Análise de relações genéticas entre espécies silvestres de Arachis, por meio de marcadores microssatélites fluorescentes
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Data de Publicação: | 2008 |
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Título da fonte: | Repositório Institucional da UCB |
Texto Completo: | https://repositorio.ucb.br:9443/jspui/handle/123456789/12283 |
Resumo: | O gênero Arachis é dividido em nove seções taxonômicas, sendo a seção Arachis o maior grupo e o de maior interesse, por incluir o amendoim cultivado (A. hypogaea) e seus prováveis progenitores. A análise da variabilidade genética existente nas espécies silvestres de Arachis é fundamental para um melhor entendimento sobre as relações genéticas entre os acessos e espécies encontrados em coleções de germoplasma; para conservação e um melhor gerenciamento desses bancos; e para possibilitar seu uso em programas de melhoramento genético. O uso de marcadores moleculares para análises de variabilidade genética entre indivíduos e populações tem-se mostrado de grande utilidade. Técnicas de genotipagem estão sendo cada vez mais otimizadas, informativas, automatizadas e com custo eficaz. Logo, o uso de marcadores microssatélites, juntamente com a detecção semi-automática dos fragmentos por fluorescência, tem-se mostrado eficaz, por cumprir muitos desses critérios. O principal objetivo deste trabalho foi, portanto, avaliar a variabilidade genética de espécies da seção Arachis, utilizando marcadores microssatélites marcados com fluorescência. Foram amplificados através de PCR, 24 locos de 185 acessos, incluindo 29 das 31 espécies descritas da seção Arachis. As distâncias genéticas entre cada par de acessos foram calculadas a partir da planilha com os genótipos (comprimento dos alelos em pares de bases) de cada acesso, utilizando o coeficiente de Rogers modificado (1978) e o dendrograma foi gerado pelo método UPGMA. As análises mostraram, em geral, o agrupamento de acessos com o mesmo tipo de genoma. Os acessos de uma mesma espécie tenderam a se agrupar e alguns acessos de A. stenosperma, A. kempff-mercadoi, A. batizocoi e A. cruziana não puderam ser diferenciados, apresentando distância igual a zero. Os resultados mostraram, ainda, que os acessos de A. monticola e de A. hypogaea ficaram localizados em um mesmo grupo, de acordo com diversos estudos, que têm mostrado a alta similaridade genética entre as duas espécies. Os marcadores microssatélites utilizados, que foram desenvolvidos para A. hypogaea ou A. stenosperma, mostraram uma alta transferibilidade entre as demais espécies da seção Arachis, o que possibilita seu uso em diversos estudos, incluindo mapeamento comparativo. O valor médio de PIC encontrado foi igual a 0,7637, considerado um valor alto; e a heterozigosidade observada foi baixa (0,1354), sugerindo que a maioria das espécies aqui analisadas são autógamas. Por apresentarem resistências a diferentes estresses bióticos e abióticos, espécies silvestres de Arachis constituem uma importante fonte de genes úteis para o amendoim. Dessa forma, o conhecimento da extensão e distribuição da variação genética disponível no amendoim cultivado e seus parentes silvestres, serão de grande utilidade para seu uso eficiente nos programas de melhoramento genético, e gerenciamento e manutenção de bancos de germoplasma, visando, principalmente, a melhores resultados na agricultura. |
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Moretzsohn, Márcio de CarvalhoGouvea, Ediene Galdino de2019-09-20T20:26:41Z2019-07-252019-09-20T20:26:41Z2008-11GOUVEA, Ediene Galdino de. Análise de relações genéticas entre espécies silvestres de Arachis, por meio de marcadores microssatélites fluorescentes. 2008. 66 f. Monografia (Graduação em Ciências Biológicas) – Universidade Católica de Brasília, Brasília, 2008.https://repositorio.ucb.br:9443/jspui/handle/123456789/12283O gênero Arachis é dividido em nove seções taxonômicas, sendo a seção Arachis o maior grupo e o de maior interesse, por incluir o amendoim cultivado (A. hypogaea) e seus prováveis progenitores. A análise da variabilidade genética existente nas espécies silvestres de Arachis é fundamental para um melhor entendimento sobre as relações genéticas entre os acessos e espécies encontrados em coleções de germoplasma; para conservação e um melhor gerenciamento desses bancos; e para possibilitar seu uso em programas de melhoramento genético. O uso de marcadores moleculares para análises de variabilidade genética entre indivíduos e populações tem-se mostrado de grande utilidade. Técnicas de genotipagem estão sendo cada vez mais otimizadas, informativas, automatizadas e com custo eficaz. Logo, o uso de marcadores microssatélites, juntamente com a detecção semi-automática dos fragmentos por fluorescência, tem-se mostrado eficaz, por cumprir muitos desses critérios. O principal objetivo deste trabalho foi, portanto, avaliar a variabilidade genética de espécies da seção Arachis, utilizando marcadores microssatélites marcados com fluorescência. Foram amplificados através de PCR, 24 locos de 185 acessos, incluindo 29 das 31 espécies descritas da seção Arachis. As distâncias genéticas entre cada par de acessos foram calculadas a partir da planilha com os genótipos (comprimento dos alelos em pares de bases) de cada acesso, utilizando o coeficiente de Rogers modificado (1978) e o dendrograma foi gerado pelo método UPGMA. As análises mostraram, em geral, o agrupamento de acessos com o mesmo tipo de genoma. Os acessos de uma mesma espécie tenderam a se agrupar e alguns acessos de A. stenosperma, A. kempff-mercadoi, A. batizocoi e A. cruziana não puderam ser diferenciados, apresentando distância igual a zero. Os resultados mostraram, ainda, que os acessos de A. monticola e de A. hypogaea ficaram localizados em um mesmo grupo, de acordo com diversos estudos, que têm mostrado a alta similaridade genética entre as duas espécies. Os marcadores microssatélites utilizados, que foram desenvolvidos para A. hypogaea ou A. stenosperma, mostraram uma alta transferibilidade entre as demais