Computer aided method for 3D assessment of the lower limb alignment for orthopedic surgery planning
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| Data de Publicação: | 2017 |
| Tipo de documento: | Dissertação |
| Idioma: | eng |
| Título da fonte: | Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
| Texto Completo: | http://hdl.handle.net/10451/32009 |
Resumo: | Tese de mestrado integrado, Engenharia Biomédica e Biofísica (Engenharia Clínica e Instrumentação Médica) Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2017 |
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Computer aided method for 3D assessment of the lower limb alignment for orthopedic surgery planningAlinhamento do Membro InferiorAvaliação 3D do AlinhamentoSoftware Planeamento Pré-CirúrgicoPlaneamento de Correção de DeformaçõesTeses de mestrado - 2017Departamento de FísicaTese de mestrado integrado, Engenharia Biomédica e Biofísica (Engenharia Clínica e Instrumentação Médica) Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2017Os membros inferiores são responsáveis por fornecer suporte à totalidade do corpo humano e são essenciais nas mais variadas tarefas como estar de pé, andar e correr. Por vezes, e devido a diversos motivos, podem existir defeitos ou deformações nos membros inferiores que têm um impacto direto na qualidade de vida de uma pessoa, quer por se ver afetado o lado estético pessoal ou por condicionar significativamente a mobilidade. Uma característica da estrutura do membro inferior que é diretamente afetada por estas deformações é o seu alinhamento, isto é, a posição relativa dos ossos e articulações que compõem o membro. Graças à evolução da medicina moderna, corrigir estas deformações é agora uma prática bastante comum no campo da cirurgia ortopédica. No entanto, antes de qualquer cirurgia corretiva e até de qualquer planeamento que esta exija, a deformação tem de ser corretamente analisada, o que é feito através da chamada avaliação do alinhamento do membro inferior. Atualmente, num contexto clínico, esta avaliação é feita manualmente num espaço de trabalho bi-dimensional, normalmente utilizando apenas imagens de raios-X da perna inteira no plano anatómico frontal. Uma revisão ao estado da arte no que toca a métodos de planeamento cirúrgico dedicados ao membro inferior permite concluir que de facto existe software capaz de realizar este planeamento, mas que, no entanto, para além de terem custos elevadíssimos associados, nenhum utilizada modelos 3D como fonte de informação, o que traria imensos benefícios, especialmente ao nível da informação acerca da rotação e da inclinação dos ossos. Existem no entanto algum software a um nível mais experimental que utiliza modelos 3D para realizar a avaliação do alinhamento do membro inferior, sendo que nenhum deles passou ainda a estar disponível comercialmente. Numa perspetiva de implementar um método automático baseado em computador para realizar o planeamento pré-cirurgico da cirurgia de correção para ser utilizado em contexto clínico, foi proposto um projeto para o desenvolvimento de um novo software capaz de efetuar a avaliação do alinhamento do membro inferior em modelos 3D dos doentes. O projeto foi dividido em quatro etapas distintas que se desenrolaram ao longo de um estágio de sete meses. Na primeira etapa, o objetivo consistiu em gerar diversos modelos 3D dos membros inferiores de diferentes pacientes. Para tal, recorreu-se ao software de segmentação de imagens médicas Mimics 14.0 e utilizaram-se imagens de tomografia computorizada dos pacientes. Após o processo de segmentação, obtiveram-se os modelos 3D cuja qualidade teve de ser assegurada através de um processo de remeshing e cuja correta orientação espacial teve de ser também assegurada, já que a avaliação do alinhamento é sensível à orientação da perna. Para tal, utilizou-se o software de renderização 3D Geomagic Studio 14. Optou-se ainda por separar os modelos dos ossos nas suas porções proximal e distal, de modo a reduzir futuramente os tempos de computação. Findo todo este processo, assegurou-se que diferentes utilizadores poderiam gerar estes modelos sem grande variabilidade ou erro no resultado final através da comparação dos modelos obtidos de um mesmo paciente por três utilizadores distintos, sendo que os modelos obtidos apresentavam volumes com diferenças inferiores a 1% relativamente ao valor médio e com um baixo desvio padrão. Numa segunda etapa, os ângulos e medidas consideradas necessárias para uma avaliação adequada foram definidos, apresentando os valores esperados para estas medidas de acordo com a literatura. Assim, foi possível definir também os pontos anatómicos que são necessários para a definição destes mesmos ângulos e medidas e que portanto têm de ser encontrados pelo software. Na terceira etapa, fez-se então o desenvolvimento propriamente dito do software. Encontravam-se já disponíveis alguns métodos automáticos desenvolvidos no contexto projeto, contudo, estes métodos exigiam que o utilizador conhecesse as ferramentas do Geomagic de modo a obter algumas informações, e que depois fosse capaz de utilizar estas informações para editar os scripts de modo a que estes funcionassem para cada paciente em específico. Para além disso, apenas pontos muito específicos podiam ser encontrados. Nesse sentido, isto é, de modo a que todo o processo de encontrar os pontos anatómicos relevantes pudesse ser feito diretamente pelo utilizador, no programa, e sem exigir quaisquer conhecimentos de programação, um conjunto de técnicas foi implementado, dando ao programa uma grande componente gráfica. Para os diferentes pontos, foi necessário recorrer a diferentes metodologias, algumas desenvolvidas propositadamente para o efeito e implementadas em linguagem de programação Python "pura", e algumas