Determinação e comparação de genótipo de Candida albicans pelo método de PCR com base nos polimorfismos da região 255rDNA e das sequências ALT/RPS
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Publication Date: | 2012 |
Format: | Master thesis |
Language: | por |
Source: | Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
Download full: | http://hdl.handle.net/10362/16786 |
Summary: | As leveduras da espécie Candida albicans são comensais do ser humano, podendo em certos casos, como a toma prolongada de antibióticos de largo espectro, a diminuição da imunidade, ou a quimioterapia, causar infecções severas. Estas infecções classificam-se em superficiais ou sistémicas, consoante a zona anatómica ou os órgãos afectados. As infecções hospitalares por fungos, nomeadamente as causadas por C. albicans, têm vindo a aumentar nos últimos anos, assim como a mortalidade e a morbilidade associadas, e ainda os custos relacionados com os cuidados de saúde. Torna-se por isso importante a implementação de terapêutica de uma forma rápida, eficaz e correcta. Assim, é imperativo que os laboratórios de microbiologia clínica possuam métodos de diagnóstico rápidos, simples e económicos em relação a uma correcta identificação ao nível de espécie e em relação ao estudo da sensibilidade aos antifúngicos. Contudo, esta identificação ao nível de espécie não permite averiguar a origem das infecções, facto importante para a compreensão da evolução das infecções nosocomiais. Para tal, é necessário realizar um estudo ao nível de estirpe através de métodos moleculares que permitam fazer a distinção acurada entre isolados de C. albicans. Os métodos moleculares têm vindo a desenvolver um papel importante no diagnóstico de infecções: são rápidos, sensíveis, precisos e possuem a vantagem de se poder trabalhar pequenas quantidades de amostra. Têm no entanto a desvantagem de ser métodos caros, por vezes demasiado elaborados para serem instituídos num laboratório de microbiologia clínica com grande volume de amostras diárias. O principal objectivo deste trabalho consistiu na diferenciação de estirpes de C. albicans através de uma metodologia molecular inovadora, nunca antes efectuada no ocidente, simples e rápida, por meio de simples amplificações por PCR. Para tal, foram seleccionados 60 isolados clínicos de leveduras obtidas a partir de amostras clínicas de três localidades: Covilhã (Centro Hospitalar Cova de Beira, E.P.E) Lisboa (Instituto Português de Oncologia e Hospital de Santa Maria, E.P.E) e Viseu (Hospital de São Teotónio). O trabalho baseou-se na genotipagem de isolados clínicos de C. albicans por amplificação por PCR com primers dirigidos às sequências 25S rDNA e às regiões ALT das sequências RPS. Foi possível a sua diferenciação e distinção em estirpes, fazendo deste método um bom recurso para estudos epidemiológicos. Realizou-se ainda um estudo de sensibilidade in vitro das estirpes de C. albicans ao antifúngicos Fluconazol e Voriconazol pelo método de difusão em disco, segundo os procedimentos padronizados e publicados pelo CLSI. Através deste estudo foi verificada elevada susceptibilidade aos antifúngicos estudados. Com este trabalho conclui-se que a diferenciação ao nível de estirpe é muito importante para compreender padrões de surtos de infecções e ainda para averiguar a origem, endógena ou exógena, destas infecções nosocomiais. Como tal, este estudo epidemiológico torna-se essencial para definir um controlo mais rigoroso das infecções. |
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Determinação e comparação de genótipo de Candida albicans pelo método de PCR com base nos polimorfismos da região 255rDNA e das sequências ALT/RPSBiologia molecularCandida albicansGenotipagemPCR (Polimerase Chain Reaction)ADNFungosDomínio/Área Científica::Ciências MédicasAs leveduras da espécie Candida albicans são comensais do ser humano, podendo em certos casos, como a toma prolongada de antibióticos de largo espectro, a diminuição da imunidade, ou a quimioterapia, causar infecções severas. Estas infecções classificam-se em superficiais ou sistémicas, consoante a zona anatómica ou os órgãos afectados. As infecções hospitalares por fungos, nomeadamente as causadas por C. albicans, têm vindo a aumentar nos últimos anos, assim como a mortalidade e a morbilidade associadas, e ainda os custos relacionados com os cuidados de saúde. Torna-se por isso importante a implementação de terapêutica de uma forma rápida, eficaz e correcta. Assim, é imperativo que os laboratórios de microbiologia clínica possuam métodos de diagnóstico rápidos, simples e económicos em relação a uma correcta identificação ao nível de espécie e em relação ao estudo da sensibilidade aos antifúngicos. Contudo, esta identificação ao nível de espécie não permite averiguar a origem das infecções, facto importante para a compreensão da evolução das infecções nosocomiais. Para tal, é necessário realizar um estudo ao nível de estirpe através de métodos moleculares que permitam fazer a distinção acurada entre isolados de C. albicans. Os métodos moleculares têm vindo a desenvolver um