Diagnóstico genômico de agamaglobulinemia a partir de Dados de Sequenciamento de Exoma utilizando ferramentas de Biologia computacional
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2019 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações do LNCC |
Texto Completo: | https://tede.lncc.br/handle/tede/357 |
Resumo: | A Agamaglobulinemia é uma imunodeficiência primária caracterizada pela deficiência na produção de anticorpos. O tipo mais comum desta doença é a Agamaglobulinemia Ligada ao X (XLA), causada por mutações no gene BTK. Apesar de algumas mutações já terem sido identificadas neste gene, o repertório de mutações que causam agamaglobulinemia ainda não está completo. O presente trabalho teve como objetivo principal identificar variantes genéticas raras associadas ao fenótipo de agamaglobulinemia, a partir do sequenciamento do exoma de pacientes acometidos pela doença. Foram utilizadas amostras de DNA de sangue periférico de sete pacientes com linfócitos B (CD19) abaixo de 1% e baixos níveis de imunoglobulinas. As análises dos exoma dos pacientes permitiram identificar seis variantes raras diferentes no gene BTK. Quatro destas variantes (p.Arg332fsX347, p.Arg372fsX402, p.Ile56Lys e p.Asp579Tyr) foram descritas pela primeira vez por este trabalho. Duas variantes já foram identificadas em bancos de dados (p.Tyr112* e p.Gly584Glu), sendo a última descrita em dois pacientes irmãos. Além disso, foram encontradas mutações nos genes TNFRSF1A, TNFRSF1B, TRAF1, TRAF2, TGFB1 e PRF1 associados a fenótipos secundários apresentados pelos pacientes. Estes achados podem melhorar a qualidade de vida desses pacientes viabilizando o uso de alternativas terapêuticas personalizadas e tratamentos diferenciados. A descoberta destas variantes pode auxiliar no prognóstico de outros pacientes acometidos com esta doença através da medicina de precisão. O presente trabalho utilizou uma abordagem pioneira de biologia computacional para o estudo das causas moleculares de Agamaglobulinemia no Brasil. |
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Diagnóstico genômico de agamaglobulinemia a partir de Dados de Sequenciamento de Exoma utilizando ferramentas de Biologia computacionalBiologia computacionalMedicina - PesquisaCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERALA Agamaglobulinemia é uma imunodeficiência primária caracterizada pela deficiência na produção de anticorpos. O tipo mais comum desta doença é a Agamaglobulinemia Ligada ao X (XLA), causada por mutações no gene BTK. Apesar de algumas mutações já terem sido identificadas neste gene, o repertório de mutações que causam agamaglobulinemia ainda não está completo. O presente trabalho teve como objetivo principal identificar variantes genéticas raras associadas ao fenótipo de agamaglobulinemia, a partir do sequenciamento do exoma de pacientes acometidos pela doença. Foram utilizadas amostras de DNA de sangue periférico de sete pacientes com linfócitos B (CD19) abaixo de 1% e baixos níveis de imunoglobulinas. As análises dos exoma dos pacientes permitiram identificar seis variantes raras diferentes no gene BTK. Quatro destas variantes (p.Arg332fsX347, p.Arg372fsX402, p.Ile56Lys e p.Asp579Tyr) foram descritas pela primeira vez por este trabalho. Duas variantes já foram identificadas em bancos de dados (p.Tyr112* e p.Gly584Glu), sendo a última descrita em dois pacientes irmãos. Além disso, foram encontradas mutações nos genes TNFRSF1A, TNFRSF1B, TRAF1, TRAF2, TGFB1 e PRF1 associados a fenótipos secundários apresentados pelos pacientes. Estes achados podem melhorar a qualidade de vida desses pacientes viabilizando o uso de alternativas terapêuticas personalizadas e tratamentos diferenciados. A descoberta destas variantes pode auxiliar no prognóstico de outros pacientes acometidos com esta doença através da medicina de precisão. O presente trabalho utilizou uma abordagem pioneira de biologia computacional para o estudo das causas moleculares de Agamaglobulinemia no Brasil.Agammaglobulinemia is a primary immunodeficiency characterized by deficiencies in antibody production. The most