Análise em larga escala de pequenos RNAs derivados de elementos transponíveis em genomas vegetais

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Lorenzetti, Alan Péricles Rodrigues
Data de Publicação: 2024
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UEL
Texto Completo: https://repositorio.uel.br/handle/123456789/15712
Resumo: Resumo: Os elementos transponíveis (TEs) constituem uma grande parte dos genomas eucariotos e desempenham grande importância em sua evolução Esse componente do genoma pode atuar de diversas maneiras, seja inativando genes, alterando a expressão deles, aumentando seu número de cópias, ou até mesmo criando novas sequências nucleotídicas capazes de influenciar no funcionamento do organismo Nesse último caso, sabe-se que os TEs podem originar loci responsáveis pela transcrição de RNAs não codificantes funcionais (ncRNAs), como microRNAs (miRNAs), os quais podem atuar na regulação pós-transcricional de genes Com base nessas informações, os objetivos da primeira parte do trabalho foram a anotação de TEs de 15 genomas vegetais utilizando métodos de busca baseados em similaridade, e a procura por interseções posicionais com precursores de miRNAs anotados Os resultados obtidos permitiram a criação do Plant Transposable Element-related microRNAs Database (PlanTE-MIR DB, disponível em <http://bioinfo-toolcputfpredubr/plantemirdb/>), que agrega 152 TE-MIRs para 1 espécies vegetais e facilita o acesso às anotações por meio de uma interface amigável, disponibilizando múltiplos formatos de arquivo Boa parte desses loci produtores de pequenos ncRNAs estão relacionados a um tipo específico de TEs: os elementos transponíveis de repetição invertida em miniatura (MITEs, do inglês Miniature Inverted-Repeat Transposable Elements) Visando explorar em maior profundidade essa relação, o objetivo da segunda parte do trabalho foi realizar a busca por pequenos RNAs relacionados aos MITEs no genoma de Coffea canephora A análise revelou que aproximadamente 1,5% do genoma da espécie é composto por MITEs e que a maior parte das inserções está localizada em regiões ricas em genes Além disso, foram encontradas e classificadas 44 famílias relacionadas a pequenos RNAs, sendo pelo menos uma delas representada em ESTs A maior parte dos pequenos RNAs associados a essas famílias são de 24 nt, sugerindo a participação desses elementos na biogênese de siRNAs Esses dados trazem importantes contribuições para a compreensão da evolução genômica em plantas, fornecendo informações sobre a inter-relação entre os seus diversos componentes
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Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularAbstract: Transposable elements (TEs) comprise a major fraction of eukaryotic genomes and they are known to drive their evolution by several mechanisms They can act inactivating genes, changing the expression levels, raising their copy number, or even creating new nucleotide sequences In this context, sometimes they are responsible for shaping new functional non-coding RNA loci (eg microRNAs), which may participate in post-transcriptional gene regulation process The first part of this work had as main objective the similarity search-based TE annotation for 15 plant genomes in order to find positional intersections with annotated miRNAs We assembled these findings in the Plant Transposable Elementrelated miRNAs Database (PlanTE-MIR DB), hosted at <http://bioinfo-toolcputfpr edubr/plantemirdb/> This database has 152 TE-MIR annotations for 1 plant species in a user-friendly web interface, providing annotation data using several file formats Many ncRNA loci producing small RNAs are related to a specific TE type: the Miniature Inverted-Repeat Transposable Elements (MITEs) Considering this, the second part of this work had as main objective the investigation of MITE-associated small RNAs in the Coffea canephora genome We observed that 1,5% of this genome is composed by MITEs We also found genome-wide association between the MITE and exon densities Moreover, 44 MITE families were associated to small RNAs, and at least one family is represented in EST contig data Most small RNAs are 24 nt, suggesting participation of MITEs in the siRNA biogenesis pathway These data bring important insights for the comprehension of plant genomes evolution, providing information about the relationship of their different componentsDomingues, Douglas Silva [Orientador]Paschoal, Alexandre Rossi [Coorientador]Lorenzetti, Alan Péricles Rodrigues2024-05-01T14:54:48Z2024-05-01T14:54:48Z2016.0026.03.2016info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://repositorio.uel.br/handle/123456789/15712porMestradoGenética e Biologia MolecularCentro de Ciências BiológicasPrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularLondrinareponame:Repositório Institucional da UELinstname:Universidade Estadual de Londrina (UEL)instacron:UELinfo:eu-repo/semantics/openAccess2024-07-12T04:19:35Zoai:repositorio.uel.br:123456789/15712Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.bibliotecadigital.uel.br/PUBhttp://www.bibliotecadigital.uel.br/OAI/oai2.phpbcuel@uel.br||opendoar:2024-07-12T04:19:35Repositório Institucional da UEL - 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