Diversidade genética e estruturação populacional em capivaras, Hydrochoerus hydrochaeris (Linnaeus, 1766)
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Data de Publicação: | 2022 |
Tipo de documento: | Dissertação |
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Texto Completo: | https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/16198 |
Resumo: | Decreased connectivity for species and consequently limited dispersal can be linked to various environmental factors such as climate, dispersal barriers, or limited dispersal. In the case of semi-aquatic organisms such as capybara, their dispersion can be influenced by the presence of water bodies. Our work aims to evaluate the distribution of genetic diversity of Hydrochoerus hydrochaeris in river basins of South America. We also evaluated the presence of structuring between different hydrographic basins and between hydrographic microbasins of the Paraguay and Alto Paraná basins in Brazilian territory. For this, we amplified a fragment of the D-loop region of mitochondrial DNA, constructed haplotype networks and performed phylogenetic and molecular analysis of variance. We also reconstructed a demographic history with the Bayesian Skyline Plot analysis. Our results showed that H. hydrochaeris populations are structured between the Orinoco, Paraguay and Alto Paraná basins, but still maintain ancestral polymorphisms and possibly a flow of individuals between the Paraguay and Alto Paraná basins. On the other hand, the genetic diversity, both haplotypic and nucleotide, in the Paraguay and Alto Paraná basins is high and the populations show a relatively recent demographic growth, the populations of the Orinoco basin show low diversity and a population decline. The patterns of structure and genetic diversity are probably a result of the distinct evolutionary history of watersheds and recent demographic fluctuations suffered by populations, respectively. |
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Felix, Mariana CampanhaGaletti Júnior, Pedro Manoelhttp://lattes.cnpq.br/7398754661670478http://lattes.cnpq.br/48474464915059370ca6adbc-f598-46e7-b748-72af5b9cdaff2022-05-26T19:24:03Z2022-05-26T19:24:03Z2022-03-08FELIX, Mariana Campanha. Diversidade genética e estruturação populacional em capivaras, Hydrochoerus hydrochaeris (Linnaeus, 1766). 2022. Dissertação (Mestrado em Ecologia e Recursos Naturais) – Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2022. Disponível em: https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/16198.https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/16198Decreased connectivity for species and consequently limited dispersal can be linked to various environmental factors such as climate, dispersal barriers, or limited dispersal. In the case of semi-aquatic organisms such as capybara, their dispersion can be influenced by the presence of water bodies. Our work aims to evaluate the distribution of genetic diversity of Hydrochoerus hydrochaeris in river basins of South America. We also evaluated the presence of structuring between different hydrographic basins and between hydrographic microbasins of the Paraguay and Alto Paraná basins in Brazilian territory. For this, we amplified a fragment of the D-loop region of mitochondrial DNA, constructed haplotype networks and performed phylogenetic and molecular analysis of variance. We also reconstructed a demographic history with the Bayesian Skyline Plot analysis. Our results showed that H. hydrochaeris populations are structured between the Orinoco, Paraguay and Alto Paraná basins, but still maintain ancestral polymorphisms and possibly a flow of individuals between the Paraguay and Alto Paraná basins. On the other hand, the genetic diversity, both haplotypic and nucleotide, in the Paraguay and Alto Paraná basins is high and the populations show a relatively recent demographic growth, the populations of the Orinoco basin show low diversity and a population decline. The patterns of structure and genetic diversity are probably a result of the distinct evolutionary history of watersheds and recent demographic fluctuations suffered by populations, respectively.A diminuição da conectividade para as espécies e consequentemente limitação da dispersão pode estar ligada a vários fatores ambientais como clima, barreiras de dispersão, ou dispersão limitada. No caso de organismos semi-aquáticos, como a capivara, sua dispersão é influenciada pela presença de corpos d’água. Neste trabalho avaliamos a distribuição da diversidade genética de Hydrochoerus hydrochaeris em diferentes bacias hidrográficas da América do Sul. Avaliamos, também, a presença de estruturação entre diferentes bacias hidrográficas e entre microbacias hidrográficas das bacias do Paraguai e do Alto Paraná em território brasileiro. Para isso, amplificamos um fragmento da região D-loop do DNA mitocondrial, construímos redes de haplótipos e realizamos análises filogenética e de variância molecular. Também reconstruímos uma história demográfica com a análise Bayesian Skyline Plot. Nossos resultados evidenciaram que as populações de H. hydrochaeris encontram-se estruturadas entre as bacias do Orinoco, Paraguai e Alto Paraná, mas ainda mantêm polimorfismos ancestrais e possivelmente um fluxo de indivíduos entre as bacias do Paraguai e Alto Paraná. Enquanto a diversidade genética, tanto haplotípica quanto nucleotídica, nas bacias do Paraguai e Alto Paraná é elevada e as populações apresentam um crescimento demográfico relativamente recente, as populações da bacia do Orinoco apresentam baixa diversidade e um declínio populacional. Os padrões de estrutura e diversidade genética provavelmente são resultado da história evolutiva distinta das bacias hidrográficas e recentes oscilações demográficas sofridas pelas populações, respectivamente.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)132482/2020-7porUniversidade Federal de São CarlosCâmpus São CarlosPrograma de Pós-Graduação em Ecologia e Recursos Naturais - PPGERNUFSCarAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessRodentiaFluxo gênicoBarreiras geográficasHaplótipos D-loopGene flowGeographical barriersD-loop haplotypesCIENCIAS BIOLOGICAS::ECOLOGIADiversidade genética e estruturação populacional em capivaras, Hydrochoerus hydrochaeris (Linnaeus, 1766)Genetic diversity and population structure in capybaras, Hydrochoerus Hydrochaeris (Linnaeus, 1766)info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis60060021591697-d537-499e-8a95-46132103682ereponame:Repositório Institucional da UFSCARinstname:Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)instacron:UFSCARCC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/16198/4/license_rdfe39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34MD54ORIGINALDissertação Mariana Felix.pdfDissertação Mariana Felix.pdfDissertaçãoapplication/pdf1469308https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/16198/1/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20Mariana%20Felix.pdf09b12dc582e8687a2e05a9916a803f38MD51Carta comprovante.pdfCarta comprovante.pdfCarta comprovanteapplication/pdf126500https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/16198/3/Carta%20comprovante.pdf865841a4e7e464a8847b4552b285815fMD53TEXTDissertação Mariana Felix.pdf.txtDissertação Mariana Felix.pdf.txtExtracted texttext/plain73622https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/16198/5/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20Mariana%20Felix.pdf.txt97d79d5a5f3c8fc2ac85865200bf1983MD55Carta comprovante.pdf.txtCarta comprovante.pdf.txtExtracted texttext/plain1541https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/16198/7/Carta%20comprovante.pdf.txt4fe9a587f0e30632fe1d675eadbdf919MD57THUMBNAILDissertação Mariana Felix.pdf.jpgDissertação Mariana Felix.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg4072https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/16198/6/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20Mariana%20Felix.pdf.jpg4cb7db47b06b7934119524adfcee5245MD56Carta comprovante.pdf.jpgCarta comprovante.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg14274https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/16198/8/Carta%20comprovante.pdf.jpg5e3b607de4f0a9267c9e4cc359d187fbMD58ufscar/161982023-09-18 18:32:16.447oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/16198Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufscar.br/oai/requestopendoar:43222023-09-18T18:32:16Repositório Institucional da UFSCAR - Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)false |
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