Estudo comparativo de três diferentes procedimentos para extração de RNA a partir de amostras fixadas em formalina e embebidas em parafina

• Autor(a) principal: Ribeiro-Silva,Alfredo
• Data de Publicação: 2008
• Outros Autores: Garcia,Sérgio Britto
• Tipo de documento: Artigo
• Idioma: por
• Título da fonte: Jornal Brasileiro de Patologia e Medicina Laboratorial (Online)
• Texto Completo: http://old.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1676-24442008000200009
• topic: RNA; Formalina; Parafina; Protocolo; Biologia molecular

INTRODUÇÃO: O desenvolvimento de métodos de extração de RNA a partir de amostras fixadas em formalina e embebidas em parafina (FFEP) possibilitou estudos retrospectivos de biologia molecular. Objetivos: Comparar a quantidade e a qualidade do RNA extraído de amostras FFEP a partir de três kits disponíveis comercialmente. MATERIAL E MÉTODO: Utilizando-se três diferentes procedimentos, o RNA total foi extraído de 14 blocos de parafina contendo fragmentos de carcinomas mamários, todos arquivados há 10 anos. A quantidade do RNA foi expressa em pg/µl; e a qualidade, pelo número de integridade do RNA (NIR), utilizando-se o Bioanalyzer da Agilent com o Pico LabChip. O RNA de maior NIR extraído de cada uma das 14 amostras foi amplificado por reação em cadeia da polimerase com transcrição reversa (RT-PCR) utilizando-se o gene G6PD, com primers designados para gerar fragmentos de 67, 151 e 242 pares de bases (pb). RESULTADOS: A média e a mediana da quantidade do RNA extraído para os três protocolos foram, respectivamente, 42,91 e 31,31 pg/µl. A média e a mediana do NIR foram, respectivamente, 1,8 e 2. Em todas as amostras, o gene G6PD foi amplificado para fragmentos de RNA de 67 e 151 pb. DISCUSSÃO: Como houve grande variação individual na quantidade e na qualidade do RNA extraído para cada amostra, os dados do presente estudo indicam que, se não for possível extrair RNA de uma determinada amostra na primeira tentativa, uma segunda extração deve ser realizada antes de se descartar essa amostra para testes de biologia molecular. CONCLUSÕES: Nos três procedimentos utilizados foi possível extrair RNA de qualidade aceitável para amplificação por RT-PCR (com NIR > 1,4).