Relações filogenéticas em pererecas marsupiais (Anura: hemiphractidae) : impacto da evidência total, critérios de otimização, métodos de alinhamento e tratamento de indels
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2018 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS |
Texto Completo: | http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/8925 |
Resumo: | Alternative and often discordant phylogenetic hyphoteses are published simultaneously or successively for many groups. Therefore, studies that investigate the potential effect of relevant analytical factors become a useful approach needed to choose among analytical options and detect the causes of observed differences. Six analytical strategies were used, combining different optimality criteria (parsimony vs. maximum likelihood), alignment methods (tree- vs. similarity-alignment), and three indel coding schemes to study their effect on the inferred phylogenetic relationships based on a total-evidence dataset of Hemiphractidae. The comparison of the results of the six analyses demonstrated that: (i) alignment and indel coding methods can both influence phylogenetic relationships in the same degree as the optimality criterion; (ii) previous differences observed among studies were not caused by differences in character or taxon sampling, but by differences in analytical factors; (iii) current implementations of maximum likelihood support topologies without evidence due to undersampling limitations; and (iv) the two current supraspecific taxonomies used for Gastrotheca are incompatible with my results. |
id |
P_RS_26869f615cdc54c0e163d5668339d075 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:tede2.pucrs.br:tede/8925 |
network_acronym_str |
P_RS |
network_name_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS |
repository_id_str |
|
spelling |
Castroviejo-Fisher, Santiagohttp://lattes.cnpq.br/7129388831760922http://lattes.cnpq.br/3662600988277491Espinosa, Lourdes Yliana Echevarría2019-10-09T12:49:39Z2018-02-28http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/8925Alternative and often discordant phylogenetic hyphoteses are published simultaneously or successively for many groups. Therefore, studies that investigate the potential effect of relevant analytical factors become a useful approach needed to choose among analytical options and detect the causes of observed differences. Six analytical strategies were used, combining different optimality criteria (parsimony vs. maximum likelihood), alignment methods (tree- vs. similarity-alignment), and three indel coding schemes to study their effect on the inferred phylogenetic relationships based on a total-evidence dataset of Hemiphractidae. The comparison of the results of the six analyses demonstrated that: (i) alignment and indel coding methods can both influence phylogenetic relationships in the same degree as the optimality criterion; (ii) previous differences observed among studies were not caused by differences in character or taxon sampling, but by differences in analytical factors; (iii) current implementations of maximum likelihood support topologies without evidence due to undersampling limitations; and (iv) the two current supraspecific taxonomies used for Gastrotheca are incompatible with my results.O efeito do critério de otimização tem sido amplamente discutido na sistemática filogenética, especialmente em relação ao desempenho dos métodos paramétricos e não paramétricos. Porém, outros fatores analíticos menos discutidos na literatura (p. ex. alinhamento, pessagem de caracteres, codificação de indels, seleção de modelos), podem ter efeitos tão importantes como o critério de otimização nas análises de inferência filogenética. Neste trabalho, foram utilizadas seis estratégias analíticas, combinando diferentes critérios de otimização (Parcimônia vs. Máxima Verosimilhança), métodos de alinhamento (tree-aligment ou otimização direta vs. alinhamento por similaridade), e três métodos de codificação de indels, para avaliar o efeito de cada uma destas variáveis na inferência das relações filogenéticas de Hemiphractidae a partir de uma matriz de evidência total. A matriz analisada foi construída principalmente por dados gerados nos mais recentes e extensos trabalhos filogeneticos de Hemiphractidae, e 219 sequências de DNA geradas neste estudo correspondentes a 10 genes mitocôndrias e nucleares de 30 especies de pererecas marsupiais. O conjunto de dados final incluiu, 143 terminais de Hemiphractidae, 127 terminais do grupo externo, sequências de DNA de 20 genes mitocondriais e nucleares, e 51 caracteres fenotípicos. A comparação dos resultados das seis estratégias analíticas, mostrou que tanto o método de alinhamento como o método de codificação de indels, podem gerar diferenças da mesma magnitude que o critério de otimização. Portanto, os resultados deste trabalho contribuem com evidencia empírica sobre o importante rol das homologias inferidas a través do alinhamento, e da informação dos indels na inferência de relações filogenéticas.Submitted by PPG Ecologia e Evolução da Biodiversidade (eebpg.ciencias@pucrs.br) on 2019-10-01T17:22:18Z No. of bitstreams: 1 Lourdes_Echevarría_Dissertação_Mestrado.pdf: 16790145 bytes, checksum: 2f26bed06f16e0c8255b18e7ee723dc2 (MD5)Approved for entry