Molecular diagnosis of gastroinstestinal viruses in Iberian Wolf (canis lupus signatus) and stray dogs (canis lupus) in northern Portugal

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Maia, Inês Sofia da Costa
Data de Publicação: 2023
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10400.5/29705
Resumo: Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina Veterinária, área científica de Sanidade Animal
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spelling Molecular diagnosis of gastroinstestinal viruses in Iberian Wolf (canis lupus signatus) and stray dogs (canis lupus) in northern PortugalCanine ParvovirusAdenovirusCoronavirusCanine Distemper VirusPortugalParvovírus CaninoEsganaCoronavírusAdenovírus CaninosPortugalDissertação de Mestrado Integrado em Medicina Veterinária, área científica de Sanidade AnimalCurrently, infectious diseases are considered a major threat to the preservation of biodiversity, with viruses emerging as a primary source of outbreaks in wildlife. Consequently, it becomes crucial to monitor the presence of viruses within animal populations that exhibit an alarming conservation status, such as the Iberian wolf (Canis lupus signatus). Between 2020 and 2021, 214 stool samples were collected in northern Portugal, of which 199 belonged to Iberian wolves and 15 to stray dogs. With these samples, an initial screening was performed using real-time PCR and conventional PCR for the most common viruses in the Iberian wolf, with the following detection frequencies: canine parvovirus (5.0%), canine distemper virus (5.5%), coronavirus (10.0%), and canine adenovirus (13.5%). In this study, the prevalence rates of canine parvovirus, canine distemper virus, and canine adenovirus were found to be higher in the dog samples compared to the wolves’ samples. This finding underscores the significance of stray dogs in the maintenance of these infectious agents in the habitat. Furthermore, eleven animals from two different packs were identified from 63 samples of Iberian wolves. Based on the collected information, the viral exposure of each individual over time and the presence of these agents in the identified packs, were analyzed. By employing a qPCR genotyping technique, three distinct genotypes of canine parvovirus were identified. Furthermore, the sequencing of the partial Np gene from a CDV positive sample enabled its assignment with the European genotype confirming circulation of non-vaccine strains in the study population. It was not possible to sequence positive samples for canine coronavirus or canine adenovirus in order to carry out the phylogenetic analysis of these samples. However, using the partial sequence of E3 gene of the Adenoviridae family, it was possible to confirm for the first time the presence of type 1 canine adenovirus in the population of Iberian wolves of Northern Portugal;RESUMO - Diagnóstico molecular de vírus gastrointestinais no lobo ibérico (Canis lupus signatus) e em cães errantes (Canis lupus) no norte de Portugal - Atualmente, as doenças infeciosas são consideradas uma ameaça para a preservação da biodiversidade, sendo os vírus um dos principais agentes responsáveis por episódios de doença nas populações de animais selvagens. Deste modo, a sua monitorização é de especial interesse em populações de animais cujo estado de conservação é preocupante, como é o caso do Lobo Ibérico (Canis lupus signatus). Entre 2020 e 2021, foram analisadas 214 amostras de fezes do norte de Portugal, das quais 199 pertenciam a lobos e 15 pertenciam a cães errantes. Com estas amostras foi realizado um rastreio molecular, com recurso a PCR em tempo real e PCR convencional para os vírus mais comuns no lobo ibérico, tendo sido detetados parvovírus canino (5.0%), morbilivírus canino (vírus da esgana) (5.5%), coronavírus (10.0%) e adenovírus canino (13.5%). Os valores mais elevados para parvovírus canino, morbilivírus canino e adenovírus canino, foram obtidas nas amostras de cão demonstrando a relevância dos cães errantes na transmissão destes agentes infeciosos. Em 63 amostras de lobo ibérico recolhidas foi possível identificar 11 indivíduos de duas alcateias diferentes. Com base na informação recolhida a positividade de cada indivíduo a cada um dos vírus estudados foi avaliada assim como a presença destes agentes nas alcateias identificadas. As amostras positivas a parvovírus canino foram genotipificadas tendo sido identificados as 3 variantes de parvovírus canino a circular em carnívoros errantes no norte de Portugal. A partir das amostras positivas a morbilivírus canino, uma amostra foi sequenciada e analisada filogeneticamente, tendo sido incluída no genótipo europeu, confirmando circulação de estirpes não vacinais na população em estudo. Não foi possível sequenciar amostras positivas a coronavírus canino nem de adenovírus canino, de modo a realizar uma análise filogenética das mesmas. No entanto, com recurso ao gene E3 da família Adenoviridae foi confirmada, pela primeira vez em Portugal, a presença do adenovírus tipo 1 na população de lobos ibéricos do Norte de PortugalUniversidade de Lisboa, Faculdade de Medicina VeterináriaDuarte, Ana Isabel Simões PereiraBoinas, Fernando Jorge SilvanoRepositório da Universidade de LisboaMaia, Inês Sofia da Costa2023-11-162024-11-16T00:00:00Z2023-11-16T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10400.5/29705TID:203493575engMaia ISC. 2023. Molecular diagnosis of gastroinstestinal viruses in Iberian Wolf (canis lupus signatus) and stray dogs (canis lupus) in northern Portugal [master's thesis]. 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