adaptadas de outras já existentes e disponíveis no próprio Geomagic. Foi ainda assegurado que existiam métodos alternativos caso os métodos padrão não fossem os mais adequados devido a uma estrutura diferente da esperada dos próprios modelos 3D. De todo este processo resultou um programa que usa os modelos 3D gerados e, da maneira mais automática possível e com uma interface do utilizador fácil de usar, fornece todos os ângulos e medidas, efetuando assim a dita avaliação do alinhamento do membro inferior em 3D. Uma análise ponderada aos resultados obtidos permitiu identificar quais os pontos anatómicos que estarão a ser obtidos de maneira menos ideal e por isso a levar a alguns resultados não tão bons como o esperado. A dependência criada da seleção e limitação de certas áreas nas quais ocorre uma iteração que permite encontrar certos pontos é possivelmente a maior falha do programa desenvolvido que se torna assim demasiado sensível ao input do utilizador. Note-se, contudo, que os próprios testes apresentam algumas falhas que podem influenciar os resultados obtidos, tal como não ter sido definido um roteiro de teste que obrigasse a uma utilização uniforme por parte de todos os utilizadores, e também os diferentes níveis de experiência com o programa por parte dos utilizadores de teste. No entanto, a maioria das medidas obtidas apresenta valores constantes ao longo de diversas utilizações, igualando os valores que seriam obtidos manualmente, mas com o potencial de os obter em metade do tempo. Pode concluir-se então que, no momento, a avaliação do alinhamento 3D é possível utilizando o software desenvolvido. É possível ainda apontar algumas limitações e fazer algumas sugestões de modo a que estas sejas ultrapassadas. Algumas limitações partiram do facto da experiência a programar em Python ser bastante limitada, e outras partiram do software utilizado para fazer o desenvolvimento. Por exemplo, o método que teria sido o mais indicado para encontrar um certo número de pontos na Tibia não foi possível de implementar devido a um bug interno do software. Existe ainda muita coisa que pode ser feita no que toca ao software desenvolvido e ao objectivo final de desenvolver um método de planeamento pré-operativo: em primeiro lugar, é necessário realizar mais testes, de modo a aumentar o tamanho da amostra e o intervalo de confiança dos testes; em segundo lugar, eliminar a dependência do Geomagic para utilizar o programa seria o ideal; finalmente, de modo a completar o plano inicial, deve ser implementada a possibilidade de visualizar o resultado da cirurgia nos modelos 3D.The lower limbs are responsible for supporting the body and are essential for several tasks such as standing, walking and running. Sometimes, and due to various reasons, defects or deformities can be found on the lower limbs and this has an impact on a person’s quality-of-life. One characteristic of the structure of the lower limb that is affected by these deformities is its alignment, i.e. the relative positions of the bones and joints that it includes. Thanks to the evolution of modern medicine, fixing these deformities is now a common practice in the orthopedics' surgical field. Before any corrective surgery and its respective planning, the deformity needs to be properly analyzed, which is accomplished by the assessment of the alignment of the whole lower limb. Currently, in clinical setting, this assessment is carried out manually in the two-dimensional space, normally using wholeleg X-ray images of the anatomical frontal plane, but complex deformities can not be assessed properly in a 2D image. In a desire to create an automatic computer-based method for the preoperative planning of deformity correction and knee surgery, a project consisting of developing a new software for assessing the lower limb alignment based on 3D models was proposed. The project was comprised of four stages: In the first stage, 3D models of different patients’ lower limbs were generated using both segmentation and 3D rendering software, and it was ensured that these models could be generated by any user without significant variability/error in the final outcome; In the second stage, the exact angles and measures needed for a proper assessment were defined, as well as the anatomic landmarks required to calculate them that should then be found by the software; During the third stage, the software development took place, from which resulted a program that uses the generated 3D models and, in the most automatic way possible and with an easy-to-use interface, returns all the needed angles and measures; The final stage of the project was to ensure that the program is reliable and consistent in its results in both intraobserver and interobserver domain, and that it composes an improvement when compared with the manual procedure, while also ensuring that the results obtained by using the program match those obtained manually. A lot can still be done and improved regarding the developed software and the ultimate goal of fully developing a preoperative planning method, but, so far, the 3D alignment assessment that results from the program has been considered to perform its task properly and in an improved way when compared to the traditional technique, even though some limitations can be observed.Ferreira, Hugo AlexandreJalal, JalilRepositório da Universidade de LisboaFerreira, Tomás Augusto Esteves2018-02-27T12:00:10Z201720172017-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10451/32009TID:201878941enginfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-11-08T16:25:55Zoai:repositorio.ul.pt:10451/32009Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T21:47:20.168479Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse |
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