papel importante no diagnóstico de infecções: são rápidos, sensíveis, precisos e possuem a vantagem de se poder trabalhar pequenas quantidades de amostra. Têm no entanto a desvantagem de ser métodos caros, por vezes demasiado elaborados para serem instituídos num laboratório de microbiologia clínica com grande volume de amostras diárias. O principal objectivo deste trabalho consistiu na diferenciação de estirpes de C. albicans através de uma metodologia molecular inovadora, nunca antes efectuada no ocidente, simples e rápida, por meio de simples amplificações por PCR. Para tal, foram seleccionados 60 isolados clínicos de leveduras obtidas a partir de amostras clínicas de três localidades: Covilhã (Centro Hospitalar Cova de Beira, E.P.E) Lisboa (Instituto Português de Oncologia e Hospital de Santa Maria, E.P.E) e Viseu (Hospital de São Teotónio). O trabalho baseou-se na genotipagem de isolados clínicos de C. albicans por amplificação por PCR com primers dirigidos às sequências 25S rDNA e às regiões ALT das sequências RPS. Foi possível a sua diferenciação e distinção em estirpes, fazendo deste método um bom recurso para estudos epidemiológicos. Realizou-se ainda um estudo de sensibilidade in vitro das estirpes de C. albicans ao antifúngicos Fluconazol e Voriconazol pelo método de difusão em disco, segundo os procedimentos padronizados e publicados pelo CLSI. Através deste estudo foi verificada elevada susceptibilidade aos antifúngicos estudados. Com este trabalho conclui-se que a diferenciação ao nível de estirpe é muito importante para compreender padrões de surtos de infecções e ainda para averiguar a origem, endógena ou exógena, destas infecções nosocomiais. Como tal, este estudo epidemiológico torna-se essencial para definir um controlo mais rigoroso das infecções.The yeast Candida albicans is a commensal of the human being but may, in some cases, such after broad spectrum antibiotic therapy, low immunity or chemotherapy treatments, cause severe infections. These infections are classified as superficial or systemic, depending on the anatomic site or organs affected. Hospital infections by fungi, particularly caused by the yeast C. albicans, have increased in recent years, as well as mortality and morbidity, and the costs related to health care. It is therefore important to implement a therapy quickly, efficiently and correctly. Thus, it is imperative that clinical microbiology laboratories have rapid, simple and low cost diagnostic methods, about a correct identification to species level and to the sensitivity study to antifungal drugs. However, this identification to species level does not allow to verify the source of infections, an important fact for understanding the evolution of nosocomial infections. To this end, it is necessary to conduct a study to the strains level by molecular methods through the distinction among isolates of C. albicans. The molecular methods have been developing an important role in the diagnostic of infections: they are fast, sensitive, accurate and have the advantage of to be able to work small amounts of sample. They have however the disadvantage of being expensive methods, sometimes too elaborate to be established on a clinical microbiology laboratory. The main objective of this study was the differentiation of clinical isolates of C. albicans through an innovative molecular approach, never before done in the West, simple, cheap and fast, by simple PCR amplifications. To this end, we selected 60 clinical isolates of yeasts obtained from clinical samples from three locations: Covilhã (Hospital Cova da Beira, EPE) Lisbon (Instituto Português de Oncologia and Hospital de Santa Maria, EPE) and Viseu (Hospital de S. Teotónio). The work was based on strains genotyping of C. albicans by PCR amplification with primers directed to 25S rDNA sequences and ALT regions of the RPS sequences. It was possible to distinguish among strains making this method a good resource to epidemiological studies. We conducted a further study of in vitro sensitivity of the C. albicans strains to the antifungals Fluconazole and Voriconazole by the disk diffusion method, according to the standardized and published procedures by CLSI. Through this study we verified high susceptibility to antifungal drugs studied. This work concludes that the differentiation at the strain level is very important to understand patterns of outbreaks of infections and also to determine the origin, endogenous or exogenous, of these nosocomial infections. As such, this epidemiological study is essential for the definition of a more rigorous infection control.Instituto de Higiene e Medicina TropicalMARTINS, Maria da LuzRUNGOMES, Filipa da Conceição Martins Bento Gomes2016-03-15T11:26:57Z20122012-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10362/16786porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2024-03-11T03:54:00Zoai:run.unl.pt:10362/16786Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-20T03:23:30.769800Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse |
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