Classificação de genes em hibridação genómica comparativa de estirpes de Streptococcus pneumoniae

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Cardoso, Liliana Sofia Mendonça
Data de Publicação: 2009
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10451/4128
Resumo: Tese de mestrado, Bioestatística, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2009
id RCAP_f8b10c9d226264633d295640174dff8e
oai_identifier_str oai:repositorio.ul.pt:10451/4128
network_acronym_str RCAP
network_name_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository_id_str 7160
spelling Classificação de genes em hibridação genómica comparativa de estirpes de Streptococcus pneumoniaeMicroarrayHibridação genómicaAlgoritmo EMClassificador bayesianoStreptococcus pneumoniaeTeses de mestrado - 2009Tese de mestrado, Bioestatística, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2009O Streptococcus pneumoniae é uma espécie bacteriana responsável por várias infecções no Homem e possui no seu conteúdo genómico uma vasta diversidade. De entre as suas diversas linhagens genéticas é possível identificar aquelas que estão associadas a uma maior virulência através da presença ou ausência de genes específicos. A hibridação genómica comparativa em microarrays é uma tecnologia que examina a semelhança genómica entre organismos e permite a busca em larga escala de genes determinantes da virulência bacteriana. A comparação genómica entre estirpes de Streptococcus pneumoniae com genoma sequenciado (amostra de controlo) e estirpes com genoma ainda não sequenciado (amostra de teste) permite detectar os genes que são comuns às duas amostras (genes presentes na amostra de teste) e aqueles que são específicos à amostra de controlo (genes ausentes da amostra de teste). Nesta dissertação foram usados o algoritmo EM e o classificador bayesiano (ambos baseados em modelos de mistura) com o objectivo de se encontrar uma metodologia que, atrav´es desta comparação, permita classificar os genes em presentes ou ausentes na amostra de teste. Bons resultados foram alcançados com o uso do classificador bayesiano após pré-classificação obtida pelo algoritmo EM, usando como dados o rácio entre as intensidades da amostra de controlo e de teste, sem transformação logarítmica nem normalização. Corrigindo o rácio das intensidades de acordo com o número de estirpes de controlo identificado por cada spot, os resultados anteriores foram ainda melhorados.Streptococcus pneumoniae is a bacterial microorganism accountable for many types of human infections with highly diverse genomic content. Among its several genetic lineages it is possible to identify a few which are associated with increased virulence due to the presence (or absence) of specific genes. Comparative genomic hybridization using microarrays is a technology used to examine genomic similarity among organisms and allows for a high throughput search for the genes responsible for bacterial virulence. Genomic comparison between sequenced strains (the reference sample) and unsequenced strains (the test sample) of Streptococcus pneumoniae allows the detection of genes which are common to both strains (genes that are present in the test sample) and genes which are specific to the reference sample (genes that are absent from the test sample). In this thesis we used the EM algorithm and a Bayesian classifier (both based on mixture models) with the purpose of finding an optimal strategy to classify genes as present (or absent) in the test sample. Good results were obtained with the Bayesian classifier (following a previous classification by the EM algorithm), using as data the ratio of reference strain intensities compared to test strain intensities without logarithmic transformation or normalization. By correcting the intensities ratio accordingly with the number of reference strains identified by each spot, we can improve the previous results.Antunes, Marília Cristina de Sousa, 1969-Pinto, Francisco RodriguesRepositório da Universidade de LisboaCardoso, Liliana Sofia Mendonça2011-09-16T13:47:26Z20092009-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10451/4128porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-11-08T15:44:58Zoai:repositorio.ul.pt:10451/4128Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T21:29:51.101303Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
dc.title.none.fl_str_mv Classificação de genes em hibridação genómica comparativa de estirpes de Streptococcus pneumoniae
title Classificação de genes em hibridação genómica comparativa de estirpes de Streptococcus pneumoniae
spellingShingle Classificação de genes em hibridação genómica comparativa de estirpes de Streptococcus pneumoniae
Cardoso, Liliana Sofia Mendonça
Microarray
Hibridação genómica
Algoritmo EM
Classificador bayesiano
Streptococcus pneumoniae
Teses de mestrado - 2009
title_short Classificação de genes em hibridação genómica comparativa de estirpes de Streptococcus pneumoniae
title_full Classificação de genes em hibridação genómica comparativa de estirpes de Streptococcus pneumoniae
title_fullStr Classificação de genes em hibridação genómica comparativa de estirpes de Streptococcus pneumoniae
title_full_unstemmed Classificação de genes em hibridação genómica comparativa de estirpes de Streptococcus pneumoniae
title_sort Classificação de genes em hibridação genómica comparativa de estirpes de Streptococcus pneumoniae
author Cardoso, Liliana Sofia Mendonça
author_facet Cardoso, Liliana Sofia Mendonça
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Antunes, Marília Cristina de Sousa, 1969-
Pinto, Francisco Rodrigues
Repositório da Universidade de Lisboa
dc.contributor.author.fl_str_mv Cardoso, Liliana Sofia Mendonça
dc.subject.por.fl_str_mv Microarray
Hibridação genómica
Algoritmo EM
Classificador bayesiano
Streptococcus pneumoniae
Teses de mestrado - 2009
topic Microarray
Hibridação genómica
Algoritmo EM
Classificador bayesiano
Streptococcus pneumoniae
Teses de mestrado - 2009
description Tese de mestrado, Bioestatística, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2009
publishDate 2009
dc.date.none.fl_str_mv 2009
2009-01-01T00:00:00Z
2011-09-16T13:47:26Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10451/4128
url http://hdl.handle.net/10451/4128
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron:RCAAP
instname_str Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron_str RCAAP
institution RCAAP
reponame_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
collection Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository.name.fl_str_mv Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1799134183934656512

Registros relacionados