Building reference library for marine fish species of Azores archipelago and biomonitoring via DNA metabarcoding

• Autor(a) principal: Luz, Adriana Silveira
• Data de Publicação: 2002
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: eng
• Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10400.8/7623
• topic: DNA ambiental; Açores; Barcoding; Áreas marinhas protegidas; Environmental DNA; Azores; Marine protected areas; Domínio/Área Científica::Engenharia e Tecnologia::Outras Engenharias e Tecnologias

O arquipélago dos Açores é um habitat essencial para espécies em zonas costeiras e montes submarinos, onde a sua biodiversidade é bem registada, mas de difícil monitorização devido à vasta área da Zona Económica Exclusiva (ZEE) de Portugal. Existem poucos estudos genéticos sobre espécies marinhas do arquipélago dos Açores, e menos ainda com recurso a metodologias de eDNA. O objetivo deste estudo foi compor uma biblioteca de referência de barcodes de DNA e realizar um estudo de riqueza e abundância de espécies de peixes marinhos na Ilha Graciosa (aprox. 61km2), com recurso a eDNA, avaliando os padrões no espaço e no tempo de amostras oceânicas e costeiras, e dentro e fora das Áreas Marinha Protegidas (AMPs). As espécies com barcodes são principalmente peixes comerciais disponíveis no mercado local, e algumas espécies de recife (n=35). As extrações e purificações de DNA de tecidos foram feitas com kits comerciais com pequenas modificações. As regiões selecionadas foram a subunidade I do Citocromo Oxidase (COI), usando os primers Fish F1/R1, Fish F2/R2 e a região do gene 12S do mtDNA, sendo esta última também usada para metabarcoding de eDNA usando os primers MiFish – U F/R. Para as amostras de eDNA, 2 L de água da superfície do mar foram filtrados com uma membrana de 0,45 μm. A região alvo 12S foi amplificada usando um PCR de alta fidelidade de etapa única com primers e diferentes tags com protocolo de ligação de adaptador, e sequenciado numa plataforma de sequenciação de alto rendimento com resolução de leitura/amostra de 500K. A preparação da biblioteca de barcodes resultou na amplificação bem sucedida das espécies locais e na entrada de alguns primeiros registros dessas regiões génicas nos bancos de dados Genbank e BOLD. O estudo de eDNA identificou com sucesso 33 MOTUs de peixes, demonstrando uma não variação de riqueza das espécies nas variáveis definidas, porém revelou diferenças significativas na abundância geral durante o verão, e também em amostras costeiras, ao mesmo tempo em que revelou uma espécie significativamente mais abundante no interior das AMPs durante o verão (Macroramphosus scolopax), uma das presas das espécies de aves protegidas residentes nos ilhéus, Reserva da Biosfera da Ilha Graciosa. Além de alguns resultados inesperados que podem ser explicados por fatores bióticos e abióticos, esta metodologia mostrou ser possível obter dados instantâneos da estrutura da comunidade, que podem ser usados para complementar os levantamentos visuais, identificar espécies raras ou novas espécies invasoras, bem como apoiar questões de decisão na gestão ecológica regional.