Origem da infeção do VIH-1 na população imigrante de países de língua portuguesa acompanhada em Portugal

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: SOLE, Giordano Avancini
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10362/146121
Resumo: Resumo Introdução: Estima-se que 37,7 milhões de pessoas vivam com o vírus da imunodeficiência humana (VIH), e embora muitos esforços tenham sido tomados este continua a ser um problema de saúde pública. Grande parte dos diagnósticos realizados na Europa são de migrantes oriundos de países com epidemia generalizada, como países da África Subsaariana e da América Latina. Em Portugal, dos diagnósticos que apresentam a informação do país de origem 40,4% são migrantes. O VIH apresenta diversos subtipos que diferem de acordo com a distribuição geográfica. A fim de identificar indivíduos em grupos de transmissão relacionados (clusters), métodos filogenéticos como as redes de transmissão são utilizados e proporcionam avaliação da propagação de vírus como o VIH, revelando epidemias que possuem origem em outros países. A elaboração de redes de transmissão do VIH-1 em migrantes de países de língua portuguesa – do Brasil ou de Países Africanos de Língua Oficial Portuguesa (PALOPs) – pode auxiliar a melhor compreender a origem da infeção nesta população. Objetivo: Explorar a ligação epidemiológica do VIH-1 a fim de avaliar as características da dinâmica de clusters de transmissão filogenéticos, bem como identificar a possível origem da infeção do VIH-1 na população imigrante de Países de Língua Portuguesa acompanhada em Portugal. Materiais e métodos: Estudo transversal e descritivo. Foram coletadas sequências genómicas, dados sociodemográficos e clínicos de 772 imigrantes VIH-1 positivos acompanhados em Portugal entre 2001 e 2017. A construção dos clusters de transmissão do VIH-1 foi realizada com a aplicação de inferência filogenética de 772 sequências de imigrantes, além de 12.709 sequências de controlo de fundo global e 2.973 sequências controlo portuguesas, totalizando 16.454 indivíduos que foram cruzados com dados demográficos e clínicos. Os clusters de transmissão foram definidos com suporte de ramo >90% (SH-test), distância genética <3,5%, e a origem da infeção dos clusters foi determinada quando mais de 66% das amostras pertenciam a uma mesma origem geográfica. Modelos de regressão logística foram utilizados para avaliar os fatores associados às redes de transmissão na população do estudo. Resultados: Houve 306 (39,6%) imigrantes incluídos em clusters de transmissão. A proporção diferiu significativamente por região de origem: do total de imigrantes do Brasil 54% estavam em clusters contra 36% dos PALOPs (p<0.0001); o subtipo B correspondeu a 52% das infeções, seguido pelo G (43%) e CRF02_AG (32%) (p<0.001). Outros fatores relacionados a pertencer a um cluster de transmissão incluíram a contagem de linfócitos TCD4+ >500 células/mm3, ser originário do Brasil e o ano da amostra. Os imigrantes brasileiros representaram a maioria dos clusters do subtipo B, cujas infeções (40,6%) foram provenientes de portugueses. Imigrantes PALOPs representaram a maioria das infeções dos subtipos G e CRF02_AG, com a origem das transmissões ocorrendo na comunidade de imigrantes (53% e 80%), respetivamente. Conclusão: De acordo com o país de origem dos imigrantes a viver em Portugal a aquisição da infeção do VIH-1 é divergente. Os resultados podem contribuir na construção da rede de transmissão do VIH-1 em imigrantes de Portugal e auxiliar na monitorização da epidemia de VIH-1 e prevenir novas infeções deste vírus em migrantes.
