Identificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Barata, Rafael Ribeiro
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá)
Texto Completo: https://patua.iec.gov.br/handle/iec/4153
Resumo: Estima-se que existam milhões de espécies de fungos não descobertas no mundo, e grande parte dessa biodiversidade está concentrada em áreas tropicais, como a Amazônia. Nesta região, espécies pouco conhecidas de fungos do solo podem abrigar uma vasta variedade de espécies de vírus, conhecidos como micovírus. Neste estudo, descrevemos três novas espécies de micovírus obtidas do solo da Área de Proteção Ambiental da Ilha do Combu, localizada no estado do Pará, na Amazônia brasileira. Amostras de solo foram coletadas em cinco pontos ao longo de trilhas florestais. Cada amostra foi posteriormente inoculada em placas de Petri contendo ágar batata dextrose para diferenciação entre colônias morfologicamente distintas e isolamento fúngico. O RNA total dos isolados foi extraído e sequenciado usando o Illumina HiSeq 2500. As leituras foram montadas pelo método de novo, e os contigs gerados foram comparados usando Blastx. Os genes ribossomais foram preditos e utilizados para identificação dos fungos usando a região ITS. Os micovírus foram comparados com outros vírus similares disponíveis no banco de dados NCBI através de inferências filogenéticas de máxima verossimilhança baseadas no gene da polimerase. Dos nove fungos isolados, dois continham micovírus. Um micovírus de dsRNA e um de ssRNA positivo, ambos identificados no Simplicillium sympodiophorum, indicando uma coinfecção. Um micovírus de ssRNA negativo também foi detectado em Mucor irregularis. Estes três vírus são espécies novas, e para eles sugerimos os nomes Combu double-strand RNA mycovirus (CDRV), Combu positive-strand RNA mycovirus (CPRV) e Combu negative-strand RNA mycovirus (CNRV). Esses novos vírus são filogeneticamente próximos dos vírus da família Amalgaviridae, no gênero Ourmiavirus e da ordem Bunyavirales, respectivamente. Nossas análises mostram a necessidade urgente de um método expandido de organização taxonômica para esses novos micovírus e outros micovírus ainda não classificados relatados na literatura.
id IEC-2_7899780e15a9f5d3a1d869045728f312
oai_identifier_str oai:patua.iec.gov.br:iec/4153
network_acronym_str IEC-2
network_name_str Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá)
repository_id_str
spelling Barata, Rafael RibeiroVianez Júnior, João Lídio da Silva GonçalvesMascarenhas, Joana D’Arc PereiraSilva, Sandro Patroca daCarvalho, Valéria LimaBurlamaqui, Tibério C. TSilva, Silvia Helena Marques daNunes, Márcio Roberto Teixeira2020-08-25T11:46:01Z2020-08-25T11:46:01Z2019BARATA, Rafael Ribeiro. Identificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil. 76 f. Tese (Doutorado em Virologia) - Instituto Evandro Chagas, Programa de Pós-Graduação em Virologia, Ananindeua, 2019.https://patua.iec.gov.br/handle/iec/4153Estima-se que existam milhões de espécies de fungos não descobertas no mundo, e grande parte dessa biodiversidade está concentrada em áreas tropicais, como