into archive by Sarajane Pan (sarajane.pan@pucrs.br) on 2019-10-09T12:41:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Lourdes_Echevarría_Dissertação_Mestrado.pdf: 16790145 bytes, checksum: 2f26bed06f16e0c8255b18e7ee723dc2 (MD5)Made available in DSpace on 2019-10-09T12:49:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lourdes_Echevarría_Dissertação_Mestrado.pdf: 16790145 bytes, checksum: 2f26bed06f16e0c8255b18e7ee723dc2 (MD5) Previous issue date: 2018-02-28Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPqapplication/pdfhttp://tede2.pucrs.br:80/tede2/retrieve/176705/DIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARR%c3%8dA_ESPINOSA_PARCIAL.pdf.jpghttp://tede2.pucrs.br:80/tede2/retrieve/176934/DIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARR%c3%8dA_ESPINOSA_CONFIDENCIAL.pdf.jpgporPontifícia Universidade Católica do Rio Grande do SulPrograma de Pós Graduação em Ecologia e Evolução da BiodiversidadePUCRSBrasilEscola de CiênciasAlinhamento Por SimilaridadeHomologiaIndelsMáxima VerosimilhançaOtimização DiretaParcimôniaDirect OptimizationHomologyIndelsMaximum LikelihoodParsimonySimilarity-alignmentCIENCIAS BIOLOGICAS::ZOOLOGIARelações filogenéticas em pererecas marsupiais (Anura: hemiphractidae) : impacto da evidência total, critérios de otimização, métodos de alinhamento e tratamento de indelsinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisTrabalho será publicado como artigo ou livro60 meses09/10/2024-64826523806012675585006001802873727776104890info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RSinstname:Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS)instacron:PUC_RSORIGINALDIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARRÍA_ESPINOSA_CONFIDENCIAL.pdfDIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARRÍA_ESPINOSA_CONFIDENCIAL.pdfapplication/pdf458161http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/8925/5/DIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARR%C3%8DA_ESPINOSA_CONFIDENCIAL.pdf7a4586e8223fb5f085856e1c5832af0eMD55THUMBNAILDIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARRÍA_ESPINOSA_PARCIAL.pdf.jpgDIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARRÍA_ESPINOSA_PARCIAL.pdf.jpgimage/jpeg4089http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/8925/4/DIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARR%C3%8DA_ESPINOSA_PARCIAL.pdf.jpga3a16885e321331cee83d0fbf6e29fa0MD54DIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARRÍA_ESPINOSA_CONFIDENCIAL.pdf.jpgDIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARRÍA_ESPINOSA_CONFIDENCIAL.pdf.jpgimage/jpeg4088http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/8925/6/DIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARR%C3%8DA_ESPINOSA_CONFIDENCIAL.pdf.jpga61267941377c8989dfe7795ee5c4ce6MD56TEXTDIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARRÍA_ESPINOSA_PARCIAL.pdf.txtDIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARRÍA_ESPINOSA_PARCIAL.pdf.txttext/plain1797http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/8925/3/DIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARR%C3%8DA_ESPINOSA_PARCIAL.pdf.txtf19b3c105780c9e7b0edc4bb0ee92ce7MD53DIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARRÍA_ESPINOSA_CONFIDENCIAL.pdf.txtDIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARRÍA_ESPINOSA_CONFIDENCIAL.pdf.txttext/plain1797http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/8925/7/DIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARR%C3%8DA_ESPINOSA_CONFIDENCIAL.pdf.txtf2a3fe485d909aadf0601d43c780b218MD57LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-8590http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/8925/1/license.txt220e11f2d3ba5354f917c7035aadef24MD51tede/89252019-10-22 13:00:42.679oai:tede2.pucrs.br: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Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://tede2.pucrs.br/tede2/PRIhttps://tede2.pucrs.br/oai/requestbiblioteca.central@pucrs.br||opendoar:2019-10-22T15:00:42Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS)false |
dc.title.por.fl_str_mv |
Relações filogenéticas em pererecas marsupiais (Anura: hemiphractidae) : impacto da evidência total, critérios de otimização, métodos de alinhamento e tratamento de indels |
title |
Relações filogenéticas em pererecas marsupiais (Anura: hemiphractidae) : impacto da evidência total, critérios de otimização, métodos de alinhamento e tratamento de indels |
spellingShingle |
Relações filogenéticas em pererecas marsupiais (Anura: hemiphractidae) : impacto da evidência total, critérios de otimização, métodos de alinhamento e tratamento de indels Espinosa, Lourdes Yliana Echevarría Alinhamento Por Similaridade Homologia Indels Máxima Verosimilhança Otimização Direta Parcimônia Direct Optimization Homology Indels Maximum Likelihood Parsimony Similarity-alignment CIENCIAS BIOLOGICAS::ZOOLOGIA |
title_short |
Relações filogenéticas em pererecas marsupiais (Anura: hemiphractidae) : impacto da evidência total, critérios de otimização, métodos de alinhamento e tratamento de indels |
title_full |
Relações filogenéticas em pererecas marsupiais (Anura: hemiphractidae) : impacto da evidência total, critérios de otimização, métodos de alinhamento e tratamento de indels |
title_fullStr |
