Criação da base de dados oral associada à base OralOme

• Autor(a) principal: Sá, Carlos Eduardo Nogueira
• Data de Publicação: 2014
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10400.14/16278
• topic: Microbioma humano; Microhabitats; Genoma; OralOme; Base de dados; Human microbiome; Microhabitats; Genome; Database; Domínio/Área Científica::Ciências Médicas::Ciências da Saúde

Introdução: Apesar de ser um sistema bastante estudado do ponto de vista microbiológico, a cavidade oral apresenta uma complexidade de ambientes e microbioma associado muito grande. Esta complexidade só recentemente foi explorada com a revolução das técnicas e tecnologias genómicas que permitiram a identificação de muitos microrganismos que até há poucos anos se desconheciam por não serem cultiváveis. O Projeto de Microbioma Humano (HMP) apresenta-se como um exemplo da quantidade massiva de dados que é gerado por estas técnicas e que pode ser analisado sob variadíssimas perspetivas gerando o conhecimento não só das comunidades como também dos processos presentes na cavidade oral. Além do HMP têm proliferado na literatura identificações moleculares de microrganismos nos vários ambientes da cavidade oral quer em saúde quer em situações de patologia oral ou sistémica. Estes dados estão dispersos, portanto uma base de dados que reúna a informação publicada associada a uma ferramenta de pesquisa e análise afigura-se como extremamente útil para investigadores dedicados à cavidade oral. Objetivo: Criar uma base de dados com os microrganismos, identificados por estudos de genómica, presentes em amostras dos vários ambientes da cavidade oral. Associar essa base à base existente, o OralOme. Materiais e Métodos: Reunir a informação publicada de estudos com identificação de microrganismos por técnicas moleculares nos vários ambientes da cavidade oral numa base de dados. Esta foi desenhada de forma a interagir com a base de dados OralOme permitindo a pesquisa dos microrganismos associados aos vários ambientes da cavidade oral não só por nome, mas também pelas proteínas por ele produzidas. Resultados: Da análise de 111 artigos publicados até Janeiro de 2014 foram identificados na cavidade oral 1399 espécies correspondentes a 181 géneros. Estes valores são superiores aos atualmente existentes na base de dados OralCard que reporta proteínas bacterianas. Verifica-se ainda que a maioria das espécies características da cavidade oral (identificadas anteriormente por técnicas baseadas em cultivo) continua a ser encontrada na cavidade oral por técnicas moleculares de genómica. No entanto estas novas técnicas detetam ainda outras espécies bacterianas nunca cultivadas e distinguem muitas vezes estirpes e ou clones característicos da cavidade oral.Conclusão: Foi criada uma base de dados com a informação do microbioma da cavidade oral que será associada à base de dados OralOma que disponibiliza a informação sobre o proteoma da cavidade oral, criando assim uma ferramenta que contem a “evidência molecular total” dos microrganismos presentes na cavidade oral.