Estudos citogenéticos clássicos e moleculares em espécies do gênero Harttia (Siluriformes, Loricariidae), com enfoque no papel dos DNAs repetitivos na evolução cariotípica do grupo

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Blanco, Daniel Rodrigues
Data de Publicação: 2012
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFSCAR
Texto Completo: https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/5405
Resumo: Among the Siluriformes, the Loricariidae family is the most numerous, containing approximately 800 species distributed in approximately 100 genera (Eschmeyer & Fricke 2012). Loricariidae is subdivided into six subfamilies: Lithogeninae, Neoplecostominae, Hypoptopomatinae, Loricariinae, Delturinae and Hypostominae. Harttia is a small genus of the Loricariinae subfamily that includes the fish popularly known as armored catfish. Members of this subfamily are characterized by a long and depressed caudal peduncle, the absence of adipose fin, caudal fin emarginated and large bony plates surrounding the anal papilla. They inhabit specific regions of the rivers and streams, and form small semi-isolated populations because they have not migratory habits. In this genus are described nineteen species, of which seventeen are allocated in Brazilian basins, however only a few species had been analyzed by cytogenetic methods. Thus this work characterized, by conventional (Giemsa, C-banding and Ag-NOR) and molecular cytogenetics methods (hybridizations with 5S rDNA, 18S rDNA, [GATA]n, [TTAGGG]n, Rex1, Rex3 and Rex6 probes), 7 species of Harttia: H.kronei, H.gracilis, H.longipinna, H punctata, H. loricariformis, H. torrenticola and H. carvalhoi. This paper presents the first chromosomal description for the species: H. gracilis, H. longipinna, H. punctata and H. torrenticola. The chromosome data obtained allowed to infer that the sex chromosome system XX/XY1Y2, found in H. carvalhoi, originated from a centric fission event of a metacentric chromosome formed by a fusion event occurred before the diversification of the clade formed by H. carvalhoi and H. torrenticola. In the chromosomal analysis of a population of H. longipinna was verified up to 2 micro B chromosomes. The data obtained enabled the detection and characterization of the sex chromosome system X1X1X2X2/X1X2Y in H. punctata possibly caused by a translocation event between the first two acrocentric pairs, chromosomes that carrying the 5S and 18S rDNA sites. The hybridizations with the Rex1, Rex3 and Rex6 retroelements showed that these elements are highly dispersed in the genome of the species VIII analyzed, both in heterochromatic regions as euchromatic regions. Although transposable elements are often associated with chromosomal rearrangements due to its ability to move in the genome, for the species of the Harttia, the accumulation of Rex sequences can not be correlated to chromosomal rearrangements. It is likely that these sequences can have an activity in gene regulation since it was found in large quantities in euchromatic regions. The data regarding biological aspects of Harttia allow infer that the restriction of gene flow brought about by isolation of the watersheds may have contributed to the fixation of the chromosomal rearrangements among the analyzed species. The great chromosomal diversity, here represented by: (i) different diploid numbers and karyotype formulas found between different species analyzed, (ii) for the presence of supernumerary chromosomes in H. longipinna and multiple sex chromosomes systems found in H. carvalhoi and H. punctata, (iii) alocation differentiated of the sites of 5S and 18S rDNA, makes the Harttia genus an excellent model for studies of chromosomal evolution.