Relações filogenéticas em pererecas marsupiais (Anura: hemiphractidae) : impacto da evidência total, critérios de otimização, métodos de alinhamento e tratamento de indels |
title_full_unstemmed |
Relações filogenéticas em pererecas marsupiais (Anura: hemiphractidae) : impacto da evidência total, critérios de otimização, métodos de alinhamento e tratamento de indels |
title_sort |
Relações filogenéticas em pererecas marsupiais (Anura: hemiphractidae) : impacto da evidência total, critérios de otimização, métodos de alinhamento e tratamento de indels |
author |
Espinosa, Lourdes Yliana Echevarría |
author_facet |
Espinosa, Lourdes Yliana Echevarría |
author_role |
author |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Castroviejo-Fisher, Santiago |
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/7129388831760922 |
dc.contributor.authorLattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/3662600988277491 |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Espinosa, Lourdes Yliana Echevarría |
contributor_str_mv |
Castroviejo-Fisher, Santiago |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Alinhamento Por Similaridade Homologia Indels Máxima Verosimilhança Otimização Direta Parcimônia |
topic |
Alinhamento Por Similaridade Homologia Indels Máxima Verosimilhança Otimização Direta Parcimônia Direct Optimization Homology Indels Maximum Likelihood Parsimony Similarity-alignment CIENCIAS BIOLOGICAS::ZOOLOGIA |
dc.subject.eng.fl_str_mv |
Direct Optimization Homology Indels Maximum Likelihood Parsimony Similarity-alignment |
dc.subject.cnpq.fl_str_mv |
CIENCIAS BIOLOGICAS::ZOOLOGIA |
description |
Alternative and often discordant phylogenetic hyphoteses are published simultaneously or successively for many groups. Therefore, studies that investigate the potential effect of relevant analytical factors become a useful approach needed to choose among analytical options and detect the causes of observed differences. Six analytical strategies were used, combining different optimality criteria (parsimony vs. maximum likelihood), alignment methods (tree- vs. similarity-alignment), and three indel coding schemes to study their effect on the inferred phylogenetic relationships based on a total-evidence dataset of Hemiphractidae. The comparison of the results of the six analyses demonstrated that: (i) alignment and indel coding methods can both influence phylogenetic relationships in the same degree as the optimality criterion; (ii) previous differences observed among studies were not caused by differences in character or taxon sampling, but by differences in analytical factors; (iii) current implementations of maximum likelihood support topologies without evidence due to undersampling limitations; and (iv) the two current supraspecific taxonomies used for Gastrotheca are incompatible with my results. |
publishDate |
2018 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2018-02-28 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2019-10-09T12:49:39Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/8925 |
url |
http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/8925 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.relation.cnpq.fl_str_mv |
-6482652380601267558 |
dc.relation.confidence.fl_str_mv |
500 600 |
dc.relation.sponsorship.fl_str_mv |
1802873727776104890 |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul |
dc.publisher.program.fl_str_mv |
Programa de Pós Graduação em Ecologia e Evolução da Biodiversidade |
dc.publisher.initials.fl_str_mv |
PUCRS |
dc.publisher.country.fl_str_mv |
Brasil |
dc.publisher.department.fl_str_mv |
Escola de Ciências |
publisher.none.fl_str_mv |
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS instname:Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS) instacron:PUC_RS |
instname_str |
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS) |
instacron_str |
PUC_RS |
institution |
PUC_RS |
reponame_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS |
collection |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS |
bitstream.url.fl_str_mv |
http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/8925/5/DIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARR%C3%8DA_ESPINOSA_CONFIDENCIAL.pdf http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/8925/4/DIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARR%C3%8DA_ESPINOSA_PARCIAL.pdf.jpg http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/8925/6/DIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARR%C3%8DA_ESPINOSA_CONFIDENCIAL.pdf.jpg http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/8925/3/DIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARR%C3%8DA_ESPINOSA_PARCIAL.pdf.txt http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/8925/7/DIS_LOURDES_YLIANA_ECHEVARR%C3%8DA_ESPINOSA_CONFIDENCIAL.pdf.txt http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/8925/1/license.txt |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
7a4586e8223fb5f085856e1c5832af0e a3a16885e321331cee83d0fbf6e29fa0 a61267941377c8989dfe7795ee5c4ce6 f19b3c105780c9e7b0edc4bb0ee92ce7 f2a3fe485d909aadf0601d43c780b218 220e11f2d3ba5354f917c7035aadef24 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS) |
repository.mail.fl_str_mv |
biblioteca.central@pucrs.br|| |
_version_ |
1799765342417846272 |