Avaliação de propriedades estruturais de membranas lipídicas após substituição do colesterol por análogos fluorescentes

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Robalo, João R.
Data de Publicação: 2011
Outros Autores: Canto, António M. T. Martins do, Carvalho, A. J. Palace, Ramalho, J. P. Prates, Loura, Luís M. S.
Tipo de documento: Artigo
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10174/4708
Resumo: A espectroscopia e a microscopia de fluorescência têm sido usadas em biofísica de membranas há décadas. Como a unidade estrutural básica das membranas biológicas é a bicamada de lípidos e estes não fluorescem, o uso de sondas extrínsecas de membrana é uma necessidade. Contudo, duas questões preocupantes se levantam quanto ao uso de sondas extrínsecas de fluorescência em estudos de membranas. Em primeiro lugar, o comportamento das moléculas de sonda na bicamada (que região da bicamada elas reportam, as suas dinâmicas translacional e rotacional) é frequentemente mal conhecido. Em segundo lugar, na interpretação de resultados de experiências de fluorescência, pode ser difícil distinguir entre propriedades legítimas da membrana e efeitos de perturbação resultantes da incorporação da sonda. Para este efeito, as simulações por dinâmica molecular (MD), ao providenciarem informação detalhada à escala atómica, representam um meio valioso para caracterizar a localização e dinâmica de sondas na bicamada, assim como a magnitude de perturbação que elas induzem na estrutura lipídica [1]. Neste contexto, optimizaram-se, com recurso ao programa Firefly, as estruturas do colesterol e de dois análogos fluorescentes (desidroergoesterol e colestatrienol) ao nível de teoria DFT/R-B3LYP/6-31G(d) e submeteram-se em seguida ao servidor de topologias ATB, inscrevendo simultaneamente as cargas parciais calculadas na topologia molecular. Estas topologias foram utilizadas na construção de modelos de membranas lipídicas constituídas por POPC, colesterol e uma das sondas fluorescentes acima identificadas. Os modelos assim obtidos foram hidratados e sujeitos a simulações de MD, donde se calculou a área por lípido, a espessura e densidade da bicamada, os coeficientes de difusão lateral para as espécies presentes e os parâmetros de ordem das cadeias acilo. As simulações foram efectuadas em ensemble NPT através do pacote de software GROMACS. Análises preliminares permitiram a comparação dos comportamentos na bicamada dos esteróis fluorescentes com o do colesterol, informação vital para validar o uso dos primeiros como análogos fluorescentes do segundo. REFERÊNCIAS [1] Loura, L.M.S.; Prates Ramalho, J.P. Biophys. Rev. 1 (2009), 141.
id RCAP_498b687c48f0e16fbe430a45e4a4fdce
oai_identifier_str oai:dspace.uevora.pt:10174/4708
network_acronym_str RCAP
network_name_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository_id_str 7160
spelling Avaliação de propriedades estruturais de membranas lipídicas após substituição do colesterol por análogos fluorescenteslipid bilayersmolecular dynamicsmolecular simulationPOPCCholesterolA espectroscopia e a microscopia de fluorescência têm sido usadas em biofísica de membranas há décadas. Como a unidade estrutural básica das membranas biológicas é a bicamada de lípidos e estes não fluorescem, o uso de sondas extrínsecas de membrana é uma necessidade. Contudo, duas questões preocupantes se levantam quanto ao uso de sondas extrínsecas de fluorescência em estudos de membranas. Em primeiro lugar, o comportamento das moléculas de sonda na bicamada (que região da bicamada elas reportam, as suas dinâmicas translacional e rotacional) é frequentemente mal conhecido. Em segundo lugar, na interpretação de resultados de experiências de fluorescência, pode ser difícil distinguir entre propriedades legítimas da membrana e efeitos de perturbação resultantes da incorporação da sonda. Para este efeito, as simulações por dinâmica molecular (MD), ao providenciarem informação detalhada à escala atómica, representam um meio valioso para caracterizar a localização e dinâmica de sondas na bicamada, assim como a magnitude de perturbação que elas induzem na estrutura lipídica [1]. Neste contexto, optimizaram-se, com recurso ao programa Firefly, as estruturas do colesterol e de dois análogos fluorescentes (desidroergoesterol e colestatrienol) ao nível de teoria DFT/R-B3LYP/6-31G(d) e submeteram-se em seguida ao servidor de topologias ATB, inscrevendo simultaneamente as cargas parciais calculadas na topologia molecular. Estas topologias foram utilizadas na construção de modelos de membranas lipídicas constituídas por POPC, colesterol e uma das sondas fluorescentes acima identificadas. Os modelos assim obtidos foram hidratados e sujeitos a simulações de MD, donde se calculou a área por lípido, a espessura e densidade da bicamada, os coeficientes de difusão lateral para as espécies presentes e os parâmetros de ordem das cadeias acilo. As simulações foram efectuadas em ensemble NPT através do pacote de software GROMACS. Análises preliminares permitiram a comparação dos comportamentos na bicamada dos esteróis fluorescentes com o do colesterol, informação vital para validar o uso dos primeiros como análogos fluorescentes do segundo. REFERÊNCIAS [1] Loura, L.M.S.; Prates Ramalho, J.P. Biophys. Rev. 1 (2009), 141.2012-01-31T02:42:49Z2012-01-312011-07-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articlehttp://hdl.handle.net/10174/4708http://hdl.handle.net/10174/4708porJoão R. Robalo, António M. T. Martins do Canto, A. J. Palace Carvalho, J. P. Prates Ramalho, Luís M. S. Loura, "Avaliação de propriedades estruturais de membranas lipídicas após substituição do colesterol por análogos fluorescentes", poster apresentado no XXII Encontro Nacional da SPQ, Braga, Portugal, Julho 2011.joaorrobalo@gmail.comammc@uevora.ptajpalace@uevora.ptjpcar@uevora.ptnd548Robalo, João R.Canto, António M. T. Martins doCarvalho, A. J. PalaceRamalho, J. P. PratesLoura, Luís M. S.info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2024-01-03T18:42:50Zoai:dspace.uevora.pt:10174/4708Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-20T00:59:52.224535Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
dc.title.none.fl_str_mv Avaliação de propriedades estruturais de membranas lipídicas após substituição do colesterol por análogos fluorescentes
title Avaliação de propriedades estruturais de membranas lipídicas após substituição do colesterol por análogos fluorescentes
spellingShingle Avaliação de propriedades estruturais de membranas lipídicas após substituição do colesterol por análogos fluorescentes
Robalo, João R.
