford Nanopore sequencing, we led field and classroom initiatives for the monitoring of DENV in Brazil, generating 227 novel genome sequences of DENV1-2 from 85 municipalities (2015–2019). This equated to an over 50% increase in the number of DENV genomes from Brazil available in public databases. Using both phylogenetic and epidemiological models we retrospectively reconstructed the recent transmission history of DENV1-2. Phylogenetic analysis revealed complex patterns of transmission, with both lineage co-circulation and replacement. We identified two lineages within the DENV2 BR-4 clade, for which we estimated the effective reproduction number and pattern of seasonality. Overall, the surveillance outputs and training initiative described here serve as a proof-of-concept for the utility of real-time portable sequencing for research and local capacity building in the genomic surveillance of emerging viruses. |
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Adelino, Talita Émile RibeiroGiovanetti, MartaFonseca, VagnerXavier, JoilsonAbreu, Álvaro Salgado deNascimento, Valdinete Alves doDemarchi, Luiz Henrique FerrazOliveira, Marluce Aparecida AssunçãoSilva, Vinícius Lemos daMello, Arabela Leal e Silva deCunha, Gabriel MuricySantos, Roselene HansOliveira, Elaine Cristina deChamon Júnior, Jorge AntônioIani, Felipe Campos de MeloFilippis, Ana Maria Bispo deAbreu, André Luiz deJesus, Ronaldo deAlbuquerque, Carlos Frederico Campelo deRico, Jairo MendezSaid, Rodrigo Fabiano do CarmoSilva, Joscélio AguiarMoura, Noely Fabiana Oliveira deLeite, PriscilaFrutuoso, Lívia Carla VinhalHaddad, Simone KashimaMartínez, AlexanderBarreto, Fernanda KhouriVazquez, Cynthia CarolinaCunha, Rivaldo Venâncio daAraújo, Emerson Luiz LimaTosta, Stephane Fraga de OliveiraFabri, Allison de AraújoChalhoub, Flávia Lowen LevyLemos, Poliana da SilvaNogueira, Fernanda de BruyckerLichs, Gislene Garcia de CastroZardin, Marina Castilho Souza UmakiSegovia, Fátima María CardozoGonçalves, Crhistinne Cavalheiro MaymoneGrillo, Zoraida Del Carmen FernandezSlavov, Svetoslav NanevPereira, Luiz AugustoMendonça, Ana FláviaPereira, Felicidade MotaMagalhães, Jurandy Júnior Ferraz deSantos Júnior, Agenor de Castro Moreira dosLima, Maricélia Maia deNogueira, Rita Maria RibeiroGóes Neto, AristótelesAzevedo, Vasco Ariston de CarvalhoRamalho, Dario BrockOliveira, Wanderson KleberMacario, Eduardo MarquesMedeiros, Arnaldo Correia dePimentel, VictorHolmes, Edward COliveira, Tulio deLourenço, JoséAlcantara, Luiz Carlos JúniorCerqueira, Erenilde Marques deGraf, TiagoRamalho, WalterNavegantes, WildoReis, Renato BarbosaDuarte, Clara GuerraPereira, Maria AlvesSilva, Paulo Eduardo de Souza daSouza, Raoni Almeida dePauvolid-Corrêa, AlexPaiva, Anne Aline Pereira deFritsch, Hegger MachadoMares-Guia, Maria AngélicaTorres, Maria CelesteLima, Maurício TeixeiraSequeira, PatríciaMarques, William de AlmeidaJesus, Jorlan Fernandes deNaveca, Felipe GomesSilva, Alessandra LimaPinto, Anne CybelleJaiswal, Arun KumarLopes, Élisson NogueiraCosta, Francielly Morais Rodrigues daPeixoto, Gabriel QuintanilhaSoares, Gilson CarlosFonseca, Paula Luize CamargosSouza, Renan Pedra deKato, Rodrigo BentesSantos, Rodrigo Profeta SilveiraTiwari, SandeepNogueira, Wylerson GuimarãesSantos, Beatriz Senra Álvares da SilvaBueno, Bruna LopesSiqueira, Isadora Cristina deValle, Lourdes FarreBorba, Melina Mosquera NavarroMazzetto, Alix SandraAguiar, Francisco de Assis AraújoGomes, Irenio da SilvaAbrantes, Jayra Juliana Paiva AlvesWatanabe, Luiz TakaoRego, Marta Ferreira da SilvaNardy, Vanessa BrandãoAguiar, Shirlei Ferreira deSantos, Fabiana Cristina Pereira dosQueiroz, Alice Louize NunesNunes, Bruno Tardelli DinizMartins, Lívia CaricioNunes, Márcio Roberto TeixeiraSalles, Flávia Cristina da SilvaClaro, Ingra MoralesJesus, Jaqueline Goes deCândido, Darlan da SilvaFabbri, Cintia MarcelaGonzález, ClaudiaSaéz, LissethChen-Germán, MaríaBarrera, Jaime LagosRamírez-González, José ErnestoCampos, JosefinaFaller, Noelia MorelVillalobos, Marta Eugenia VíquezKaslin, RobertoCisneros, Silvia Paola SalgadoAburjaile, Flávia FigueiraAmaral, Carolina DouradoFreire, Danielle Bandeira Costa de SousaCruz, Laura NogueiraMattos, DanielLandeira, Leandro Ferreira LopesMenezes, Mariane Talon deOrioli, Ieda MariaFerraz, Ariane CoelhoOliveira, Daiane