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A fim de identificar indivíduos em grupos de transmissão relacionados (clusters), métodos filogenéticos como as redes de transmissão são utilizados e proporcionam avaliação da propagação de vírus como o VIH, revelando epidemias que possuem origem em outros países. A elaboração de redes de transmissão do VIH-1 em migrantes de países de língua portuguesa – do Brasil ou de Países Africanos de Língua Oficial Portuguesa (PALOPs) – pode auxiliar a melhor compreender a origem da infeção nesta população. Objetivo: Explorar a ligação epidemiológica do VIH-1 a fim de avaliar as características da dinâmica de clusters de transmissão filogenéticos, bem como identificar a possível origem da infeção do VIH-1 na população imigrante de Países de Língua Portuguesa acompanhada em Portugal. Materiais e métodos: Estudo transversal e descritivo. Foram coletadas sequências genómicas, dados sociodemográficos e clínicos de 772 imigrantes VIH-1 positivos acompanhados em Portugal entre 2001 e 2017. A construção dos clusters de transmissão do VIH-1 foi realizada com a aplicação de inferência filogenética de 772 sequências de imigrantes, além de 12.709 sequências de controlo de fundo global e 2.973 sequências controlo portuguesas, totalizando 16.454 indivíduos que foram cruzados com dados demográficos e clínicos. Os clusters de transmissão foram definidos com suporte de ramo >90% (SH-test), distância genética <3,5%, e a origem da infeção dos clusters foi determinada quando mais de 66% das amostras pertenciam a uma mesma origem geográfica. Modelos de regressão logística foram utilizados para avaliar os fatores associados às redes de transmissão na população do estudo. Resultados: Houve 306 (39,6%) imigrantes incluídos em clusters de transmissão. A proporção diferiu significativamente por região de origem: do total de imigrantes do Brasil 54% estavam em clusters contra 36% dos PALOPs (p<0.0001); o subtipo B correspondeu a 52% das infeções, seguido pelo G (43%) e CRF02_AG (32%) (p<0.001). Outros fatores relacionados a pertencer a um cluster de transmissão incluíram a contagem de linfócitos TCD4+ >500 células/mm3, ser originário do Brasil e o ano da amostra. Os imigrantes brasileiros representaram a maioria dos clusters do subtipo B, cujas infeções (40,6%) foram provenientes de portugueses. Imigrantes PALOPs representaram a maioria das infeções dos subtipos G e CRF02_AG, com a origem das transmissões ocorrendo na comunidade de imigrantes (53% e 80%), respetivamente. Conclusão: De acordo com o país de origem dos imigrantes a viver em Portugal a aquisição da infeção do VIH-1 é divergente. Os resultados podem contribuir na construção da rede de transmissão do VIH-1 em imigrantes de Portugal e auxiliar na monitorização da epidemia de VIH-1 e prevenir novas infeções deste vírus em migrantes.Introduction: It is estimated that 37.7 million people are living with the human immunodeficiency virus (HIV), and although many efforts have been taken it remains a public health problem. Most of the diagnoses carried out in Europe are from migrants from countries with a generalized epidemic, such as countries in Sub-Saharan Africa and Latin America. In Portugal, of the diagnoses that present information on origin, 40.4% are migrants. HIV has several subtypes that differ according to geographic distribution. In order to identify individuals in related transmission groups, phylogenetic methods such as transmission networks are used and provide assessment of the spread of viruses such as HIV, revealing epidemics that originate in other countries. The elaboration of HIV-1 transmission networks in Portuguese-speaking migrants – from Brazil or from Portuguese-speaking African Countries (PALOPs) – can help to better understand the origin of the infection in this population. Objective: Explore the epidemiological link of HIV-1 in order to assess the characteristics of the dynamics of phylogenetic transmission clusters, as well as identify the possible origin of HIV infection involving immigrants of Portuguese-speaking countries monitored in Portugal. Design/methods: Cross-sectional and descriptive study. Genomic sequences, sociodemographic and clinical data were collected from 772 HIV-1 positive immigrants followed in Portugal between 2001 and 2017. The construction of HIV-1 transmission clusters was carried out by applying phylogenetic inference from 772 sequences from immigrant patients, in addition to of 12,709 global background control sequences and 2,973 Portuguese control sequences, totaling 16,454 patients who were crossed over with demographic and clinical data. Transmission clusters were defined with branch support >90% (SH-test), genetic distance <3.5%, and the origin of infection of clusters was determined when more than 66% of patients belonged to the same geographic origin. Logistic regression models were used to assess factors associated with transmission networks in the study population. Results: There were 306 (39.6%) immigrants included in transmission clusters. The proportion differed significantly by region of origin: of the total number of immigrants from Brazil, 54% were in clusters against 36% of PALOPs (p<0.0001); subtype B corresponded to 52% of infections, followed by G (43%) and CRF02_AG (32%) (p<0.001). Other factors related to belonging to a transmission cluster included being naive, CD4+ T lymphocytes count >500 cells/mm3, being Brazilian migrant, and sample year. Brazilian migrants represented the majority of subtype B clusters, whose infections (40.6%) were from Portuguese. PALOP immigrants accounted for the majority of infections of subtypes G and CRF02_AG, with the origin of transmissions occurring in the immigrant community (53% and 80%), respectively. Conclusion: According to the country of origin of immigrants living in Portugal, the acquisition of HIV-1 infection is different. The results can contribute to the construction of the HIV-1 transmission network in migrants from Portugal and help to monitor the HIV epidemic and prevent new HIV infections in migrants.PIMENTEL, VictorABECASIS, AnaRUNSOLE, Giordano Avancini2022-12-12T15:27:59Z2022-042022-042022-04-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10362/146121TID:203114426porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2024-03-11T05:27:08Zoai:run.unl.pt:10362/146121Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-20T03:52:29.600990Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
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