id SCAR_9599ad1fd89835cc4b7cae42578ec5aa
oai_identifier_str oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/5405
network_acronym_str SCAR
network_name_str Repositório Institucional da UFSCAR
repository_id_str
spelling Blanco, Daniel RodriguesMoreira Filho, Orlandohttp://lattes.cnpq.br/3927076022470557http://lattes.cnpq.br/89986709683298822016-06-02T20:20:34Z2013-02-062016-06-02T20:20:34Z2012-12-11BLANCO, Daniel Rodrigues. Estudos citogenéticos clássicos e moleculares em espécies do gênero Harttia (Siluriformes, Loricariidae), com enfoque no papel dos DNAs repetitivos na evolução cariotípica do grupo. 2012. 187 f. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2012.https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/5405Among the Siluriformes, the Loricariidae family is the most numerous, containing approximately 800 species distributed in approximately 100 genera (Eschmeyer & Fricke 2012). Loricariidae is subdivided into six subfamilies: Lithogeninae, Neoplecostominae, Hypoptopomatinae, Loricariinae, Delturinae and Hypostominae. Harttia is a small genus of the Loricariinae subfamily that includes the fish popularly known as armored catfish. Members of this subfamily are characterized by a long and depressed caudal peduncle, the absence of adipose fin, caudal fin emarginated and large bony plates surrounding the anal papilla. They inhabit specific regions of the rivers and streams, and form small semi-isolated populations because they have not migratory habits. In this genus are described nineteen species, of which seventeen are allocated in Brazilian basins, however only a few species had been analyzed by cytogenetic methods. Thus this work characterized, by conventional (Giemsa, C-banding and Ag-NOR) and molecular cytogenetics methods (hybridizations with 5S rDNA, 18S rDNA, [GATA]n, [TTAGGG]n, Rex1, Rex3 and Rex6 probes), 7 species of Harttia: H.kronei, H.gracilis, H.longipinna, H punctata, H. loricariformis, H. torrenticola and H. carvalhoi. This paper presents the first chromosomal description for the species: H. gracilis, H. longipinna, H. punctata and H. torrenticola. The chromosome data obtained allowed to infer that the sex chromosome system XX/XY1Y2, found in H. carvalhoi, originated from a centric fission event of a metacentric chromosome formed by a fusion event occurred before the diversification of the clade formed by H. carvalhoi and H. torrenticola. In the chromosomal analysis of a population of H. longipinna was verified up to 2 micro B chromosomes. The data obtained enabled the detection and characterization of the sex chromosome system X1X1X2X2/X1X2Y in H. punctata possibly caused by a translocation event between the first two acrocentric pairs, chromosomes that carrying the 5S and 18S rDNA sites. The hybridizations with the Rex1, Rex3 and Rex6 retroelements showed that these elements are highly dispersed in the genome of the species VIII analyzed, both in heterochromatic regions as euchromatic regions. Although transposable elements are often associated with chromosomal rearrangements due to its ability to move in the genome, for the species of the Harttia, the accumulation of Rex sequences can not be correlated to chromosomal rearrangements. It is likely that these sequences can have an activity in gene regulation since it was found in large quantities in euchromatic regions. The data regarding biological aspects of Harttia allow infer that the restriction of gene flow brought about by isolation of the watersheds may have contributed to the fixation of the chromosomal rearrangements among the analyzed species. The great chromosomal diversity, here represented by: (i) different diploid numbers and karyotype formulas found between different species analyzed, (ii) for the presence of supernumerary chromosomes in H. longipinna and multiple sex chromosomes systems found in H. carvalhoi and H. punctata, (iii) alocation differentiated of the sites of 5S and 18S rDNA, makes the Harttia genus an excellent model for studies of chromosomal evolution.Dentre os Siluriformes, a família Loricariidae é a mais númerosa, contendo cerca de 800 espécies distribuídas em aproximadamente 100 gêneros. Esta família é subdividida em seis subfamílias: Lithogeninae, Neoplecostominae, Hypoptopomatinae, Loricariinae, Delturinae