Mining images of microbial communities for morphological characteristics in a support of clinical decision making

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Domingues, Ana Catarina de Jesus
Data de Publicação: 2013
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/1822/27888
Resumo: Dissertação de mestrado em Bioinformática
id RCAP_076081162bebdecf2bee9049161facf3
oai_identifier_str oai:repositorium.sdum.uminho.pt:1822/27888
network_acronym_str RCAP
network_name_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository_id_str 7160
spelling Mining images of microbial communities for morphological characteristics in a support of clinical decision makingBiofilmesMorfologia de coloniaProcessamento de imagensMineração de dadosBiofilmsColony morphologyImage processingData mining681.3:5757:681.3Dissertação de mestrado em BioinformáticaUm biofilme é uma comunidade de microrganismos envoltos por uma matriz extracelular produzida pelos próprios, que lhes garante proteção. Os biofilmes representam um problema para a saúde pública pois facilmente encontram-se em dispositivos médicos, podendo causar problemas graves para os pacientes. Estudos prévios indicam algumas alterações observáveis do aspeto físico e bioquímico das comunidades microbianas na resposta à resistência e à virulência. Assim a morfologia da comunidade pode ser um indicativo da reação regulatória associada com fenómenos de patogenicidade microbiana. O objetivo deste trabalho é por um lado a criação de um novo sistema de classificação de morfologia de colonia com medidas extraídas de softwares de imagem por outro lado, o estudo da classificação morfológica existente e do novo sistema de classificação, através de técnicas de mineração de dados com o objetivo de ajudar nestas classificações. Apresentamos vários softwares como solução que vão desde a caraterização da estrutura dos biofilmes até a caraterização de morfologia de coloniaBiofilms are communities of microorganisms embedded in a self-produced extracellular matrix, adherent to an inanimate, biotic surface that provides them with protection. Biofilms are a healthcare problem since they can be found in several medical devices and end up causing problems for the patients. Previous studies have reported observable physical and biochemical changes of microbial communities associated with resistance and virulence response. This suggests that the morphology of a biofilm is a marker for regulatory interplays associated with the microbial phenomenon of pathogenicity. The aims of this work are on the one hand, create a novel system of colony morphological classification with measurements extract from image software on the other hand study the current manual morphological classification and the novel one through data mining techniques. Here we present several software solutions to facilitate the process, from the determination of biofilm structure to the characterisation of colony morphology.Lourenço, Anália Maria GarciaPereira, Maria OlíviaUniversidade do MinhoDomingues, Ana Catarina de Jesus20132013-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/1822/27888eng201193760info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-07-21T12:43:15Zoai:repositorium.sdum.uminho.pt:1822/27888Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T19:40:40.673589Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
dc.title.none.fl_str_mv Mining images of microbial communities for morphological characteristics in a support of clinical decision making
title Mining images of microbial communities for morphological characteristics in a support of clinical decision making
spellingShingle Mining images of microbial communities for morphological characteristics in a support of clinical decision making
Domingues, Ana Catarina de Jesus
Biofilmes
Morfologia de colonia
Processamento de imagens
Mineração de dados
Biofilms
Colony morphology
Image processing
Data mining
681.3:57
57:681.3
title_short Mining images of microbial communities for morphological characteristics in a support of clinical decision making
title_full Mining images of microbial communities for morphological characteristics in a support of clinical decision making
title_fullStr Mining images of microbial communities for morphological characteristics in a support of clinical decision making
title_full_unstemmed Mining images of microbial communities for morphological characteristics in a support of clinical decision making
title_sort Mining images of microbial communities for morphological characteristics in a support of clinical decision making
author Domingues, Ana Catarina de Jesus
author_facet Domingues, Ana Catarina de Jesus
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Lourenço, Anália Maria Garcia
Pereira, Maria Olívia
Universidade do Minho
dc.contributor.author.fl_str_mv Domingues, Ana Catarina de Jesus
dc.subject.por.fl_str_mv Biofilmes
Morfologia de colonia
Processamento de imagens
Mineração de dados
Biofilms
Colony morphology
Image processing
Data mining
681.3:57
57:681.3
topic Biofilmes
Morfologia de colonia
Processamento de imagens
Mineração de dados
Biofilms
Colony morphology
Image processing
Data mining
681.3:57
57:681.3
description Dissertação de mestrado em Bioinformática
publishDate 2013
dc.date.none.fl_str_mv 2013
2013-01-01T00:00:00Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/1822/27888
url http://hdl.handle.net/1822/27888
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv 201193760
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron:RCAAP
instname_str Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron_str RCAAP
institution RCAAP
reponame_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
collection Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository.name.fl_str_mv Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1799132953256656896

Registros relacionados