espécies da seção Arachis, o que possibilita seu uso em diversos estudos, incluindo mapeamento comparativo. O valor médio de PIC encontrado foi igual a 0,7637, considerado um valor alto; e a heterozigosidade observada foi baixa (0,1354), sugerindo que a maioria das espécies aqui analisadas são autógamas. Por apresentarem resistências a diferentes estresses bióticos e abióticos, espécies silvestres de Arachis constituem uma importante fonte de genes úteis para o amendoim. Dessa forma, o conhecimento da extensão e distribuição da variação genética disponível no amendoim cultivado e seus parentes silvestres, serão de grande utilidade para seu uso eficiente nos programas de melhoramento genético, e gerenciamento e manutenção de bancos de germoplasma, visando, principalmente, a melhores resultados na agricultura.The genus Arachis is divided into nine sections, being the Arachis section the largest and the most important group, because it includes the cultivated peanut (A. hypogaea) and its probable parents. Some questions about the diversity and relationships of Arachis section species are still controversial. The analysis of the genetic variability found in Arachis wild species is essential for a better understanding of the genetic relationships among species and accessions of germplasm collections; for conservation and better management of these banks, and to enable their use in breeding programs. Molecular markers are the ideal tools for the analysis of genetic variability between individuals and populations. Genotyping techniques have been increasingly optimized, informative, automated and cost effective. Therefore, the use of microsatellite markers, along with semi-automatic detection of the fragments by fluorescence, has proved to be effective for meeting these criteria. The main objective of this work was, therefore, to assess the genetic variability of species of Arachis section, using fluorescent-labeled microsatellite markers. Twenty-four loci were amplified in 185 accessions, including 29 of the 31 species described in Arachis section. The genetic distances between each pair of accessions were calculated from the spreadsheet with the genotypes (length of alleles in base pairs) of each accession, using the coefficient of Rogers (1978), and a dendrogram was generated by UPGMA. The analysis showed, in general, the grouping of accessions with the same type of genome. The accessions of the same species tended to group together, and some A. stenosperma, A. kempff-mercadoi, A. batizocoi and A. cruziana accessions could not be distinguished, showing distance equals to zero. The results also showed that accessions of A. monticola and A. hypogaea were located in the same group, in agreement with several studies that have shown the high genetic similarity between the two species. The microsatellite markers used, which were developed for A. hypogaea and A. stenosperma, showed high transferability between species of Arachis section, which allows their use in several studies, including comparative mapping. The average PIC value found was equals 0.7637, considered a high value, and the observed heterozygosity was low (0.1354), suggesting that most of the here analyzed species are autogamous. For presenting resistances to different biotic and abiotic stresses, wild species of Arachis are an important source of useful genes for peanut. Thus, knowledge of the extent and distribution of genetic variation available in peanut crop and its wild relatives will be useful for their efficient use in breeding program, and management and conservation of germplasm banks, aimed mainly at better results in agriculture.Submitted by Maria José Martins (mmartins@ucb.br) on 2019-07-25T14:08:43Z No. of bitstreams: 1 EdileneGaldinodeGouveaTCCGraduacao2008.pdf: 618556 bytes, checksum: 8db9d9ff67ab2f29f809af6d3afc10a6 (MD5)Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2019-09-20T20:26:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 EdileneGaldinodeGouveaTCCGraduacao2008.pdf: 618556 bytes, checksum: 8db9d9ff67ab2f29f809af6d3afc10a6 (MD5)Made available in DSpace on 2019-09-20T20:26:41Z (GMT). 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O principal objetivo deste trabalho foi, portanto, avaliar a variabilidade genética de espécies da seção Arachis, utilizando marcadores microssatélites marcados com fluorescência. Foram amplificados através de PCR, 24 locos de 185 acessos, incluindo 29 das 31 espécies descritas da seção Arachis. As distâncias genéticas entre cada par de acessos foram calculadas a partir da planilha com os genótipos (comprimento dos alelos em pares de bases) de cada acesso, utilizando o coeficiente de Rogers modificado (1978) e o dendrograma foi gerado pelo método UPGMA. As análises mostraram, em geral, o agrupamento de acessos com o mesmo tipo de genoma. Os acessos de uma mesma espécie tenderam a se agrupar e alguns acessos de A. stenosperma, A. kempff-mercadoi, A. batizocoi e A. cruziana não puderam ser diferenciados, apresentando distância igual a zero. 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Dessa forma, o conhecimento da extensão e distribuição da variação genética disponível no amendoim cultivado e seus parentes silvestres, serão de grande utilidade para seu uso eficiente nos programas de melhoramento genético, e gerenciamento e manutenção de bancos de germoplasma, visando, principalmente, a melhores resultados na agricultura. The genus Arachis is divided into nine sections, being the Arachis section the largest and the most important group, because it includes the cultivated peanut (A. hypogaea) and its probable parents. Some questions about the diversity and relationships of Arachis section species are still controversial. The analysis of the genetic variability found in Arachis wild species is essential for a better understanding of the genetic relationships among species and accessions of germplasm collections; for conservation and better management of these banks, and to enable their use in breeding programs. 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