e Hypostominae. Harttia é um pequeno gênero da sufamília Loricariinae que abriga os peixes que apresentam o corpo alongado, nadadeira adiposa e quilha lateral do tronco ausentes, nadadeira caudal emarginada e grandes placas ósseas circundando a papila anal. Habitam preferencialmente riachos e alguns trechos de calha pricipal de rios, e por não apresentarem hábitos migratórios formam pequenas populações semi-isoladas. Para este gênero são descritas aproximadamente vinte e três espécies. Dessas, dezessete estão alocadas em bacias hidrográficas brasileiras, entretanto poucas espécies foram, até então, analisadas no tocante às metodológicas citogenéticas. Desta forma este trabalho caracterizou, por meio de metodologias de citogenética clássica (Giemsa, bandamento C e Ag-NOR) e molecular (hibridizações com sonda de rDNA 5S, rDNA 18S, sequência [GATA]n, sequência [TTAGGG]n, além de retroelementos Rex1, Rex3 e Rex6), 7 espécies do gênero Harttia: H.kronei, H.gracilis, H.longipinna, H punctata, H.loricariformis, H. torrenticola e H. carvalhoi. Este trabalho traz a primeira descrição cromossômica para as espécies H. gracilis, H. longipinna, H. punctata e H. torrenticola. Os dados cromossômicos obtidos possibilitaram inferir que o sistema de cromossommos sexuais múltiplos do tipo XX/XY1Y2, encontrado em H. carvalhoi, originou-se de um evento de fissão cêntrica de um cromossomo metacêntrico originado por um evento de fusão ocorrido antes da diversificação do clado constituído por H. carvalhoi e H. torrenticola. Na análise cromossômica de uma população de H. longipinna foi verificada a presença de até 2 micro cromossomos B em 46% dos exemplares analisados. Os dados obtidos possibilitaram a detecção e caracterização de um sistema de cromossomos sexuais múltiplos do tipo X1X1X2X2/X1X2Y em H. punctata possivelmente originado por um evento inversão com subsequente translocação entre os VI dois primeiros pares acrocêntricos, cromossomos estes portadores dos sítios ribossomais 5S e 18S. As hibridações com os retroelementos Rex1, Rex3 e Rex6 mostraram que esses elementos encontram-se altamente dispersos no genoma de todas as espécies analisadas, tanto em regiões heterocromáticas, quanto eucromáticas. Apesar dos elementos transponíveis estarem frequentemente associados a rearranjos cromossômicos devido a sua capacidade de movimentação no genoma, para as espécies do gênero Harttia, o acúmulo das sequências Rex pode não estar correlacionada aos rearranjos cromossômicos. É provável que estas sequências possam ter uma atividade na regulação gênica, uma vez terem sido localizados em grande quantidade em regiões eucromáticas. Os dados referentes a aspectos biológicos do gênero Harttia permitem inferir que a restrição do fluxo gênico propiciado pelo isolamento das bacias hidrográficas pode ter contribuído para a fixação de diferentes rearranjos cromossômicos entre as espécies avaliadas. A grande diversidade cromossômica, aqui representada por: (i) diferentes números diploide e fórmulas cariotípicas encontradas entre as diferentes espécies analisadas, (ii) pela presença de cromossomos supranumerários em H. longipinna e sistemas de cromossomos sexuais múltiplos encontrados em H. carvalhoi e H. punctata, (iii) alocação diferenciada dos sítios de rDNA 5S e 18S entre as espécies; faz com que o gênero Harttia seja um excelente modelo para estudos de evolução cromossômica.Universidade Federal de Minas Geraisapplication/pdfporUniversidade Federal de São CarlosPrograma de Pós-Graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular - PPGGEvUFSCarBRCitogenética de peixesCascudo (Peixe)HarttiaDNA repetitivoCIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICAEstudos citogenéticos clássicos e moleculares em espécies do gênero Harttia (Siluriformes, Loricariidae), com enfoque no papel dos DNAs repetitivos na evolução cariotípica do grupoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFSCARinstname:Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)instacron:UFSCARORIGINAL4828.pdfapplication/pdf4467127https://{{ getenv "DSPACE_HOST" "repositorio.ufscar.br" }}/bitstream/ufscar/5405/1/4828.pdf1ff7c1ebc1d478f76ad3eb0f1999c93bMD51TEXT4828.pdf.txt4828.pdf.txtExtracted texttext/plain0https://{{ getenv "DSPACE_HOST" "repositorio.ufscar.br" }}/bitstream/ufscar/5405/2/4828.pdf.txtd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427eMD52THUMBNAIL4828.pdf.jpg4828.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg4997https://{{ getenv "DSPACE_HOST" "repositorio.ufscar.br" }}/bitstream/ufscar/5405/3/4828.pdf.jpg5cabff7ec97ac5640d9ab3d77e116435MD53ufscar/54052019-09-11 04:17:16.523oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/5405Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufscar.br/oai/requestopendoar:43222019-09-11T04:17:16Repositório Institucional da UFSCAR - Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)false
