Transferência da aplicação DIS2PPI para a plataforma web

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Paris, André Pretto de
Data de Publicação: 2014
Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UCS
Texto Completo: https://repositorio.ucs.br/handle/11338/1266
Resumo: O estudo do DNA humano se tornou cada vez mais complexo ao longo dos anos, e a tecnologia ajuda a compreender e a realizar as pesquisas dos profissionais da área de biologia. A bioinformática, uma união entre a biologia e a ciência da computação, utiliza-se de programas de computador para fazer inferências a partir de dados obtidos da biologia molecular, fazendo conexões entre eles e derivando predições importantes e relevantes. A biologia de sistemas, uma subárea da bioinformática, auxilia no entendimento das interações entre as populações de moléculas, células e outros organismos. Para facilitar as análises realizadas pelos biólogos, os experimentos podem ser organizados usando-se workflows ou pipelines. Um workflow científico é um experimento realizado através de uma sequência determinada de etapas. As etapas caracterizam um fluxo de execução com o propósito de integrar e processar dados para um fim específico. Para tal, foi criada a ferramenta Dis2PPI, um workflow científico que possibilitou integrar o banco de dados de doenças monogênicas OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) com o programa de metabuscas STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) com o objetivo de criar uma rede de interação proteína-proteína associada com doenças de natureza monogênica. A ferramenta foi desenvolvida na plataforma Java como uma aplicação desktop, onde os usuários necessitam realizar o download da mesma para poder utilizá-la. Seguindo a metodologia de evolução de software de Sommerville e utilizando as tecnologias Java Server Faces, Spring, PrimeFaces e o servidor de aplicação Glassfish, a aplicação foi transferida para a plataforma web seguindo os padrões de arquitetura Model-View-Controller com o objetivo de gerenciar melhor o acesso à ferramenta e facilitar a utilização da mesma por seus usuários, além de melhorar os recursos oferecidos pela ferramenta (sic).
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Um workflow científico é um experimento realizado através de uma sequência determinada de etapas. As etapas caracterizam um fluxo de execução com o propósito de integrar e processar dados para um fim específico. Para tal, foi criada a ferramenta Dis2PPI, um workflow científico que possibilitou integrar o banco de dados de doenças monogênicas OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) com o programa de metabuscas STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) com o objetivo de criar uma rede de interação proteína-proteína associada com doenças de natureza monogênica. A ferramenta foi desenvolvida na plataforma Java como uma aplicação desktop, onde os usuários necessitam realizar o download da mesma para poder utilizá-la. Seguindo a metodologia de evolução de software de Sommerville e utilizando as tecnologias Java Server Faces, Spring, PrimeFaces e o servidor de aplicação Glassfish, a aplicação foi transferida para a plataforma web seguindo os padrões de arquitetura Model-View-Controller com o objetivo de gerenciar melhor o acesso à ferramenta e facilitar a utilização da mesma por seus usuários, além de melhorar os recursos oferecidos pela ferramenta (sic).Banco de dados - GerênciaSoftware - DesenvolvimentoBioinformáticaFluxo de trabalhoTransferência da aplicação DIS2PPI para a plataforma webinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisporreponame:Repositório Institucional da UCSinstname:Universidade de Caxias do Sul (UCS)instacron:UCSinfo:eu-repo/semantics/openAccessUniversidade de Caxias do SulBacharelado em Sistemas de InformaçãoTEXTTCC Andre Pretto de Paris.pdf.txtTCC Andre Pretto de Paris.pdf.txtExtracted texttext/plain92680https://repositorio.ucs.br/xmlui/bitstream/11338/1266/3/TCC%20Andre%20Pretto%20de%20Paris.pdf.txt914637494fc6e821aa750c75b666c39cMD53THUMBNAILTCC Andre Pretto de Paris.pdf.jpgTCC Andre Pretto de Paris.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1169https://repositorio.ucs.br/xmlui/bitstream/11338/1266/4/TCC%20Andre%20Pretto%20de%20Paris.pdf.jpg1523df06329369bacf25da9b3ac8a07fMD54ORIGINALTCC Andre Pretto de Paris.pdfTCC Andre Pretto de Paris.pdfapplication/pdf3446213https://repositorio.ucs.br/xmlui/bitstream/11338/1266/1/TCC%20Andre%20Pretto%20de%20Paris.pdf36ece98400e0b5c0af8c3a8b6f5f72eaMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://repositorio.ucs.br/xmlui/bitstream/11338/1266/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD5211338/12662018-09-28 16:40:45.179oai:repositorio.ucs.br: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Repositório de Publicaçõeshttp://repositorio.ucs.br/oai/requestopendoar:2024-05-06T09:59:49.949151Repositório Institucional da UCS - Universidade de Caxias do Sul (UCS)false
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