Restauração de imagens de microscopia confocal utilizando técnicas POCS.
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2005 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFSCAR |
Texto Completo: | https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/617 |
Resumo: | Computer Optical Sectioning Microscopy (COSM) is widely used in morphological studies of cellular structures. COSM appears as a great challenge to digital image processing, because the large size of the three-dimensional files. The major problem in COSM is the blurring, which practically turn the image unusable without the use of digital image processing techniques. In this work, based on projection onto convex set were developed image processing techniques to restore COSM images, obtained by a confocal microscope. Although confocal microscope presents less blurring than the wide field microscope, it has a larger Poisson noise level. To reduce the Poisson noise the Anscombe Transform (AT) was used as well a pointwise Wiener Filter. The POCS methods were evaluated by means of simulations, using synthetic images (phantom), and the results was evaluated by ISNR (Improvement in Signal Noise Ratio) and UIQ (Universal Quality Index). The developed algorithms, using RAP (Row Action Projection) present satisfactory results, but the computational costs were expensive. |
id |
SCAR_98316597cf60386d944b6b039a36cc2e |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/617 |
network_acronym_str |
SCAR |
network_name_str |
Repositório Institucional da UFSCAR |
repository_id_str |
4322 |
spelling |
Stelzer, MuriloMascarenhas, Nelson Delfino d'Ávilahttp://lattes.cnpq.br/0557976975338451http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/controladorbuscacvfe4c7104-9252-4236-bfb0-2c9811ea18202016-06-02T19:06:26Z2007-08-212016-06-02T19:06:26Z2005-09-23STELZER, Murilo. Restauração de imagens de microscopia confocal utilizando técnicas POCS.. 2005. 83 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Exatas e da Terra) - Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2005.https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/617Computer Optical Sectioning Microscopy (COSM) is widely used in morphological studies of cellular structures. COSM appears as a great challenge to digital image processing, because the large size of the three-dimensional files. The major problem in COSM is the blurring, which practically turn the image unusable without the use of digital image processing techniques. In this work, based on projection onto convex set were developed image processing techniques to restore COSM images, obtained by a confocal microscope. Although confocal microscope presents less blurring than the wide field microscope, it has a larger Poisson noise level. To reduce the Poisson noise the Anscombe Transform (AT) was used as well a pointwise Wiener Filter. The POCS methods were evaluated by means of simulations, using synthetic images (phantom), and the results was evaluated by ISNR (Improvement in Signal Noise Ratio) and UIQ (Universal Quality Index). The developed algorithms, using RAP (Row Action Projection) present satisfactory results, but the computational costs were expensive.A técnica de Microscopia de Seccionamento Óptico por Computador (COSM) é muito utilizada no estudo morfológico de estruturas celulares. Essa técnica apresenta um grande desafio para a área de processamento de imagens, pois os arquivos tridimensionais possuem grande volume de dados para serem processados. O principal problema do COSM é o borramento existente, que praticamente inviabiliza a utilização dessa imagem sem o uso de técnicas de processamento de imagem. Nesse trabalho, foram desenvolvidas técnicas de projeção em conjuntos convexos POCS (Projection Onto Convex Sets) de processamento de imagens para a restauração das imagens de COSM, obtidas por microscópio confocal. Embora os microscópios confocais apresentem menor borramento da imagem que os microscópios wide field, ele possuem um nível maior de ruído Poisson. Para atenuar o ruído Poisson foi utilizada a Transformada de Anscombe (AT) e o filtro de Wiener pontual. Os métodos POCS, foram avaliados através de simulações utilizando imagens sintéticas (phantoms), e os resultados foram avaliados através do ISNR(Improvement Signal to Noise Ratio) e do UIQ(Universal Quality Index). Os algoritmos desenvolvidos, utilizando RAP (Row Action Projection) apresentaram bons resultados, mas o custo computacional para imagem tridimensional é bastante elevado.application/pdfporUniversidade Federal de São CarlosPrograma de Pós-Graduação em Ciência da Computação - PPGCCUFSCarBRProcessamento de imagensPOCSMicroscopia confocalCIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAORestauração de imagens de microscopia confocal utilizando técnicas POCS.info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis-1-1787a11d3-939f-471e-8064-0e22da9d895finfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFSCARinstname:Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)instacron:UFSCARORIGINALDissMS.pdfapplication/pdf2267976https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/617/1/DissMS.pdfdfd0f34aeb56928031a68733947fbf11MD51THUMBNAILDissMS.pdf.jpgDissMS.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg7130https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/617/2/DissMS.pdf.jpg7cfd5d7924d7b7c01aa6a499c370bff5MD52ufscar/6172023-09-18 18:30:37.946oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/617Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufscar.br/oai/requestopendoar:43222023-09-18T18:30:37Repositório Institucional da UFSCAR - Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)false |
