Identificação de regiões promotoras de genes expressos em soja sob déficit hídrico
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2024 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UEL |
Texto Completo: | https://repositorio.uel.br/handle/123456789/15223 |
Resumo: | Resumo: A regulação da transcrição gênica é complexa, envolvendo vários mecanismos, desde os elementos presentes no core promoter, elementos proximais e distais até as marcas epigenéticas e a regulação baseada em arranjos da cromatina Os avanços nas tecnologias de transcriptomas têm permitido a análise em larga escala de transcritos e o estudo de suas regiões promotoras, e seus componentes de regulação para confirmação de sua funcionalidade como sequências reguladoras Estudos de promotores responsáveis pela regulação gênica em condições específicas fornecem informações importantes sobre a regulação de genes e podem aumentar as opções de promotores para uso em engenharia genética vegetal Neste contexto, o objetivo do presente estudo foi caracterizar as regiões promotoras de genes diferencialmente expressos em plantas de soja sob condições de déficit hídrico A cultivar brasileira de soja BR 16 foi avaliada em duas condições de déficit hídrico: progressivo (oito dias) e de curto período (25 a 15 min) Os transcritos diferencialmente expressos identificados nos tratamentos de déficit hídrico foram comparados e 134 transcritos com mesma regulação foram encontrados em comum A análise de 1kb a jusante da região promotora desses transcritos revelou a presença de 85 cis elementos comumente encontrados em regiões promotoras de plantas, sendo que 35 estavam presentes em 5% dos TDEs (Transcritos Diferencialmente Expressos) Entre esses cis elementos encontram-se TATA Box, CCAAT Box e GC Box e INR necessários para o acoplamento da maquinaria de transcrição e cis elementos especificamente induzidos por fatores abióticos tais como ABRE, DREB, HEAT e SALT Todos os modelos de promotores apresentaram combinações binárias dos cis elementos GTBX e AHBP podendo haver uma relação entre esse modelo e a regulação transcricional em condição de déficit hídrico |
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Identificação de regiões promotoras de genes expressos em soja sob déficit hídricoSojaGenética molecularSojaCondições hídricasRegiões promotoras (Genética)SoybeanSoybeanPromoters (Genetics)Plant genetic engineeringWater requirementsMolecular geneticsResumo: A regulação da transcrição gênica é complexa, envolvendo vários mecanismos, desde os elementos presentes no core promoter, elementos proximais e distais até as marcas epigenéticas e a regulação baseada em arranjos da cromatina Os avanços nas tecnologias de transcriptomas têm permitido a análise em larga escala de transcritos e o estudo de suas regiões promotoras, e seus componentes de regulação para confirmação de sua funcionalidade como sequências reguladoras Estudos de promotores responsáveis pela regulação gênica em condições específicas fornecem informações importantes sobre a regulação de genes e podem aumentar as opções de promotores para uso em engenharia genética vegetal Neste contexto, o objetivo do presente estudo foi caracterizar as regiões promotoras de genes diferencialmente expressos em plantas de soja sob condições de déficit hídrico A cultivar brasileira de soja BR 16 foi avaliada em duas condições de déficit hídrico: progressivo (oito dias) e de curto período (25 a 15 min) Os transcritos diferencialmente expressos identificados nos tratamentos de déficit hídrico foram comparados e 134 transcritos com mesma regulação foram encontrados em comum A análise de 1kb a jusante da região promotora desses transcritos revelou a presença de 85 cis elementos comumente encontrados em regiões promotoras de plantas, sendo que 35 estavam presentes em 5% dos TDEs (Transcritos Diferencialmente Expressos) Entre esses cis elementos encontram-se TATA Box, CCAAT Box e GC Box e INR necessários para o acoplamento da maquinaria de transcrição e cis elementos especificamente induzidos por fatores abióticos tais como ABRE, DREB, HEAT e SALT Todos os modelos de promotores apresentaram combinações binárias dos cis elementos GTBX e AHBP podendo haver uma relação entre esse modelo e a regulação transcricional em condição de déficit hídricoDissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularAbstract: Transcription regulation is complex, envolving several mechanisms, like elements in the core promoter, distal and proximal elements, to epigenetic traits and also the regulation based on chromatin rearrangements Advances in transcriptome technology have allowed the analysis in large-scale of transcripts, the study of their promoter regions and their regulation components to confirm its functionality as regulatory sequences Studies of promoters responsible for gene regulation under specific conditions provide important information on the regulation of genes and may increase the options of promoters to be used in plant genetic engineering In this context, the objective of the present study was to characterize the promoter region of transcripts differentially expressed (TDEs) in soybean plants under water deficit conditions Brazilian soybean cultivar BR 16 was evaluated under two water deficits: progressive (8 days) and short period (25 to 15 min) The transcripts differentially expressed identified in the treatments were compared and 134 transcripts with the same regulation were identified in common The analysis of 1kb upstream of the promoter region in these transcripts revealed the presence of 85 cis elements generally found in the promoter region of plants, 35 were present in at least 5% of TDEs Among these cis elements were TATA Box, CCAAT Box, GC Box and INR required for transcription machinery coupling, and cis elements specific induced by abiotic factors such as ABRE, DREB, HEAT and SALT All promoter models presented binary combinations with GTBX and AHBP cis elements, which may have a relationship with the transcriptional regulation in water stress conditionsNepomuceno, Alexandre Lima [Orientador]Molinari, Hugo Bruno CorreaDomingues, Douglas SilvaFuganti-Pagliarini, Renata [Coorientadora]Marin, Silvana Regina Rockenbach2024-05-01T14:46:11Z2024-05-01T14:46:11Z2014.0026.02.2014info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/15223porMestradoGenética e Biologia MolecularCentro de Ciências BiológicasPrograma de Pós-graduação em Genética e Biologia MolecularEMBRAPALondrinareponame:Repositório Institucional da UELinstname:Universidade Estadual de Londrina (UEL)instacron:UELinfo:eu-repo/semantics/openAccess2024-07-12T04:20:07Zoai:repositorio.uel.br:123456789/15223Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.bibliotecadigital.uel.br/PUBhttp://www.bibliotecadigital.uel.br/OAI/oai2.phpbcuel@uel.br||opendoar:2024-07-12T04:20:07Repositório Institucional da UEL - Universidade Estadual de Londrina (UEL)false |
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