lipid bilayers
molecular dynamics
molecular simulation
POPC
Cholesterol
title_short Avaliação de propriedades estruturais de membranas lipídicas após substituição do colesterol por análogos fluorescentes
title_full Avaliação de propriedades estruturais de membranas lipídicas após substituição do colesterol por análogos fluorescentes
title_fullStr Avaliação de propriedades estruturais de membranas lipídicas após substituição do colesterol por análogos fluorescentes
title_full_unstemmed Avaliação de propriedades estruturais de membranas lipídicas após substituição do colesterol por análogos fluorescentes
title_sort Avaliação de propriedades estruturais de membranas lipídicas após substituição do colesterol por análogos fluorescentes
author Robalo, João R.
author_facet Robalo, João R.
Canto, António M. T. Martins do
Carvalho, A. J. Palace
Ramalho, J. P. Prates
Loura, Luís M. S.
author_role author
author2 Canto, António M. T. Martins do
Carvalho, A. J. Palace
Ramalho, J. P. Prates
Loura, Luís M. S.
author2_role author
author
author
author
dc.contributor.author.fl_str_mv Robalo, João R.
Canto, António M. T. Martins do
Carvalho, A. J. Palace
Ramalho, J. P. Prates
Loura, Luís M. S.
dc.subject.por.fl_str_mv lipid bilayers
molecular dynamics
molecular simulation
POPC
Cholesterol
topic lipid bilayers
molecular dynamics
molecular simulation
POPC
Cholesterol
description A espectroscopia e a microscopia de fluorescência têm sido usadas em biofísica de membranas há décadas. Como a unidade estrutural básica das membranas biológicas é a bicamada de lípidos e estes não fluorescem, o uso de sondas extrínsecas de membrana é uma necessidade. Contudo, duas questões preocupantes se levantam quanto ao uso de sondas extrínsecas de fluorescência em estudos de membranas. Em primeiro lugar, o comportamento das moléculas de sonda na bicamada (que região da bicamada elas reportam, as suas dinâmicas translacional e rotacional) é frequentemente mal conhecido. Em segundo lugar, na interpretação de resultados de experiências de fluorescência, pode ser difícil distinguir entre propriedades legítimas da membrana e efeitos de perturbação resultantes da incorporação da sonda. Para este efeito, as simulações por dinâmica molecular (MD), ao providenciarem informação detalhada à escala atómica, representam um meio valioso para caracterizar a localização e dinâmica de sondas na bicamada, assim como a magnitude de perturbação que elas induzem na estrutura lipídica [1]. Neste contexto, optimizaram-se, com recurso ao programa Firefly, as estruturas do colesterol e de dois análogos fluorescentes (desidroergoesterol e colestatrienol) ao nível de teoria DFT/R-B3LYP/6-31G(d) e submeteram-se em seguida ao servidor de topologias ATB, inscrevendo simultaneamente as cargas parciais calculadas na topologia molecular. Estas topologias foram utilizadas na construção de modelos de membranas lipídicas constituídas por POPC, colesterol e uma das sondas fluorescentes acima identificadas. Os modelos assim obtidos foram hidratados e sujeitos a simulações de MD, donde se calculou a área por lípido, a espessura e densidade da bicamada, os coeficientes de difusão lateral para as espécies presentes e os parâmetros de ordem das cadeias acilo. As simulações foram efectuadas em ensemble NPT através do pacote de software GROMACS. Análises preliminares permitiram a comparação dos comportamentos na bicamada dos esteróis fluorescentes com o do colesterol, informação vital para validar o uso dos primeiros como análogos fluorescentes do segundo. REFERÊNCIAS [1] Loura, L.M.S.; Prates Ramalho, J.P. Biophys. Rev. 1 (2009), 141.
publishDate 2011
dc.date.none.fl_str_mv 2011-07-01T00:00:00Z
2012-01-31T02:42:49Z
2012-01-31
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10174/4708
http://hdl.handle.net/10174/4708
url http://hdl.handle.net/10174/4708
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv João R. Robalo, António M. T. Martins do Canto, A. J. Palace Carvalho, J. P. Prates Ramalho, Luís M. S. Loura, "Avaliação de propriedades estruturais de membranas lipídicas após substituição do colesterol por análogos fluorescentes", poster apresentado no XXII Encontro Nacional da SPQ, Braga, Portugal, Julho 2011.
joaorrobalo@gmail.com
ammc@uevora.pt
ajpalace@uevora.pt
jpcar@uevora.pt
nd
548
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron:RCAAP
instname_str Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron_str RCAAP
institution RCAAP
reponame_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
collection Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository.name.fl_str_mv Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1799136481575436288