dc.title.por.fl_str_mv Estudos citogenéticos clássicos e moleculares em espécies do gênero Harttia (Siluriformes, Loricariidae), com enfoque no papel dos DNAs repetitivos na evolução cariotípica do grupo
title Estudos citogenéticos clássicos e moleculares em espécies do gênero Harttia (Siluriformes, Loricariidae), com enfoque no papel dos DNAs repetitivos na evolução cariotípica do grupo
spellingShingle Estudos citogenéticos clássicos e moleculares em espécies do gênero Harttia (Siluriformes, Loricariidae), com enfoque no papel dos DNAs repetitivos na evolução cariotípica do grupo
Blanco, Daniel Rodrigues
Citogenética de peixes
Cascudo (Peixe)
Harttia
DNA repetitivo
CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA
title_short Estudos citogenéticos clássicos e moleculares em espécies do gênero Harttia (Siluriformes, Loricariidae), com enfoque no papel dos DNAs repetitivos na evolução cariotípica do grupo
title_full Estudos citogenéticos clássicos e moleculares em espécies do gênero Harttia (Siluriformes, Loricariidae), com enfoque no papel dos DNAs repetitivos na evolução cariotípica do grupo
title_fullStr Estudos citogenéticos clássicos e moleculares em espécies do gênero Harttia (Siluriformes, Loricariidae), com enfoque no papel dos DNAs repetitivos na evolução cariotípica do grupo
title_full_unstemmed Estudos citogenéticos clássicos e moleculares em espécies do gênero Harttia (Siluriformes, Loricariidae), com enfoque no papel dos DNAs repetitivos na evolução cariotípica do grupo
title_sort Estudos citogenéticos clássicos e moleculares em espécies do gênero Harttia (Siluriformes, Loricariidae), com enfoque no papel dos DNAs repetitivos na evolução cariotípica do grupo
author Blanco, Daniel Rodrigues
author_facet Blanco, Daniel Rodrigues
author_role author
dc.contributor.authorlattes.por.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/8998670968329882
dc.contributor.author.fl_str_mv Blanco, Daniel Rodrigues
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Moreira Filho, Orlando
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/3927076022470557
contributor_str_mv Moreira Filho, Orlando
dc.subject.por.fl_str_mv Citogenética de peixes
Cascudo (Peixe)
Harttia
DNA repetitivo
topic Citogenética de peixes
Cascudo (Peixe)
Harttia
DNA repetitivo
CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA
dc.subject.cnpq.fl_str_mv CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA
description Among the Siluriformes, the Loricariidae family is the most numerous, containing approximately 800 species distributed in approximately 100 genera (Eschmeyer & Fricke 2012). Loricariidae is subdivided into six subfamilies: Lithogeninae, Neoplecostominae, Hypoptopomatinae, Loricariinae, Delturinae and Hypostominae. Harttia is a small genus of the Loricariinae subfamily that includes the fish popularly known as armored catfish. Members of this subfamily are characterized by a long and depressed caudal peduncle, the absence of adipose fin, caudal fin emarginated and large bony plates surrounding the anal papilla. They inhabit specific regions of the rivers and streams, and form small semi-isolated populations because they have not migratory habits. In this genus are described nineteen species, of which seventeen are allocated in Brazilian basins, however only a few species had been analyzed by cytogenetic methods. Thus this work characterized, by conventional (Giemsa, C-banding and Ag-NOR) and molecular cytogenetics methods (hybridizations with 5S rDNA, 18S rDNA, [GATA]n, [TTAGGG]n, Rex1, Rex3 and Rex6 probes), 7 species of Harttia: H.kronei, H.gracilis, H.longipinna, H punctata, H. loricariformis, H. torrenticola