a Amazônia. Nesta região, espécies pouco conhecidas de fungos do solo podem abrigar uma vasta variedade de espécies de vírus, conhecidos como micovírus. Neste estudo, descrevemos três novas espécies de micovírus obtidas do solo da Área de Proteção Ambiental da Ilha do Combu, localizada no estado do Pará, na Amazônia brasileira. Amostras de solo foram coletadas em cinco pontos ao longo de trilhas florestais. Cada amostra foi posteriormente inoculada em placas de Petri contendo ágar batata dextrose para diferenciação entre colônias morfologicamente distintas e isolamento fúngico. O RNA total dos isolados foi extraído e sequenciado usando o Illumina HiSeq 2500. As leituras foram montadas pelo método de novo, e os contigs gerados foram comparados usando Blastx. Os genes ribossomais foram preditos e utilizados para identificação dos fungos usando a região ITS. Os micovírus foram comparados com outros vírus similares disponíveis no banco de dados NCBI através de inferências filogenéticas de máxima verossimilhança baseadas no gene da polimerase. Dos nove fungos isolados, dois continham micovírus. Um micovírus de dsRNA e um de ssRNA positivo, ambos identificados no Simplicillium sympodiophorum, indicando uma coinfecção. Um micovírus de ssRNA negativo também foi detectado em Mucor irregularis. Estes três vírus são espécies novas, e para eles sugerimos os nomes Combu double-strand RNA mycovirus (CDRV), Combu positive-strand RNA mycovirus (CPRV) e Combu negative-strand RNA mycovirus (CNRV). Esses novos vírus são filogeneticamente próximos dos vírus da família Amalgaviridae, no gênero Ourmiavirus e da ordem Bunyavirales, respectivamente. Nossas análises mostram a necessidade urgente de um método expandido de organização taxonômica para esses novos micovírus e outros micovírus ainda não classificados relatados na literatura.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Programa de Pós-Graduação em Virologia. Ananindeua, PA, Brasil.porMS/SVS/Instituto Evandro ChagasIdentificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasilinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis2019-08-14Núcleo de Ensino e Pós-GraduaçãoInstituto Evandro ChagasAnanindeua / PAPrograma de Pós-Graduação em VirologiaMicovírus / isolamento & purificaçãoMicovírus / classificaçãoFungosMicrobiologia do SoloÁrea de Proteção Ambiental (PA)Ilha do Combu (PA)info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá)instname:Instituto Evandro Chagas (IEC)instacron:IECORIGINALIdentificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil.pdfIdentificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil.pdfapplication/pdf3337202https://patua.iec.gov.br/bitstreams/dfbc4ca5-10b7-43a9-a78b-dd97b0715bed/download4f31ca99905f56f53a6a210db9ad25ccMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82182https://patua.iec.gov.br/bitstreams/89ebaf07-c46e-4715-9172-c2b902033903/download11832eea31b16df8613079d742d61793MD52TEXTIdentificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil.pdf.txtIdentificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil.pdf.txtExtracted