Caracterização computacional de padrões estruturais em seqüências de DNA relacionadas a processos em redes metabólicas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Laurita dos Santos
Data de Publicação: 2009
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações do INPE
Texto Completo: http://urlib.net/sid.inpe.br/mtc-m18@80/2009/02.16.18.57
Resumo: Nas últimas décadas, uma enorme quantidade de informação sobre o funcionamento de sistemas biológicos foram disponibilizadas em bancos de dados de acesso público. A Computação Aplicada à Biologia ou Bioinformática tem contribuído para análise computacional de dados biológicos cada vez mais ricos em informação. Neste contexto, este trabalho tem por objetivo analisar e caracterizar a estrutura do Ácido Nucléico DNA através de técnicas matemáticas e computacionais. As técnicas de caracterização empregadas são: a análise de flutuação "destendenciada", o coeciente de dispersão e a análise espectral gradiente. São utilizadas as seqüências gênicas e não gênicas dos seguintes organismos: a Escherichia coli, uma bactéria do Reino Eubacteria; a Thermoplasma acidophilum, uma arquea do Reino Archaea e a Saccharomyces cerevisiae, uma levedura do Reino Fungi. Estes organismos são importantes em estudos de Exobiologia ou Astrobiologia, uma vez que, representam origens evolutivas distintas. Os principais resultados evidenciam diferenças estruturais robustas entre os três organismos e validam as técnicas utilizadas para análise de seqüência genéticas.
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spelling info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisCaracterização computacional de padrões estruturais em seqüências de DNA relacionadas a processos em redes metabólicasCharacterization computational of the structural patterns in DNA sequence related with metabolic pathways.2009-02-26Reinaldo Roberto RosaGunther J. L. GerhardtEzzat Selim ChalhubRita Maria Cunha de AlmeidaLaurita dos SantosInstituto Nacional de Pesquisas EspaciaisPrograma de Pós-Graduação do INPE em Computação AplicadaINPEBRComputação aplicadasequências genéticasexobiologiadendred fluctuation analysis (DFA)análise espectral gradienteapllied computinggenetic sequenceexobiologygradient spectral analysisNas últimas décadas, uma enorme quantidade de informação sobre o funcionamento de sistemas biológicos foram disponibilizadas em bancos de dados de acesso público. A Computação Aplicada à Biologia ou Bioinformática tem contribuído para análise computacional de dados biológicos cada vez mais ricos em informação. Neste contexto, este trabalho tem por objetivo analisar e caracterizar a estrutura do Ácido Nucléico DNA através de técnicas matemáticas e computacionais. As técnicas de caracterização empregadas são: a análise de flutuação "destendenciada", o coeciente de dispersão e a análise espectral gradiente. São utilizadas as seqüências gênicas e não gênicas dos seguintes organismos: a Escherichia coli, uma bactéria do Reino Eubacteria; a Thermoplasma acidophilum, uma arquea do Reino Archaea e a Saccharomyces cerevisiae, uma levedura do Reino Fungi. Estes organismos são importantes em estudos de Exobiologia ou Astrobiologia, uma vez que, representam origens evolutivas distintas. Os principais resultados evidenciam diferenças estruturais robustas entre os três organismos e validam as técnicas utilizadas para análise de seqüência genéticas.In the last years, an amount of information about the biological systems were available in public databases. The Computer Science Applied to Biology or Bioinformatics has contributed to computational analysis of biological data giving a lot of information on biological processes and patterns in natural systems. In this context, this study aims to examine and characterize the structure of nucleic acid (DNA) through mathematical and computational techniques. The characterization techniques used in this work are: Detrended Fluctuation Analysis, Dispersion Coefficient and Gradient Spectra Analysis. Coding and non-coding sequences of the following organisms are used: Escherichia coli which is a bacterium of the Eubacteria Kingdom, the Thermoplasma acidophilum which is an archaeal of the Archaea Kingdom and Saccharomyces cerevisiae which is a yeast of the Fungi Kingdom. Such organisms are important in the exobiological scenario due to their distinct evolutionary origins. The main results have shown robust structural dierences among the three organisms and were important in order to validate the techniques for genetic sequences analysis.http://urlib.net/sid.inpe.br/mtc-m18@80/2009/02.16.18.57info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações do INPEinstname:Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE)instacron:INPE2021-07-31T06:53:20Zoai:urlib.net:sid.inpe.br/mtc-m18@80/2009/02.16.18.57.21-0Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://bibdigital.sid.inpe.br/PUBhttp://bibdigital.sid.inpe.br/col/iconet.com.br/banon/2003/11.21.21.08/doc/oai.cgiopendoar:32772021-07-31 06:53:20.881Biblioteca Digital de Teses e Dissertações do INPE - Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE)false
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