Um novo pacote no R para visualizar dados em análise de sobrevivência

• Autor(a) principal: Camacho, Pedro Daniel Ponte
• Data de Publicação: 2021
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10400.13/3290
• topic: Análise de sobrevivência; ggplot2; Pacotes do R; R packages; Survival analysis; Matemática, Estatística e Aplicações; .; Faculdade de Ciências Exatas e da Engenharia; Domínio/Área Científica::Ciências Naturais::Matemáticas

Existe uma plenitude de funcionalidades gr´aficas presentes no ecossistema de pacotes da linguagem de programa¸c˜ao R para a ´area da Estat´ıstica e no ramo da An´alise de Sobrevivˆencia, de tal modo que um utilizador pode n˜ao saber onde come¸car tendo presente uma estrutura de dados ou um modelo espec´ıfico. Neste trabalho detalha-se a funcionalidade de um novo pacote, vsd, desenvolvido no R para visualizar dados em An´alise de Sobrevivˆencia para suavizar esta problem´atica. Come¸ca-se com uma introdu¸c˜ao ao processo de cria¸c˜ao de pacotes para o R, com foco na cria¸c˜ao do esqueleto de um pacote atrav´es do pacote devtools, na documenta¸c˜ao de um pacote e consequente declara¸c˜ao de funci onalidades atrav´es do pacote roxygen2, nalgumas componentes extras como o uso de linting para corre¸c˜ao do c´odigo e a publica¸c˜ao do pacote, e o uso do sistema de controlo de vers˜oes do c´odigo Git para f´acil publica¸c˜ao do pacote sob licen¸ca aberta, como requerido pelo CRAN. Em seguida, faz-se uma breve abordagem a conceitos em An´alise de So brevivˆencia relevantes para o pacote vsd. O pacote vsd, que aproveita funcionalidades doutros pacotes j´a presen tes no ecossistema do R como os pacotes survminer e flexsurv, permite visualizar v´arios gr´aficos para dados contendo censura `a direita como, por exemplo: da estimativa de Kaplan-Meier da fun¸c˜ao de sobrevivˆencia, da esti mativa suavizada da fun¸c˜ao de risco, dos res´ıduos padronizados e dos gr´aficos de floresta associados aos coeficientes do modelo de Cox, bem como das es timativas de modelos param´etricos. O pacote vsd foi constru´ıdo com um design modular para permitir funcionalidade mais extensiva no futuro. Os gr´aficos criados pelo pacote vsd podem ser explorados interativamente, atrav´es do modo interativo com recurso opcional ao pacote plotly, ou ap´os gera¸c˜ao modificados pelo utilizador, devido ao uso do pacote gr´afico ggplot2, que permite reutiliza¸c˜ao e customiza¸c˜ao f´acil das estruturas gr´aficas criadas.