In silico analysis of mycobacteriophage Ms6

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Miguel, Francisco Olivença
Data de Publicação: 2017
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10451/36117
Resumo: Trabalho Final de Mestrado Integrado, Ciências Farmacêuticas, Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2017
id RCAP_ca61ce45cd3539bb305fdab78a88114d
oai_identifier_str oai:repositorio.ul.pt:10451/36117
network_acronym_str RCAP
network_name_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository_id_str 7160
spelling In silico analysis of mycobacteriophage Ms6Ms6BacteriophageMycobacteriaGenome AnnotationMestrado Integrado - 2017Ciências da SaúdeTrabalho Final de Mestrado Integrado, Ciências Farmacêuticas, Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2017Isolated in 1989, Ms6 is a renowned temperate mycobacteriophage that earned a spot as model of mycobacteriophage-induced lysis. Despite the studies on the lytic operon, the remainder of the genome of Ms6 was kept mostly unexplored. A modern next generation sequencing, followed by a complete genome annotation, enlightens several aspects concerning this phage. The genome is composed of linear double stranded DNA, with 54252 bp of length and a GC content of 61,5%. The closest homologues of Ms6 are Dlane and Shauna1. The similarities between Ms6 and these and many other F1 clustered phages allow its allocation to this group although 11 ORFs present a first BLASTp hit that is not a gene product of a F1 phage. A total of 105 ORFs were identified, of which 43 were given a putative function according to a combination between location in the genome, homology with previously characterized proteins, existence of conserved motifs or structural similarities. The integrase gene divides the genome in two genomic arms, the left and the right. Within the left arm of the genome, it is possible to distinguish genes with structural roles, such as the head and the tail assembly genes and genes required for processes like packaging and lysis. The right arm is less conserved than its left counterpart and comprises ORFs involved either in DNA modification, like exonucleases or methylases, or in phage regulation, for example the WhiB factor or proteins with helix-turn-helix DNA binding motifs. Besides the pin gene and its phage resistance properties, other interesting features include a possible virion associated lysin and a protein that might encourage homologous recombination.Isolado em 1989, o Ms6 é um micobacteriófago temperado pertencente à família Siphoviridae e que infecta Mycobacterium smegmatis. Apesar dos estudos já efectuados sobre a integração e sobre a lise das micobactérias induzida pelo Ms6, o restante genoma do Ms6 permaneceu maioritariamente por explorar. Através de Next Generation Sequencing, seguido de uma completa anotação do genoma, foi possível esclarecer alguns aspetos relativos a este fago. O genoma é composto por uma dupla cadeia linear de DNA, contendo 54252 bp e um conteúdo em GC de 61,5%. Os fagos mais semelhantes ao Ms6 são o Dlane e o Shauna1. A homologia entre o Ms6 e estes fagos, bem como com muitos outros fagos do subcluster F1, permitem a sua inclusão neste grupo, apesar de 11 ORFs apresentarem um primeiro resultado de BLASTp que não corresponde a proteínas de fagos F1. Foram identificadas 105 ORFs e foi possível atribuir uma função a 43 das mesmas, por combinação de informação proveniente da sua localização no genoma, homologia com proteínas previamente caracterizadas e presença de motivos conservados ou analogias estruturais. A gene que codifica para a integrase divide o genoma em dois ramos, o esquerdo e o direito. Dentro do ramo esquerdo do genoma, é possível distinguir genes com um papel estrutural, tais como os que codificam proteínas da cápside ou da cauda, e genes necessários a processos como o empacotamento do DNA ou a lise da célula hospedeira. O ramo direito é menos conservado e contém genes envolvidos na modificação do DNA, tais como os que codificam exonucleases ou metilases, ou na regulação do fago, codificando o factor WhiB ou proteínas com domínios de ligação ao DNA do tipo HTH. Além do gene pin, cujo produto confere resistência à superinfeção, outros elementos interessantes incluem uma possível lisina associada ao virião e uma proteína que pode estimular a recombinação homóloga.Pimentel, Madalena Maria VilelaRepositório da Universidade de LisboaMiguel, Francisco Olivença2018-12-20T16:06:00Z2017-12-2820172017-12-28T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10451/36117enginfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-11-08T16:32:32Zoai:repositorio.ul.pt:10451/36117Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T21:50:26.350376Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
dc.title.none.fl_str_mv In silico analysis of mycobacteriophage Ms6
title In silico analysis of mycobacteriophage Ms6
spellingShingle In silico analysis of mycobacteriophage Ms6
Miguel, Francisco Olivença
Ms6
Bacteriophage
Mycobacteria
Genome Annotation
Mestrado Integrado - 2017
Ciências da Saúde
title_short In silico analysis of mycobacteriophage Ms6
title_full In silico analysis of mycobacteriophage Ms6
title_fullStr In silico analysis of mycobacteriophage Ms6
title_full_unstemmed In silico analysis of mycobacteriophage Ms6
title_sort In silico analysis of mycobacteriophage Ms6
author Miguel, Francisco Olivença
author_facet Miguel, Francisco Olivença
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Pimentel, Madalena Maria Vilela
Repositório da Universidade de Lisboa
dc.contributor.author.fl_str_mv Miguel, Francisco Olivença
dc.subject.por.fl_str_mv Ms6
Bacteriophage
Mycobacteria
Genome Annotation
Mestrado Integrado - 2017
Ciências da Saúde
topic Ms6
Bacteriophage
Mycobacteria
Genome Annotation
Mestrado Integrado - 2017
Ciências da Saúde
description Trabalho Final de Mestrado Integrado, Ciências Farmacêuticas, Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2017
publishDate 2017
dc.date.none.fl_str_mv 2017-12-28
2017
2017-12-28T00:00:00Z
2018-12-20T16:06:00Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10451/36117
url http://hdl.handle.net/10451/36117
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron:RCAAP
instname_str Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron_str RCAAP
institution RCAAP
reponame_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
collection Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository.name.fl_str_mv Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1799134439164346368

Registros relacionados