Desenvolvimento de Primer universal de SBE para codificação espectral de SNP

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Cordeiro, Mílton Jorge Santos
Data de Publicação: 2012
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10362/8300
Resumo: Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Biotecnologia
id RCAP_85d1448f0104931bcc996b10fbab306a
oai_identifier_str oai:run.unl.pt:10362/8300
network_acronym_str RCAP
network_name_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository_id_str 7160
spelling Desenvolvimento de Primer universal de SBE para codificação espectral de SNPSNPSBEFRETPrimer universalCodificação espectralDissertação para obtenção do Grau de Mestre em BiotecnologiaNa presente dissertação é apresentado o desenvolvimento de um primer universal para codificação espectral de SNP. A utilização deste primer universal permite que o mesmo oligonucleótido marcado com um doador (D1) possa ser utilizado na análise de múltiplos SNPs de forma universal. Para o desenvolvimento deste primer universal foi necessário verificar se o doador utilizado e os aceitantes (que marcam os ddNTPs) permitiam a obtenção de sinais de FRET que identificassem o par doador/aceitante formado (e com isso a confirmação da reacção de extensão de uma só base (SBE)). Para tal utilizou-se D1 como primer de SBE e verificou-se que este sistema permitiu a identificação do par doador/aceitante, em reacções que continham 1 ddNTP e 2 ddNTPs. Não foi possível, no entanto, discriminar a incorporação de 1 ddNTP aquando da presença dos 4 ddNTPs. No seguimento, desenvolveu-se o primer universal para codificação espectral. Nesta abordagem, é utilizado um primer que contém, simultaneamente, a sequência complementar à sequência adjacente ao SNP que se pretende detectar e a sequência complementar a D1. Desta forma, após uma reacção de extensão de uma só base, a hibridação entre D1 e o primer universal leva à aproximação entre o doador e o aceitante incorporado, permitindo que ocorra transferência de energia entre ambos. A análise espectral dos produtos de reacção permitiu a identificação do ddNTP incorporado no primer universal, e desta forma, a identificação do nucleótido que ocupa a posição a ser analisada. Foram avaliadas as respostas deste sistema para as seguintes condições: 1 template e 1 ddNTP, 1 template e 2 ddNTPs, 2 templates e 2 ddNTPs, 1 template e 4 ddNTPs. Foi possível detectar o par doador/aceitante nas reacções que continham 1 ddNTP e 1 template. Foi também identificado o par doador/aceitante nas situações que mimetizam genótipos homozigótos (1 template e dois ddNTPs) e genótipos heterozigótos (2 templates e 2 ddNTPs). No entanto, não foi possível a identificação do par doador/aceitante nas reacções que continham os 4 ddNTPs . Este sistema foi aplicado em 6 amostras biológicas contendo um SNP que está envolvido na predisposição ao desenvolvimento de obesidade, cujo genótipo foi confirmado por sequenciação. Das 6 amostras testadas, o sistema desenvolvido identificou correctamente 4 genótipos. Apesar de necessitar de uma optimização mais extensa, o sistema de primer universal desenvolvido durante esta dissertação permite a identificação de diferentes SNPs, utilizando o mesmo oligonucleótido marcado com o doador.Faculdade de Ciências e TecnologiaGiestas, LetíciaBaptista, PedroRUNCordeiro, Mílton Jorge Santos2012-12-04T15:41:54Z20122012-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10362/8300porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2024-03-11T03:40:52Zoai:run.unl.pt:10362/8300Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-20T03:18:07.389550Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
dc.title.none.fl_str_mv Desenvolvimento de Primer universal de SBE para codificação espectral de SNP
title Desenvolvimento de Primer universal de SBE para codificação espectral de SNP
spellingShingle Desenvolvimento de Primer universal de SBE para codificação espectral de SNP
Cordeiro, Mílton Jorge Santos
SNP
SBE
FRET
Primer universal
Codificação espectral
title_short Desenvolvimento de Primer universal de SBE para codificação espectral de SNP
title_full Desenvolvimento de Primer universal de SBE para codificação espectral de SNP
title_fullStr Desenvolvimento de Primer universal de SBE para codificação espectral de SNP
title_full_unstemmed Desenvolvimento de Primer universal de SBE para codificação espectral de SNP
title_sort Desenvolvimento de Primer universal de SBE para codificação espectral de SNP
author Cordeiro, Mílton Jorge Santos
author_facet Cordeiro, Mílton Jorge Santos
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Giestas, Letícia
Baptista, Pedro
RUN
dc.contributor.author.fl_str_mv Cordeiro, Mílton Jorge Santos
dc.subject.por.fl_str_mv SNP
SBE
FRET
Primer universal
Codificação espectral
topic SNP
SBE
FRET
Primer universal
Codificação espectral
description Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Biotecnologia
publishDate 2012
dc.date.none.fl_str_mv 2012-12-04T15:41:54Z
2012
2012-01-01T00:00:00Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10362/8300
url http://hdl.handle.net/10362/8300
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Faculdade de Ciências e Tecnologia
publisher.none.fl_str_mv Faculdade de Ciências e Tecnologia
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron:RCAAP
instname_str Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron_str RCAAP
institution RCAAP
reponame_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
collection Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository.name.fl_str_mv Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1799137827219308544