Teixeira deReis, Alexandre BarbosaCota, Renata Guerra de SáBezerra, Rafael dos SantosFalcão, Melissa BarretoCarvalho, Rodrigo Dias de Oliveira2021-05-03T13:09:32Z2021-05-03T13:09:32Z2021ADELINO, Talita Émile Ribeiro et al. Field and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil. Nature Communications, v. 12, n. 1. p. 1-12, Dec. 2021. DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-22607-0. Disponível em: https://www.nature.com/articles/s41467-021-22607-0.2041-1723https://patua.iec.gov.br/handle/iec/429910.1038/s41467-021-22607-0Brazil experienced a large dengue virus (DENV) epidemic in 2019, highlighting a continuous struggle with effective control and public health preparedness. Using Oxford Nanopore sequencing, we led field and classroom initiatives for the monitoring of DENV in Brazil, generating 227 novel genome sequences of DENV1-2 from 85 municipalities (2015–2019). This equated to an over 50% increase in the number of DENV genomes from Brazil available in public databases. Using both phylogenetic and epidemiological models we retrospectively reconstructed the recent transmission history of DENV1-2. Phylogenetic analysis revealed complex patterns of transmission, with both lineage co-circulation and replacement. We identified two lineages within the DENV2 BR-4 clade, for which we estimated the effective reproduction number and pattern of seasonality. Overall, the surveillance outputs and training initiative described here serve as a proof-of-concept for the utility of real-time portable sequencing for research and local capacity building in the genomic surveillance of emerging viruses.This work was supported by Decit, SCTIE, Brazilian Ministry of Health, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico - CNPq (440685/ 2016-8, 440856/2016-7 and 421598/2018-2), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES - (88887.130716/2016-00), European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under ZIKAlliance Grant Agreement (734548), STARBIOS (709517), Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro – FAPERJ (E-26/2002.930/2016), International Development Research Centre (IDRC) Canada (108411-001), European Union’s Horizon 2020 under grant agreements ZIKACTION (734857) and ZIKAPLAN (734548).Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil / Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil / Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Mato Grosso do Sul. Laboratório Central de Saúde Pública. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado da Bahia. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Brasília, DF, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Universidade Federal da Bahia. Vitória da Conquista, BA, Brazil.Laboratorio Central de Salud Pública. Asunción, Paraguay.Fundação Oswaldo Cruz. Bio-Manguinhos. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, BrazilFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, BrazilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud. San Lorenzo, Paraguay.Secretaria de Estado de Saúde de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Brasília, DF, Brazil.Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, Ba, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Hospital das Forças Armadas. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Universidade Nova de Lisboa. Instituto de Higiene e Medicina Tropical. Lisboa, Portugal.University of Sydney. School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences. Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity. Sydney, NSW, Australia.University of KwaZulu-Natal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.University of Oxford. Peter Medawar Building. Department of Zoology. Oxford, UK.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Estadual de Feira de Santana. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Universidade de Brasília. Brasília, DF, Brazil.Universidade Salvador. Salvador, BA, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Faculdade de Medicina Veterinária. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Faculdade de Medicina Veterinária. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná. Curitiba, PR, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Amazonas. Manaus, AM, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio Grande do Norte. Natal, RN, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.University of Oxford. Peter Medawar Building. Department of Zoology. Oxford, UK.Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas Dr. Julio Maiztegui. Pergamino, Argentina.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Instituto de Salud Pública de Chile. Santiago, Chile.Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos Dr. Manuel Martínez Báez. Ciudad de México, México.Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas Dr Carlos G Malbrán. Buenos Aires, Argentina.Ministerio de Salud Pública de Uruguay. Montevideo, Uruguay.Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza em Nutrición y Salud. Tres Ríos, Costa Rica.Instituto Nacional de Investigacion en Salud Publica Dr Leopoldo Izquieta Pérez. Guayaquil, Ecuador.Instituto Nacional de Investigacion en Salud Publica Dr Leopoldo Izquieta Pérez. Guayaquil, Ecuador.Universidade Federal de Pernambuco. Recife, PE, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte. MG, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.engNature ResearchField and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazilinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleDengue / virologiaDengue / transmissãoVariação Estrutural do GenomaSequenciamento por NanoporosVírus da Dengue / patogenicidadeinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá)instname:Instituto Evandro Chagas (IEC)instacron:IECORIGINALField and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil.pdfField and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil.pdfapplication/pdf2568025https://patua.iec.gov.br/bitstreams/552d54c1-ef9a-4ab2-af6a-2a6e485c6794/download07e347be7dce5fb07dcbe36f7f1c79ffMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82182https://patua.iec.gov.br/bitstreams/46ba8b79-38bc-4893-b620-a72360ae6467/download11832eea31b16df8613079d742d61793MD52TEXTField and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil.pdf.txtField and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil.pdf.txtExtracted texttext/plain80279https://patua.iec.gov.br/bitstreams/2c0ae1b1-4bef-45b5-9d81-d047ce4cb3e6/download0c3ae0614216de7d5085f9daea298bbfMD55THUMBNAILField and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil.pdf.jpgField and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg3939https://patua.iec.gov.br/bitstreams/4f164dd7-b1f7-488e-9957-e1a019870b95/download393ef2ca5ea25883039affe5124f9756MD56iec/42992022-10-20 21:06:22.914oai:patua.iec.gov.br:iec/4299https://patua.iec.gov.brRepositório InstitucionalPUBhttps://patua.iec.gov.br/oai/requestclariceneta@iec.gov.br || Biblioteca@iec.gov.bropendoar:2022-10-20T21:06:22Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá) - Instituto Evandro Chagas (IEC)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 |
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Adelino, Talita Émile Ribeiro |
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Adelino, Talita Émile Ribeiro Giovanetti, Marta Fonseca, Vagner Xavier, Joilson Abreu, Álvaro Salgado de Nascimento, Valdinete Alves do Demarchi, Luiz Henrique Ferraz Oliveira, Marluce Aparecida Assunção Silva, Vinícius Lemos da Mello, Arabela Leal e Silva de Cunha, Gabriel Muricy Santos, Roselene Hans Oliveira, Elaine Cristina de Chamon Júnior, Jorge Antônio Iani, Felipe Campos de Melo Filippis, Ana Maria Bispo de Abreu, André Luiz de Jesus, Ronaldo de Albuquerque, Carlos Frederico Campelo de Rico, Jairo Mendez Said, Rodrigo Fabiano do Carmo Silva, Joscélio Aguiar Moura, Noely Fabiana Oliveira de Leite, Priscila Frutuoso, Lívia Carla Vinhal Haddad, Simone Kashima Martínez, Alexander Barreto, Fernanda Khouri Vazquez, Cynthia Carolina Cunha, Rivaldo Venâncio da Araújo, Emerson Luiz Lima Tosta, Stephane Fraga de Oliveira Fabri, Allison de Araújo Chalhoub, Flávia Lowen Levy Lemos, Poliana da Silva Nogueira, Fernanda de Bruycker Lichs, Gislene Garcia de Castro Zardin, Marina Castilho Souza Umaki Segovia, Fátima María Cardozo Gonçalves, Crhistinne Cavalheiro Maymone Grillo, Zoraida Del Carmen Fernandez Slavov, Svetoslav Nanev Pereira, Luiz Augusto Mendonça, Ana Flávia Pereira, Felicidade Mota Magalhães, Jurandy Júnior Ferraz de Santos Júnior, Agenor de Castro