dc.title.por.fl_str_mv |
Restauração de imagens de microscopia confocal utilizando técnicas POCS. |
title |
Restauração de imagens de microscopia confocal utilizando técnicas POCS. |
spellingShingle |
Restauração de imagens de microscopia confocal utilizando técnicas POCS. Stelzer, Murilo Processamento de imagens POCS Microscopia confocal CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO |
title_short |
Restauração de imagens de microscopia confocal utilizando técnicas POCS. |
title_full |
Restauração de imagens de microscopia confocal utilizando técnicas POCS. |
title_fullStr |
Restauração de imagens de microscopia confocal utilizando técnicas POCS. |
title_full_unstemmed |
Restauração de imagens de microscopia confocal utilizando técnicas POCS. |
title_sort |
Restauração de imagens de microscopia confocal utilizando técnicas POCS. |
author |
Stelzer, Murilo |
author_facet |
Stelzer, Murilo |
author_role |
author |
dc.contributor.authorlattes.por.fl_str_mv |
http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/controladorbuscacv |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Stelzer, Murilo |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Mascarenhas, Nelson Delfino d'Ávila |
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/0557976975338451 |
dc.contributor.authorID.fl_str_mv |
fe4c7104-9252-4236-bfb0-2c9811ea1820 |
contributor_str_mv |
Mascarenhas, Nelson Delfino d'Ávila |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Processamento de imagens POCS Microscopia confocal |
topic |
Processamento de imagens POCS Microscopia confocal CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO |
dc.subject.cnpq.fl_str_mv |
CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO |
description |
Computer Optical Sectioning Microscopy (COSM) is widely used in morphological studies of cellular structures. COSM appears as a great challenge to digital image processing, because the large size of the three-dimensional files. The major problem in COSM is the blurring, which practically turn the image unusable without the use of digital image processing techniques. In this work, based on projection onto convex set were developed image processing techniques to restore COSM images, obtained by a confocal microscope. Although confocal microscope presents less blurring than the wide field microscope, it has a larger Poisson noise level. To reduce the Poisson noise the Anscombe Transform (AT) was used as well a pointwise Wiener Filter. The POCS methods were evaluated by means of simulations, using synthetic images (phantom), and the results was evaluated by ISNR (Improvement in Signal Noise Ratio) and UIQ (Universal Quality Index). The developed algorithms, using RAP (Row Action Projection) present satisfactory results, but the computational costs were expensive. |
publishDate |
2005 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2005-09-23 |
dc.date.available.fl_str_mv |
2007-08-21 2016-06-02T19:06:26Z |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2016-06-02T19:06:26Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.citation.fl_str_mv |
STELZER, Murilo. Restauração de imagens de microscopia confocal utilizando técnicas POCS.. 2005. 83 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Exatas e da Terra) - Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2005. |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/617 |
identifier_str_mv |
STELZER, Murilo. Restauração de imagens de microscopia confocal utilizando técnicas POCS.. 2005. 83 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Exatas e da Terra) - Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2005. |
url |
https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/617 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.relation.confidence.fl_str_mv |
-1 -1 |
dc.relation.authority.fl_str_mv |
787a11d3-939f-471e-8064-0e22da9d895f |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de São Carlos |
dc.publisher.program.fl_str_mv |
Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação - PPGCC |
dc.publisher.initials.fl_str_mv |
UFSCar |
dc.publisher.country.fl_str_mv |
BR |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de São Carlos |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da UFSCAR instname:Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR) instacron:UFSCAR |
instname_str |
Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR) |
instacron_str |
UFSCAR |
institution |
UFSCAR |
reponame_str |
Repositório Institucional da UFSCAR |
collection |
Repositório Institucional da UFSCAR |
bitstream.url.fl_str_mv |
https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/617/1/DissMS.pdf https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/617/2/DissMS.pdf.jpg |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
dfd0f34aeb56928031a68733947fbf11 7cfd5d7924d7b7c01aa6a499c370bff5 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UFSCAR - Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR) |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1802136245802893312 |