common type of this disease is X-Linked Agammaglobulinemia (XLA), caused by mutations in BTK gene. Although some mutations have already been identified in this gene, the complete set of mutations associated with agammaglobulinemia phenotype still unknown. This study aimed to identify rare genetic variants associated with the agammaglobulinemia phenotype using Whole Exome Sequencing of patients with this disease. Peripheral blood DNA samples from seven patients with agammaglobulinemia with B lymphocytes (CD19) below 1% and low levels of immunoglobulins were used in the analyses. The exome analysis allowed us to identify six different rare variants in BTK gene among the seven patients. Four of these variants (p.Arg332fsX347, p.Arg372fsX402, p.Ile56Lys and p.Asp579Tyr) were described for the first time in this work. Two variants have already been described in the databases (p.Tyr112* and p.Gly584Glu), the latter being described in two sibling patients. Furthermore, mutations were found in the TNFRSF1A, TNFRSF1B, TRAF1, TRAF2, TGFB1 and PRF1 genes associated with secondary phenotypes presented by the patients. These findings can improve the quality of life of these patients, making possible the use of personalized therapeutic alternatives and differentiated treatments. The discovery of these variants may aid in the prognosis of other patients affected with this disease through precision medicine. The present work used a pioneering approach to the study of the molecular causes of Agammaglobulinemia in Brazil.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorFundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de JaneiroLaboratório Nacional de Computação CientíficaCoordenação de Pós-Graduação e Aperfeiçoamento (COPGA)BrasilLNCCPrograma de Pós-Graduação em Modelagem ComputacionalVasconcelos, Ana Tereza Ribeiro deMorais, Guilherme Loss deCarvalho, Joseane Biso deVasconcelos, Ana Tereza Ribeiro deMedina-Acosta, EnriqueGuedes, Luciane Prioli CiapinaVasconcelos, Zilton Farias Meira deFrancisco Júnior, Ronaldo da Silva2023-04-19T17:11:37Z2019-02-25info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfFRANCISCO JUNIOR, R. S. Diagnóstico genômico de agamaglobulinemia a partir de Dados de Sequenciamento de Exoma utilizando ferramentas de Biologia computacional. 2019. 72 f. 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A Agamaglobulinemia é uma imunodeficiência primária caracterizada pela deficiência na produção de anticorpos. O tipo mais comum desta doença é a Agamaglobulinemia Ligada ao X (XLA), causada por mutações no gene BTK. Apesar de algumas mutações já terem sido identificadas neste gene, o repertório de mutações que causam agamaglobulinemia ainda não está completo. O presente trabalho teve como objetivo principal identificar variantes genéticas raras associadas ao fenótipo de agamaglobulinemia, a partir do sequenciamento do exoma de pacientes acometidos pela doença. Foram utilizadas amostras de DNA de sangue periférico de sete pacientes com linfócitos B (CD19) abaixo de 1% e baixos níveis de imunoglobulinas. As análises dos exoma dos pacientes permitiram identificar seis variantes raras diferentes no gene BTK. Quatro destas variantes (p.Arg332fsX347, p.Arg372fsX402, p.Ile56Lys e p.Asp579Tyr) foram descritas pela primeira vez por este trabalho. Duas variantes já foram identificadas em bancos de dados (p.Tyr112* e p.Gly584Glu), sendo a última descrita em dois pacientes irmãos. Além disso, foram encontradas mutações nos genes TNFRSF1A, TNFRSF1B, TRAF1, TRAF2, TGFB1 e PRF1 associados a fenótipos secundários apresentados pelos pacientes. Estes achados podem melhorar a qualidade de vida desses pacientes viabilizando o uso de alternativas terapêuticas personalizadas e tratamentos diferenciados. A descoberta destas variantes pode auxiliar no prognóstico de outros pacientes acometidos com esta doença através da medicina de precisão. O presente trabalho utilizou uma abordagem pioneira de biologia computacional para o estudo das causas moleculares de Agamaglobulinemia no Brasil. |
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