BIOINFORMATIC STUDIES ON STRUCTURAL ELEMENTS FOR THE REGULATION OF ALTERNATIVE OXIDASE (AOX) GENE ACTIVITIES

• Autor(a) principal: Xavier, Moisés Geraldes
• Data de Publicação: 2007
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10451/14012
• topic: Bioinformática; Single Nucleotide Polymorphisms; Oxidase Alternativa; Scaffold Matrix Attachment Regions,

Os genes da oxidase alternativa (ou AOX) codificam uma pequena família de isoenzimas (enzimas com algumas diferenças mas que actuam nas mesmas reacções químicas), que se encontram nas plantas, fungos, algas, algumas leveduras bem como em algumas classes do reino animal. A AOX é responsável por uma via alternativa de respiração, activada principalmente em condições de stress mas também como reacção a ataques patogénicos, bem como em estádios específicos do desenvolvimento da planta. As “Scaffold Matrix Attachment Regions” (S/MARs) são sequências de DNA entre 300 e 3000 nucleótidos que se ligam a proteínas do núcleo da célula, servindo como âncoras para o DNA, conferindo-lhe assim uma forma própria no interior da célula. Estudos realizados para determinar uma organização específica destas regiões não produziram muitos resultados, no entanto foram definidas algumas regras que permitem ajudar na detecção computacional destas sequências, uma vez que a detecção experimental é difícil e morosa. Com vista a estabelecer possíveis relações entre uma regulação diferenciada dos genes da AOX através dos S/MARs, a primeira parte deste projecto consiste em determinar as regiões do DNA com a estrutura de potenciais “S/MARs” na vizinhança dos genes da Oxidase Alternativa na Arabidopsis thaliana e no arroz. “Single Nucleotide Polymorphisms” (SNPs) são diferenças de um nucleótido entre as mesmas regiões de DNA de diferentes indivíduos da mesma espécie. Estas diferenças podem servir para marcar um determinado conjunto de indivíduos. A segunda parte deste projecto consiste em desenvolver uma aplicação para ajudar na identificação de tipos específicos de polimorfismos, (SNPs) em sequências identificadas na EU Marie Curie Chair, ICAM, Universidade de Évora, onde este projecto foi desenvolvido.