Caracterização molecular e análise cromossômica comparativa de snRNAs em espécies de Ancistrus (Siluriformes:Loricariidae).

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Schott, Stephane Carolenn Quadros
Data de Publicação: 2021
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPG
Texto Completo: http://tede2.uepg.br/jspui/handle/prefix/3614
Resumo: Conhecidos popularmente como “cascudos”, os peixes da família Loricariidae apresentam o corpo recoberto de placas ossificadas dispostas em séries, além de boca sugadora na posição ventral. Apresentando uma taxonomia ainda controversa e em constante revisão, esta família é subdividida em seis subfamílias (Lithogeneinae, Delturinae, Rhinelepinae, Loricariinae, Hypoptopomatinae e Hypostominae), onde estão presentes espécies com ampla plasticidade dos números diploides (2n) e de fórmulas cariotípicas. Destoando do 2n = 52 cromossomos, considerado basal em Ancistrini, o gênero Ancistrus (Hypostominae) apresenta uma redução do 2n na maioria das espécies, resultado principalmente de fusões cêntricas, ou Robertsonianas - Rb, além de inversões, transposições e translocações que contribuíram para a variação da morfologia dos cromossomos. Essas alterações geralmente ocorrem associadas às quebras do DNA em locais altamente repetitivos e instáveis, os “pontos de quebras evolutivas”, considerados hotspots para rearranjos cromossômicos. Essas sequências repetitivas podem estar organizadas em blocos (famílias multigênicas, DNAs satélite, minissatélite e microssatélites) ou se apresentarem dispersas pelo genoma (elementos transponíveis - TEs). A família multigênica dos snRNAs U (pequenos RNAs ricos em uridina) participam do processo de splicing do pré-RNA, e são considerados bons marcadores para a compreensão de rearranjos cromossômicos e das relações evolutivas entre espécies próximas. Objetivando-se conhecer quais os tipos de sequências repetitivas e seu envolvimento nos eventos de fissão/fusão cromossômica gerador de diversidade cariotípica no gênero, neste trabalho foi realizada a descrição e mapeamento cromossômico das sequências dos snRNAs U1, U2, U4, U5 e U6 nos genomas de três espécies de Ancistrus (Ancistrus aguaboensis - 2n = 50, Ancistrus cf. multispinis - 2n = 52 e Ancistrus sp. - 2n = 50). As sequências nucleotídicas obtidas dos snRNAs, bem como as suas estruturas secundárias preditas, mostraram similaridade com as suas correspondentes em peixes. Nos cariótipos das espécies analisadas, os snRNAs U2 e U5 apresentaram sequências clusterizadas e colocalizadas em um único sítio cromossômico, já o snRNA U1 apresentou marcação em par único. A localização in situ para o snRNA U4 evidenciou marcações dispersas em diversos pares de cromossomos, porém não foram visualizadas marcações com a sonda do snRNA U6. Descritos previamente como “pontos de quebra evolutiva” em Loricariidae, devido a verificação do seu reuso em eventos de quebras e rearranjos cromossômicos, os rDNAs mostraram-se não sintênicos às sondas de snRNAs analisadas. Este é o primeiro estudo de caracterização de sequências e localização in situ de snRNAs em espécies de Ancistrus, porém os dados moleculares e cromossômicos avaliados para estas sequências repetitivas, nas três espécies analisadas, não evidenciaram o envolvimento desta família multigênica nos rearranjos cromossômicos que ocasionaram a diversificação cariotípica das espécies de Ancistrus.