texttext/plain102725https://patua.iec.gov.br/bitstreams/2c08d8be-794e-4c1b-9bc2-d6a576c2876a/downloadb5effcb8715c84afc3bd98ab7fb9ea25MD55THUMBNAILIdentificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil.pdf.jpgIdentificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg2785https://patua.iec.gov.br/bitstreams/470f9bd3-9e2e-4929-9995-afc30ed072d4/download16987d17aabf8e563a5c728bbae21744MD56iec/41532022-10-20 22:11:43.69oai:patua.iec.gov.br:iec/4153https://patua.iec.gov.brRepositório InstitucionalPUBhttps://patua.iec.gov.br/oai/requestclariceneta@iec.gov.br || Biblioteca@iec.gov.bropendoar:2022-10-20T22:11:43Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá) - Instituto Evandro Chagas (IEC)falsePGI+TGljZW7Dp2EgZGUgRGlzdHJpYnVpw6fDo28gTsOjbyBFeGNsdXNpdmE8L2I+DQoNClRvZG8gZGVwb3NpdGFudGUgZGUgbWF0ZXJpYWwgbm8gUGF0dcOhIGRldmUgY29uY2VkZXIgYW8gSW5zdGl0dXRvIEV2YW5kcm8gQ2hhZ2FzIHVtYSBMaWNlbsOnYSBkZSBEaXN0cmlidWnDp8OjbyBOw6NvIEV4Y2x1c2l2YSBwYXJhIHRvcm5hciBlIG1hbnRlciBhY2Vzc8OtdmVpcyBvcyBzZXVzIGRvY3VtZW50b3MgZW0gZm9ybWF0byBkaWdpdGFsLiANCg0KQ29tIGEgY29uY2Vzc8OjbyBkZXNzYSBsaWNlbsOnYSBuw6NvIGV4Y2x1c2l2YSwgbyBkZXBvc2l0YW50ZSBjb250aW51YSBhIHJldGVyIHRvZG9zIG9zIGRpcmVpdG9zIGRlIGF1dG9yLg0KDQpBbyBhc3NpbmFyIGUgZW50cmVnYXIgZXN0YSBsaWNlbsOnYSB2b2PDqiAoYXV0b3Igb3UgZGV0ZW50b3IgZG9zIGRpcmVpdG9zIGF1dG9yYWlzKQ0KDQphKSBEZWNsYXJhIHF1ZSBjb25oZWNlIGEgcG9sw610aWNhIGRlIGNvcHlyaWdodCBkYSBlZGl0b3JhIGRlIHNldSBkb2N1bWVudG8uDQoNCmIpIENvbmNlZGUgYW8gSW5zdGl0dXRvIEV2YW5kcm8gQ2hhZ2FzIG8gZGlyZWl0byBuw6NvIGV4Y2x1c2l2byBkZSBhcnF1aXZhciwgcmVwcm9kdXppciwgY29udmVydGVyIChjb21vIGRlZmluaWRvIGEgc2VndWlyKSwgY29tdW5pY2FyIGUvb3UgZGlzdHJpYnVpciBubyA8Yj5QYXR1w6E8L2I+LCBvIGRvY3VtZW50byBlbnRyZWd1ZSAoaW5jbHVpbmRvIG8gcmVzdW1vL2Fic3RyYWN0KSBlbSBmb3JtYXRvIGRpZ2l0YWwgb3UgcG9yIHF1YWxxdWVyIG91dHJvIG1laW8uDQoNCmMpIERlY2xhcmEgcXVlIGF1dG9yaXphIG8gSW5zdGl0dXRvIEV2YW5kcm8gQ2hhZ2FzIGEgYXJxdWl2YXIgbWFpcyBkZSB1bWEgY8OzcGlhIGRlc3NlIGRvY3VtZW50byBlIGNvbnZlcnTDqi1sbywgc2VtIGFsdGVyYXIgbyBzZXUgY29udGXDumRvLCBwYXJhIHF1YWxxdWVyIGZvcm1hdG8gZGUgZmljaGVpcm8sIG1laW8gb3Ugc3Vwb3J0ZSwgcGFyYSBlZmVpdG9zIGRlIHNlZ3VyYW7Dp2EsIHByZXNlcnZhw6fDo28gKGJhY2t1cCkgZSBhY2Vzc28uDQoNCmQpIERlY2xhcmEgcXVlIG8gZG9jdW1lbnRvIHN1Ym1ldGlkbyDDqSBvIHNldSB0cmFiYWxobyBvcmlnaW5hbCBlIHF1ZSBkZXTDqW0gbyBkaXJlaXRvIGRlIGNvbmNlZGVyIGEgdGVyY2Vpcm9zIG9zIGRpcmVpdG9zIGNvbnRpZG9zIG5lc3RhIGxpY2Vuw6dhLiBEZWNsYXJhIHRhbWLDqW0gcXVlIGEgZW50cmVnYSBkbyBkb2N1bWVudG8gbsOjbyBpbmZyaW5nZSBvcyBkaXJlaXRvcyBkZSBxdWFscXVlciBvdXRyYSBwZXNzb2Egb3UgZW50aWRhZGUuDQoNCmUpIERlY2xhcmEgcXVlLCBubyBjYXNvIGRvIGRvY3VtZW50byBzdWJtZXRpZG8gY29udGVyIG1hdGVyaWFsIGRvIHF1YWwgbsOjbyBkZXTDqW0gb3MgZGlyZWl0b3MgZGUgYXV0b3IsIG9idGV2ZSBhIGF1dG9yaXphw6fDo28gaXJyZXN0cml0YSBkbyByZXNwZWN0aXZvIGRldGVudG9yIGRlc3NlcyBkaXJlaXRvcywgcGFyYSBjZWRlciBhbyBJbnN0aXR1dG8gRXZhbmRybyBDaGFnYXMgb3MgZGlyZWl0b3MgcmVxdWVyaWRvcyBwb3IgZXN0YSBMaWNlbsOnYSBlIGF1dG9yaXphciBhIHV0aWxpesOhLWxvcyBsZWdhbG1lbnRlLiBEZWNsYXJhIHRhbWLDqW0gcXVlIGVzc2UgbWF0ZXJpYWwgY3Vqb3MgZGlyZWl0b3Mgc8OjbyBkZSB0ZXJjZWlyb3MgZXN0w6EgY2xhcmFtZW50ZSBpZGVudGlmaWNhZG8gZSByZWNvbmhlY2lkbyBubyB0ZXh0byBvdSBjb250ZcO6ZG8gZG8gZG9jdW1lbnRvIGVudHJlZ3VlLg0KDQpmKSBTRSBPIERPQ1VNRU5UTyBFTlRSRUdVRSBGT1IgQkFTRUFETyBFTSBUUkFCQUxITyBGSU5BTkNJQURPIE9VIEFQT0lBRE8gUE9SIE9VVFJBIElOU1RJVFVJw4fDg08gUVVFIE7Dg08gTyBJTlNUSVRVVE8gRVZBTkRSTyBDSEFHQVMsIERFQ0xBUkEgUVVFIENVTVBSSVUgUVVBSVNRVUVSIE9CUklHQcOHw5VFUyBFWElHSURBUyBQRUxPIFJFU1BFQ1RJVk8gQ09OVFJBVE8gT1UgQUNPUkRPLg0KDQpPIEluc3RpdHV0byBFdmFuZHJvIENoYWdhcyBpZGVudGlmaWNhcsOhIGNsYXJhbWVudGUgbyhzKSBub21lKHMpIGRvKHMpIGF1dG9yKGVzKSBkb3MgZGlyZWl0b3MgZG8gZG9jdW1lbnRvIGVudHJlZ3VlIGUgbsOjbyBmYXLDoSBxdWFscXVlciBhbHRlcmHDp8OjbyBhbMOpbSBkbyBwcmV2aXN0byBuYSBhbMOtbmVhIGIpLg==
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Identificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil
title Identificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil
spellingShingle Identificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil
Barata, Rafael Ribeiro
Micovírus / isolamento & purificação
Micovírus / classificação
Fungos
Microbiologia do Solo
Área de Proteção Ambiental (PA)
Ilha do Combu (PA)
title_short Identificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil
title_full Identificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil
title_fullStr Identificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil
title_full_unstemmed Identificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil
title_sort Identificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil
author Barata, Rafael Ribeiro
author_facet Barata, Rafael Ribeiro
author_role author
dc.contributor.advisorco.pt_BR.fl_str_mv Vianez Júnior, João Lídio da Silva Gonçalves
dc.contributor.member.pt_BR.fl_str_mv Mascarenhas, Joana D’Arc Pereira
Silva, Sandro Patroca da
Carvalho, Valéria Lima
Burlamaqui, Tibério C. T
Silva, Silvia Helena Marques da
dc.contributor.author.fl_str_mv Barata, Rafael Ribeiro
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Nunes, Márcio Roberto Teixeira
contributor_str_mv Nunes, Márcio Roberto Teixeira
dc.subject.decsPrimary.pt_BR.fl_str_mv Micovírus / isolamento & purificação
Micovírus / classificação
Fungos
Microbiologia do Solo
Área de Proteção Ambiental (PA)
Ilha do Combu (PA)
topic Micovírus / isolamento & purificação
Micovírus / classificação
Fungos
Microbiologia do Solo
Área de Proteção Ambiental (PA)
Ilha do Combu (PA)
description Estima-se que existam milhões de espécies de fungos não descobertas no mundo, e grande parte dessa biodiversidade está concentrada em áreas tropicais, como a Amazônia. Nesta região, espécies pouco conhecidas de fungos do solo podem abrigar uma vasta variedade de espécies de vírus, conhecidos como micovírus. Neste estudo, descrevemos três novas espécies de micovírus obtidas do solo da Área de Proteção Ambiental da Ilha do Combu, localizada no estado do Pará, na Amazônia brasileira. Amostras de solo foram coletadas em cinco pontos ao longo de trilhas florestais. Cada amostra foi posteriormente inoculada em placas de Petri contendo ágar batata dextrose para diferenciação entre colônias morfologicamente distintas e isolamento fúngico. O RNA total dos isolados foi extraído e sequenciado usando o Illumina HiSeq 2500. As leituras foram montadas pelo método de