Moreira dos Lima, Maricélia Maia de Nogueira, Rita Maria Ribeiro Góes Neto, Aristóteles Azevedo, Vasco Ariston de Carvalho Ramalho, Dario Brock Oliveira, Wanderson Kleber Macario, Eduardo Marques Medeiros, Arnaldo Correia de Pimentel, Victor Holmes, Edward C Oliveira, Tulio de Lourenço, José Alcantara, Luiz Carlos Júnior Cerqueira, Erenilde Marques de Graf, Tiago Ramalho, Walter Navegantes, Wildo Reis, Renato Barbosa Duarte, Clara Guerra Pereira, Maria Alves Silva, Paulo Eduardo de Souza da Souza, Raoni Almeida de Pauvolid-Corrêa, Alex Paiva, Anne Aline Pereira de Fritsch, Hegger Machado Mares-Guia, Maria Angélica Torres, Maria Celeste Lima, Maurício Teixeira Sequeira, Patrícia Marques, William de Almeida Jesus, Jorlan Fernandes de Naveca, Felipe Gomes Silva, Alessandra Lima Pinto, Anne Cybelle Jaiswal, Arun Kumar Lopes, Élisson Nogueira Costa, Francielly Morais Rodrigues da Peixoto, Gabriel Quintanilha Soares, Gilson Carlos Fonseca, Paula Luize Camargos Souza, Renan Pedra de Kato, Rodrigo Bentes Santos, Rodrigo Profeta Silveira Tiwari, Sandeep Nogueira, Wylerson Guimarães Santos, Beatriz Senra Álvares da Silva Bueno, Bruna Lopes Siqueira, Isadora Cristina de Valle, Lourdes Farre Borba, Melina Mosquera Navarro Mazzetto, Alix Sandra Aguiar, Francisco de Assis Araújo Gomes, Irenio da Silva Abrantes, Jayra Juliana Paiva Alves Watanabe, Luiz Takao Rego, Marta Ferreira da Silva Nardy, Vanessa Brandão Aguiar, Shirlei Ferreira de Santos, Fabiana Cristina Pereira dos Queiroz, Alice Louize Nunes Nunes, Bruno Tardelli Diniz Martins, Lívia Caricio Nunes, Márcio Roberto Teixeira Salles, Flávia Cristina da Silva Claro, Ingra Morales Jesus, Jaqueline Goes de Cândido, Darlan da Silva Fabbri, Cintia Marcela González, Claudia Saéz, Lisseth Chen-Germán, María Barrera, Jaime Lagos Ramírez-González, José Ernesto Campos, Josefina Faller, Noelia Morel Villalobos, Marta Eugenia Víquez Kaslin, Roberto Cisneros, Silvia Paola Salgado Aburjaile, Flávia Figueira Amaral, Carolina Dourado Freire, Danielle Bandeira Costa de Sousa Cruz, Laura Nogueira Mattos, Daniel Landeira, Leandro Ferreira Lopes Menezes, Mariane Talon de Orioli, Ieda Maria Ferraz, Ariane Coelho Oliveira, Daiane Teixeira de Reis, Alexandre Barbosa Cota, Renata Guerra de Sá Bezerra, Rafael dos Santos Falcão, Melissa Barreto Carvalho, Rodrigo Dias de Oliveira |
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Dengue / virologia Dengue / transmissão Variação Estrutural do Genoma Sequenciamento por Nanoporos Vírus da Dengue / patogenicidade |
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Dengue / virologia Dengue / transmissão Variação Estrutural do Genoma Sequenciamento por Nanoporos Vírus da Dengue / patogenicidade |
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Brazil experienced a large dengue virus (DENV) epidemic in 2019, highlighting a continuous struggle with effective control and public health preparedness. Using Oxford Nanopore sequencing, we led field and classroom initiatives for the monitoring of DENV in Brazil, generating 227 novel genome sequences of DENV1-2 from 85 municipalities (2015–2019). This equated to an over 50% increase in the number of DENV genomes from Brazil available in public databases. Using both phylogenetic and epidemiological models we retrospectively reconstructed the recent transmission history of DENV1-2. Phylogenetic analysis revealed complex patterns of transmission, with both lineage co-circulation and replacement. We identified two lineages within the DENV2 BR-4 clade, for which we estimated the effective reproduction number and pattern of seasonality. Overall, the surveillance outputs and training initiative described here serve as a proof-of-concept for the utility of real-time portable sequencing for research and local capacity building in the genomic surveillance of emerging viruses. |
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2021 |
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ADELINO, Talita Émile Ribeiro et al. Field and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil. Nature Communications, v. 12, n. 1. p. 1-12, Dec. 2021. DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-22607-0. Disponível em: https://www.nature.com/articles/s41467-021-22607-0. |
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