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Caracterização molecular e análise cromossômica comparativa de snRNAs em espécies de Ancistrus (Siluriformes:Loricariidae). 2021. Dissertação (Mestrado em Biologia Evolutiva) - Universidade Estadual de Ponta Grossa. Ponta Grossa. 2022.http://tede2.uepg.br/jspui/handle/prefix/3614Conhecidos popularmente como “cascudos”, os peixes da família Loricariidae apresentam o corpo recoberto de placas ossificadas dispostas em séries, além de boca sugadora na posição ventral. Apresentando uma taxonomia ainda controversa e em constante revisão, esta família é subdividida em seis subfamílias (Lithogeneinae, Delturinae, Rhinelepinae, Loricariinae, Hypoptopomatinae e Hypostominae), onde estão presentes espécies com ampla plasticidade dos números diploides (2n) e de fórmulas cariotípicas. Destoando do 2n = 52 cromossomos, considerado basal em Ancistrini, o gênero Ancistrus (Hypostominae) apresenta uma redução do 2n na maioria das espécies, resultado principalmente de fusões cêntricas, ou Robertsonianas - Rb, além de inversões, transposições e translocações que contribuíram para a variação da morfologia dos cromossomos. Essas alterações geralmente ocorrem associadas às quebras do DNA em locais altamente repetitivos e instáveis, os “pontos de quebras evolutivas”, considerados hotspots para rearranjos cromossômicos. Essas sequências repetitivas podem estar organizadas em blocos (famílias multigênicas, DNAs satélite, minissatélite e microssatélites) ou se apresentarem dispersas pelo genoma (elementos transponíveis - TEs). A família multigênica dos snRNAs U (pequenos RNAs ricos em uridina) participam do processo de splicing do pré-RNA, e são considerados bons marcadores para a compreensão de rearranjos cromossômicos e das relações evolutivas entre espécies próximas. Objetivando-se conhecer quais os tipos de sequências repetitivas e seu envolvimento nos eventos de fissão/fusão cromossômica gerador de diversidade cariotípica no gênero, neste trabalho foi realizada a descrição e mapeamento cromossômico das sequências dos snRNAs U1, U2, U4, U5 e U6 nos genomas de três espécies de Ancistrus (Ancistrus aguaboensis - 2n = 50, Ancistrus cf. multispinis - 2n = 52 e Ancistrus sp. - 2n = 50). As sequências nucleotídicas obtidas dos snRNAs, bem como as suas estruturas secundárias preditas, mostraram similaridade com as suas correspondentes em peixes. Nos cariótipos das espécies analisadas, os snRNAs U2 e U5 apresentaram sequências clusterizadas e colocalizadas em um único sítio cromossômico, já o snRNA U1 apresentou marcação em par único. A localização in situ para o snRNA U4 evidenciou marcações dispersas em diversos pares de cromossomos, porém não foram visualizadas marcações com a sonda do snRNA U6. Descritos previamente como “pontos de quebra evolutiva” em Loricariidae, devido a verificação do seu reuso em eventos de quebras e rearranjos cromossômicos, os rDNAs mostraram-se não sintênicos às sondas de snRNAs analisadas. Este é o primeiro estudo de caracterização de sequências e localização in situ de snRNAs em espécies de Ancistrus, porém os dados moleculares e cromossômicos avaliados para estas sequências repetitivas, nas três espécies analisadas, não evidenciaram o envolvimento desta família multigênica nos rearranjos cromossômicos que ocasionaram a diversificação cariotípica das espécies de Ancistrus.Popularly known as “armored catfishes”, the fishes belonging to Loricariidae have their bodies covered by ossified dermal plates organized in series, in addition to a sucking mouth in the ventral position. Loricariidae presents a controversial taxonomy with a lot of undescribed species in the scientific literature. This family is divided in six subfamilies (Lithogeneinae, Delturinae, Rhinelepinae, Loricariinae, Hypoptopomatinae and Hypostominae), presenting species with extensive chromosome variation, due to a high variation in the diploid number (2n) and karyotype formulas. Diverging from the 2n = 52 chromosomes, considered basal for Ancistrini, the Ancistrus genus (Hypostominae) shows a 2n reduction in most species via centric fusions events (Robertsonian – Rb), in addition to inversions, transpositions and translocations events, which have contributed to the chromosome morphology variation. These rearrangements usually are associated to DNA double-strand breaks in highly repetitive unstable regions, considered “evolutionary breaking points”, which are considered hotspots for chromosomal rearrangements. These repetitive sequences can be organized in blocks (multigenic families, satellite, mini-satellites and micro-satellites DNAs) or are dispersed throughout the genome (transposable elements - TEs). The U snRNA multigenic family participates in pre-mRNA splicing process. Considering cytogenetic analyzes, U snRNAs are considered good markers for the understanding of chromosomal rearrangements and are useful to understand the evolutionary relationships among closely related species. Aiming to understand what types of repetitive DNA sequences are involved in chromosomal fission/fusion events, which probably generated the karyotype diversity present in the genus, it was performed the description and chromosomal mapping of U1, U2, U4, U5 and U6 snRNAs sequences on the genome of three species of Ancistrus (Ancistrus aguaboensis - 2n = 50, Ancistrus cf. multispinis - 2n = 52 e Ancistrus sp. - 