Estudo de associação genômica ampla (GWAS) para características de escore visual de conformação, precocidade e musculosidade na raça nelore

• Autor(a) principal: Machado, Pamela Carla
• Data de Publicação: 2021
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPG
• Texto Completo: http://tede2.uepg.br/jspui/handle/prefix/3553
• topic: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA; bovinos zebuínos; desempenho; ssGWAS; genes candidatos; zebu cattle; performance; ssGWAS; candidate genes

Apesar da grande expressividade do Brasil frente à pecuária de corte, o rebanho bovino brasileiro, em sua maioria é composto por animais zebuínos, que quando comparados a raças taurinas apresentam desempenho e qualidade de carcaça inferior. Características avaliadas por escores corporais como: conformação (CONF), precocidade (PREC) e musculosidade (MUSC) são importantes parâmetros para identificação de animais com morfologia produtiva superior. Estudos de associação genômica ampla (GWAS) tencionam a compreensão da estrutura genética por meio da expressão de genes que influenciam determinada características produtivas. O objetivo do trabalho foi implementar GWAS para as características mensuradas por escores visuais CONF, PREC e MUSC para bovinos da raça Nelore, identificando regiões genômicas de maiores efeitos, genes candidatos, além de detectar processos fisiológicos envoltos na variabilidade fenotípica de tais características. As informações de fenótipos foram coletadas em 20.807 animais, cujo arquivo de pedigree totalizava 39.508 indivíduos. Já as informações de DNA foram extraídas de bovinos genotipados por meio do painel GGP-indicus 35K. As análises foram realizadas pelo método de single-step GWAS (ssGWAS) através dos programas da família BLUPF90, que aferiram as variações para janelas genômicas contendo 10 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) contínuos. Os genes candidatos foram identificados pelo banco de dados ENSEMBL, considerando aqueles cujas regiões apresentaram valores iguais ou superiores a 1% da variância genética aditiva total. As análises subsequentes foram as de ontologia genética (GO, PANTHER) e de redes de conexões de genes (REVIGO), com o propósito de detectar sob quais vias biológicas os genes atuavam, e o efeito associado sobre as características citadas. Para CONF foram identificadas 27 regiões genômicas presentes em 7 cromossomos diferentes, abrigando 27 genes candidatos. Um total de 26 regiões genômicas dispersas em 4 cromossomos, expondo 26 genes candidatos foram encontradas para PREC. Relativo a MUSC, 19 regiões cromossômicas associadas a 26 genes, localizados em 5 cromossomos diferentes foram observados. Os resultados das análises da via ontológica revelaram genes influentes para CONF, incluindo ALDH9A1, RXRG, RAB2A e CYP7A1, que estão envolvidos no metabolismo lipídico. Os principais genes identificados para PREC foram o ELOVL5, PID1, DNER, TRIP12 e PLCB1, envolidos na síntese de ácidos graxos de cadeia longa, regulação dos níveis de colesterol, metabolismo lipídico e diferenciação muscular. Para MUSC, os genes de maior destaque em vias biológicas que resultam na expressão do desenvolvimento muscular foram o SEMA6A, TIAM2, UNC5A e UIMC1. Os genes candidatos relatados neste estudo podem ser futuramente utilizados em programas de melhoramento genético visando o aumento do ganho genético de características de crescimento em bovinos de corte.