Caracterização estrutural, diversidade genética e perfil transcricional de candidatos a efetores de Phakopsora pachyrhizi

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Yokoyama, Alessandra
Data de Publicação: 2024
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UEL
Texto Completo: https://repositorio.uel.br/handle/123456789/11219
Resumo: Resumo: O fungo Phakopsora pachyhrizi, pertencente a ordem Pucciniales, é um parasita biotrófico obrigatório, ou seja, depende do hospedeiro para seu desenvolvimento e absorção de nutrientes Durante a interação com a planta hospedeira, o patógeno secreta proteínas conhecidas como efetores, podendo atuar como fatores de virulência ou avirulencia (Avr) A interação entre os produtos dos genes R- Avr leva a uma corrida evolutiva entre o patógeno e seu hospedeiro De Carvalho et al (216), em busca de candidatos a efetores de P pachyrhizi, realizaram um estudo do transcriptoma in planta da interação entre planta e patógeno, baseada na técnica de RNA-seq obtido de amostras de RNA pela técnica de microdissecção a laser da lesão Análises in silico possibilitou a identificação de 851 proteínas potencialmente secretadas, que foram distribuídas em famílias de genes com características de efetores putativos De 33 famílias, 3 destacaram-se entre as famílias Neste trabalho, genes candidatos a efetores de P pachyrhzi, pertencentes à pelos menos 2 famílias de Pucciniales descritas por De Carvalho et al, 216, foram caracterizados molecularmente, tanto a nível estrutural e perfil de expressão, quanto sua variabilidade ao nível de polimorfismo de DNA, utilizando diferentes haplótipos com base na região ITS (Darben, 213), compostos de isolados previamente caracterizados, oriundos de diferentes anos e regiões brasileiras A caracterização estrutural dos candidatos a efetores revelou a conservação entre os diferentes isolados e membros de cada família de candidatos a efetores avaliados Nas análises filogenéticas dos isolados para os genes candidatos efetores, revelou agrupamentos similares aos descritos por De Carvalho et al (216) A comparação entre os níveis substituições sinônimas e não-sinôminas nas sequencias codificadoras dos candidatos a efetores revelou que os candidatos 2238 e 5849, estão sob seleção diversificadora, sendo que a maioria dos candidatos avaliados neste estudo estão sob seleção purificadora, inferindo sua possível função conservada destes genes
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Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Exatas, Programa de Pós-Graduação em BiotecnologiaAbstract: The Phakopsora pachyhrizi belonging to Pucciniales order, is an obligate biotrophic parasite, or depends upon the host to their development and nutrient absorption During the interaction with the host plant, the pathogen secretes proteins known as effectors, may act as virulence factors or avirulence (Avr) The interaction between the products of R-Avr genes leads to an evolutionary race between the pathogen and its host De Carvalho et al (216) in search of candidate effectors of P pachyrhizi, conducted a study of the transcriptome in plant pathogen interaction between the plant and, based on the RNA-seq technique of RNA samples obtained by laser capture microdissection (LCM) In silico analysis enabled the identification of 851 potentially secreted proteins, which were distributed in families of genes with characteristics of effectors putative 33 families, three stood out among families In this work, the candidate effector genes of P pachyrhzi belonging to at least two families Pucciniales described by De Carvalho et al, 216 have been molecularly characterized, both at a structural level and expression profile, as its variability level of DNA polymorphism using different haplotypes based on ITS region (Darben, 213), composed of previously characterized isolates, from different years and regions The structural characterization of candidate effectors revealed conservation among different isolates and members of each family of candidates evaluated effectors In the phylogenetic analysis of the isolates for gene effectors candidates, revealed similar groups to those described by De Carvalho et al (216) The comparison between the levels synonymous substitutions and non-synonymous in the coding sequences of candidate effectors showed that candidates in 2238 and 5849, are under diversifying selection positive, and most of the evaluated candidates in this study are under purifying selection, inferring a possible conserved function these genesMarcelino-Guimarães, Francismar Corrêa [Orientador]Carvalho, Mayra da Cruz Costa Gallo deDarben, Luana MiekoYokoyama, Alessandra2024-05-01T13:11:25Z2024-05-01T13:11:25Z2016.0030.08.2016info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/11219porMestradoBiotecnologiaCentro de Ciências ExatasPrograma de Pós-Graduação em BiotecnologiaLondrinareponame:Repositório Institucional da UELinstname:Universidade Estadual de Londrina (UEL)instacron:UELinfo:eu-repo/semantics/openAccess2024-07-12T04:19:46Zoai:repositorio.uel.br:123456789/11219Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.bibliotecadigital.uel.br/PUBhttp://www.bibliotecadigital.uel.br/OAI/oai2.phpbcuel@uel.br||opendoar:2024-07-12T04:19:46Repositório Institucional da UEL - 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