Detection and quantification of Colletotrichum acutatum in infected olive and olive oil samples

• Autor(a) principal: Nogueira, Filipe Miguel Azevedo
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: eng
• Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10348/9690
• topic: Colletotrichum acutatum; Oliveira

A doença da gafa da oliveira é causada por fungos patogénicos, que afetam maioritariamente as azeitonas, e consequentemente conduzem a elevadas perdas de produção. A doença da gafa tem surgido em toda a região mediterrânica. O agente causal da doença pertence ao complexo de espécies de Colletotrichum gloeosporioides, Colletotrichum boninense e Colletotrichum acutatum. A espécie C. acutatum aparenta ter os isolados mais agressivos e com uma distribuição geográfica mais significativa. Assim, a espécie C. acutatum sensu stricto foi a escolhida para este estudo. A antracnose em algumas situações provoca lesões no fruto e, consequentemente, elevadas perdas quantitativas e qualitativas do fruto. A destruição dos olivais depende sobretudo da presença de cultivares suscetíveis e da virulência dos isolados que os atacam. O nível de infeção é particularmente relevante quando a cultivar Galega Vulgar está presente, uma vez que o fungo, nessa situação, adota diferentes estratégias de infeção na azeitona. Adicionalmente, a utilização das azeitonas infetadas pode afetar significativamente as propriedades organoléticas e a estabilidade oxidativa dos azeites, bem como o rendimento e a qualidade do azeite. Quando os azeites detêm uma Denominação de Origem Protegida (DOP), a doença da antracnose pode levar à perda desse estatuto. Atualmente, os métodos disponíveis para a deteção da antracnose da oliveira são baseados em parâmetros morfológicos e/ou na composição química, que são negativamente influenciados pelas condições edafo-climáticas, não sendo métodos eficazes na distinção entre genus Colletotrichum. O recurso a métodos moleculares, baseados em DNA, tem demonstrado ser eficiente para a deteção e quantificação do fungo de forma rápida e económica. O objetivo principal deste trabalho foi desenvolver um ensaio de PCR em tempo real (qPCR) para deteção e quantificação de C. acutatum s.s. em azeitonas e azeites infetados. Três cultivares de oliveira, com diferentes níveis de suscetibilidade ao fungo, foram selecionadas: cultivar Galega Vulgar (suscetível), cultivar Cobrançosa (moderadamente-tolerante), e cultivar Picual (tolerante). Duas estratégias de PCR em tempo real foram utilizadas. Na primeira, foram usados “primers” específicos da espécie, tendo como alvo a região ITS do rDNA. O ensaio de PCR em tempo real permitiu a deteção do fungo em azeitonas e azeites. A segunda visou a quantificação do inóculo de C. acutatum existente em azeitonas e azeites, com diferentes percentagens de infeção, recorrendo ao ensaio de PCR quantitativo em tempo real com “SYBR Green”, recorrendo a uma sequência específica e única de um gene de virulência determinante da patogenicidade. Os ensaios desenvolvidos neste trabalho revelaram ser rápidos e altamente sensíveis para a deteção de C. acutatum, permitindo a deteção do inóculo numa fase latente do seu desenvolvimento. O ensaio de PCR em tempo real, apesar de se ter revelado eficiente na deteção do agente patogénico em amostras de azeite infetadas (20 % e 50 % taxa de infeção), não foi capaz de quantificar o inóculo de C. acutatum, possivelmente devido à natureza da matriz e à degradação do DNA do fungo. A metodologia desenvolvida neste trabalho estabelece a base para a implementação de um sistema de controlo para uma deteção precoce de C. acutatum nos olivais, protegendo a produção de azeitona e azeite.