novo, e os contigs gerados foram comparados usando Blastx. Os genes ribossomais foram preditos e utilizados para identificação dos fungos usando a região ITS. Os micovírus foram comparados com outros vírus similares disponíveis no banco de dados NCBI através de inferências filogenéticas de máxima verossimilhança baseadas no gene da polimerase. Dos nove fungos isolados, dois continham micovírus. Um micovírus de dsRNA e um de ssRNA positivo, ambos identificados no Simplicillium sympodiophorum, indicando uma coinfecção. Um micovírus de ssRNA negativo também foi detectado em Mucor irregularis. Estes três vírus são espécies novas, e para eles sugerimos os nomes Combu double-strand RNA mycovirus (CDRV), Combu positive-strand RNA mycovirus (CPRV) e Combu negative-strand RNA mycovirus (CNRV). Esses novos vírus são filogeneticamente próximos dos vírus da família Amalgaviridae, no gênero Ourmiavirus e da ordem Bunyavirales, respectivamente. Nossas análises mostram a necessidade urgente de um método expandido de organização taxonômica para esses novos micovírus e outros micovírus ainda não classificados relatados na literatura.
publishDate 2019
dc.date.issued.fl_str_mv 2019
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2020-08-25T11:46:01Z
dc.date.available.fl_str_mv 2020-08-25T11:46:01Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv BARATA, Rafael Ribeiro. Identificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil. 76 f. Tese (Doutorado em Virologia) - Instituto Evandro Chagas, Programa de Pós-Graduação em Virologia, Ananindeua, 2019.
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://patua.iec.gov.br/handle/iec/4153
identifier_str_mv BARATA, Rafael Ribeiro. Identificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil. 76 f. Tese (Doutorado em Virologia) - Instituto Evandro Chagas, Programa de Pós-Graduação em Virologia, Ananindeua, 2019.
url https://patua.iec.gov.br/handle/iec/4153
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv MS/SVS/Instituto Evandro Chagas
publisher.none.fl_str_mv MS/SVS/Instituto Evandro Chagas
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá)
instname:Instituto Evandro Chagas (IEC)
instacron:IEC
instname_str Instituto Evandro Chagas (IEC)
instacron_str IEC
institution IEC
reponame_str Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá)
collection Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá)
bitstream.url.fl_str_mv https://patua.iec.gov.br/bitstreams/dfbc4ca5-10b7-43a9-a78b-dd97b0715bed/download
https://patua.iec.gov.br/bitstreams/89ebaf07-c46e-4715-9172-c2b902033903/download
https://patua.iec.gov.br/bitstreams/2c08d8be-794e-4c1b-9bc2-d6a576c2876a/download
https://patua.iec.gov.br/bitstreams/470f9bd3-9e2e-4929-9995-afc30ed072d4/download
bitstream.checksum.fl_str_mv 4f31ca99905f56f53a6a210db9ad25cc
11832eea31b16df8613079d742d61793
b5effcb8715c84afc3bd98ab7fb9ea25
16987d17aabf8e563a5c728bbae21744
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá) - Instituto Evandro Chagas (IEC)
repository.mail.fl_str_mv clariceneta@iec.gov.br || Biblioteca@iec.gov.br
_version_ 1809190045664411648