Molecular factors in the metabolism and pathogenicity of Phytophthora cinnamomi: characterization of RXLR family genes, Avr3a, and Avr1b

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Boughanmi, Mohamed Belhassan
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10198/23056
Resumo: Mestrado de dupla diplomação com a Université Libre de Tunis
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spelling Molecular factors in the metabolism and pathogenicity of Phytophthora cinnamomi: characterization of RXLR family genes, Avr3a, and Avr1bRXLR protein familyInk diseaseAvr3aRNA interferenceAvr1bDomínio/Área Científica::Ciências Agrárias::Biotecnologia Agrária e AlimentarMestrado de dupla diplomação com a Université Libre de TunisPhytophthora cinnamomi, soil-borne pseudo fungi from the class of oomycete, not only representing a real threat to strategic cultures across the world but also in forestry. This pathogen is able to colonize roots of Castanea sativa causing ink disease. For that many studies are established to well understand the mechanism of infection by exogenous molecules secreted during contact with host cells. Those molecules have been identified thanks to the progress in molecular biology using technics like RNA Seq. The Avr like genes expresses an RXLR protein family (Arginine-X-leucine-Arginine; X could be any amino acid), implicated in the pathogenicity of several pseudo-fungi of the genus Phytophthora, especially in Phytophthora infestans, Phytophthora sojae and Phytophthora palmivora. In this work, we isolate sequence, and characterize the Avr3a and Avr1b homologs in P. cinnamomi using molecular biology techniques such as PCR. In addition, we identified, in genomic sequences deposited in the databases, molecular factors involved in the metabolism and pathogenicity of P. cinnamomi using bioinformatics tools. In order to better understand its role in the pathogenicity mechanism, interference RNA silencing cassettes were designed for the genes encoding AVR proteins.cinnamomi, é um pseudo fungo do solo da classe dos oomicetos, que não só representam uma ameaça real para culturas agrícolas com importância econômica, mas também na silvicultura. Este patógeno é capaz de colonizar as raízes de Castanea sativa causando a doença de tinta. Face ao exposto, muitos estudos têm sido realizados com o objectivo de entender bem o mecanismo de infecção por moléculas exógenas secretadas durante o contato com células hospedeiras. Estas moléculas foram identificadas graças ao progresso da biologia molecular usando técnicas como o RNA Seq. Os genes AVR expressam uma família de proteínas RXLR (Arginina-X-leucina- Arginina; X pode ser qualquer aminoácido), implicada na patogenicidade de vários pseudo- fungos do gênero Phytophthora, especialmente em P. infestans, P. sojae e P. palmivora. Neste trabalho, isolamos, sequenciamos e caracterizamos os homólogos Avr3a e Avr1b em P. cinnamomi utilizando técnicas de biologia molecular como PCR. Além disso, identificamos, em sequências genómicas depositadas nas bases de dados, fatores moleculares envolvidos no metabolismo e patogenicidade de P. cinnamomi usando ferramentas de bioinformática. A fim de compreender melhor o seu papel no mecanismo de patogenicidade, foram desenhadas cassetes de silenciamento por ARN de interferência para os genes que codificam as proteínas AVR.Choupina, AltinoRejeb, Ines BenBiblioteca Digital do IPBBoughanmi, Mohamed Belhassan2021-01-07T10:15:05Z202020192020-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10198/23056TID:202573567enginfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-11-21T10:51:35Zoai:bibliotecadigital.ipb.pt:10198/23056Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T23:14:07.605023Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
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