and H. carvalhoi. This paper presents the first chromosomal description for the species: H. gracilis, H. longipinna, H. punctata and H. torrenticola. The chromosome data obtained allowed to infer that the sex chromosome system XX/XY1Y2, found in H. carvalhoi, originated from a centric fission event of a metacentric chromosome formed by a fusion event occurred before the diversification of the clade formed by H. carvalhoi and H. torrenticola. In the chromosomal analysis of a population of H. longipinna was verified up to 2 micro B chromosomes. The data obtained enabled the detection and characterization of the sex chromosome system X1X1X2X2/X1X2Y in H. punctata possibly caused by a translocation event between the first two acrocentric pairs, chromosomes that carrying the 5S and 18S rDNA sites. The hybridizations with the Rex1, Rex3 and Rex6 retroelements showed that these elements are highly dispersed in the genome of the species VIII analyzed, both in heterochromatic regions as euchromatic regions. Although transposable elements are often associated with chromosomal rearrangements due to its ability to move in the genome, for the species of the Harttia, the accumulation of Rex sequences can not be correlated to chromosomal rearrangements. It is likely that these sequences can have an activity in gene regulation since it was found in large quantities in euchromatic regions. The data regarding biological aspects of Harttia allow infer that the restriction of gene flow brought about by isolation of the watersheds may have contributed to the fixation of the chromosomal rearrangements among the analyzed species. The great chromosomal diversity, here represented by: (i) different diploid numbers and karyotype formulas found between different species analyzed, (ii) for the presence of supernumerary chromosomes in H. longipinna and multiple sex chromosomes systems found in H. carvalhoi and H. punctata, (iii) alocation differentiated of the sites of 5S and 18S rDNA, makes the Harttia genus an excellent model for studies of chromosomal evolution.
publishDate 2012
dc.date.issued.fl_str_mv 2012-12-11
dc.date.available.fl_str_mv 2013-02-06
2016-06-02T20:20:34Z
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2016-06-02T20:20:34Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv BLANCO, Daniel Rodrigues. Estudos citogenéticos clássicos e moleculares em espécies do gênero Harttia (Siluriformes, Loricariidae), com enfoque no papel dos DNAs repetitivos na evolução cariotípica do grupo. 2012. 187 f. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2012.
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/5405
identifier_str_mv BLANCO, Daniel Rodrigues. Estudos citogenéticos clássicos e moleculares em espécies do gênero Harttia (Siluriformes, Loricariidae), com enfoque no papel dos DNAs repetitivos na evolução cariotípica do grupo. 2012. 187 f. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2012.
url https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/5405
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de São Carlos
dc.publisher.program.fl_str_mv Programa de Pós-Graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular - PPGGEv
dc.publisher.initials.fl_str_mv UFSCar
dc.publisher.country.fl_str_mv BR
publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de São Carlos
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFSCAR
instname:Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)
instacron:UFSCAR
instname_str Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)
instacron_str UFSCAR
institution UFSCAR
reponame_str Repositório Institucional da UFSCAR
collection Repositório Institucional da UFSCAR
bitstream.url.fl_str_mv https://{{ getenv "DSPACE_HOST" "repositorio.ufscar.br" }}/bitstream/ufscar/5405/1/4828.pdf
https://{{ getenv "DSPACE_HOST" "repositorio.ufscar.br" }}/bitstream/ufscar/5405/2/4828.pdf.txt
https://{{ getenv "DSPACE_HOST" "repositorio.ufscar.br" }}/bitstream/ufscar/5405/3/4828.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv 1ff7c1ebc1d478f76ad3eb0f1999c93b
d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e
5cabff7ec97ac5640d9ab3d77e116435
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFSCAR - Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1777472053297807360