2n = 50). The obtained nucleotide sequences and the predicted secondary structures showed similarities with its correspondents in fish genomes. The U2 and U5 snRNAs probes showed clustered and co-localized sequences in a single chromosome pair, whereas the U1 snRNA sites were present in a single pair. The in situ location of U4 snRNA probes showed sites dispersed along the chromosome pairs, however U6 snRNA markers were not detected by FISH. Due to their reuse in chromosomal rearrangements, the rDNAs sites, previously described as “evolutionary breaking points” in Loricariidae, were not co-located to the snRNAs sites. This is the first report describing the characterization and chromosome mapping of U snRNAs sequences in Ancistrus. According to the obtained cytogenetic data, probably this multigenic family is not involved to the chromosomal rearrangements that caused the karyotype diversification in species of Ancistrus.Submitted by arlindo kohlrausch (ajfk@uepg.br) on 2022-04-26T19:42:41Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Stephane Carolenn Quadros Schott.pdf: 3579108 bytes, checksum: 77069c2f284d53c25f7cbde47ff60af5 (MD5)Made available in DSpace on 2022-04-26T19:42:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Stephane Carolenn Quadros Schott.pdf: 3579108 bytes, checksum: 77069c2f284d53c25f7cbde47ff60af5 (MD5) Previous issue date: 2021-08-31Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorporUniversidade Estadual de Ponta GrossaPrograma de Pós-Graduação em Ciências BiológicasUEPGBrasilSetor de Ciências Biológicas e da SaúdeAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICASDNAs repetitivosevolução cariotípicaFISHFISHkaryotype evolutionrepetitive DNAsCaracterização molecular e análise cromossômica comparativa de snRNAs em espécies de Ancistrus (Siluriformes:Loricariidae).info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPGinstname:Universidade Estadual de Ponta Grossa (UEPG)instacron:UEPGLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81866http://tede2.uepg.br/jspui/bitstream/prefix/3614/3/license.txt43cd690d6a359e86c1fe3d5b7cba0c9bMD53CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811http://tede2.uepg.br/jspui/bitstream/prefix/3614/2/license_rdfe39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34MD52ORIGINALStephane Carolenn Quadros Schott.pdfStephane Carolenn Quadros Schott.pdfdissertação completa em pdfapplication/pdf3579108http://tede2.uepg.br/jspui/bitstream/prefix/3614/1/Stephane%20Carolenn%20Quadros%20Schott.pdf77069c2f284d53c25f7cbde47ff60af5MD51prefix/36142022-04-26 16:42:41.505oai:tede2.uepg.br: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 Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://tede2.uepg.br/jspui/PUBhttp://tede2.uepg.br/oai/requestbicen@uepg.br||mv_fidelis@yahoo.com.bropendoar:2022-04-26T19:42:41Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPG - Universidade Estadual de Ponta Grossa (UEPG)false
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Schott, Stephane Carolenn Quadros
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DNAs repetitivos
evolução cariotípica
FISH
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karyotype evolution
repetitive DNAs
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description Conhecidos popularmente como “cascudos”, os peixes da família Loricariidae apresentam o corpo recoberto de placas ossificadas dispostas em séries, além de boca sugadora na posição ventral. Apresentando uma taxonomia ainda controversa e em constante revisão, esta família é subdividida em seis subfamílias (Lithogeneinae, Delturinae, Rhinelepinae, Loricariinae, Hypoptopomatinae e Hypostominae), onde estão presentes espécies com ampla plasticidade dos números diploides (2n) e de fórmulas cariotípicas. Destoando do 2n = 52 cromossomos, considerado basal em Ancistrini, o gênero Ancistrus (Hypostominae) apresenta uma redução do 2n na maioria das espécies, resultado principalmente de fusões cêntricas, ou Robertsonianas - Rb, além de inversões, transposições e translocações que contribuíram para a variação da morfologia dos cromossomos. Essas alterações geralmente ocorrem associadas às quebras do DNA em locais altamente repetitivos e instáveis, os “pontos de quebras evolutivas”, considerados hotspots para rearranjos cromossômicos. Essas sequências repetitivas podem estar organizadas em blocos (famílias multigênicas, DNAs satélite, minissatélite e microssatélites) ou se apresentarem dispersas pelo genoma (elementos transponíveis - TEs). A família multigênica dos snRNAs U (pequenos RNAs ricos em uridina) participam do processo de splicing do pré-RNA, e são considerados bons marcadores para a compreensão de rearranjos cromossômicos e das relações evolutivas entre espécies próximas. Objetivando-se conhecer quais os tipos de sequências repetitivas e seu envolvimento nos eventos de fissão/fusão cromossômica gerador de diversidade cariotípica no gênero, neste trabalho foi realizada a descrição e mapeamento cromossômico das sequências dos snRNAs U1, U2, U4, U5 e U6 nos genomas de três espécies de Ancistrus (Ancistrus aguaboensis - 2n = 50, Ancistrus cf. multispinis - 2n = 52 e Ancistrus sp. - 2n = 50). As sequências nucleotídicas obtidas dos snRNAs, bem como as suas estruturas secundárias preditas, mostraram similaridade com as suas correspondentes em peixes. Nos cariótipos das espécies analisadas, os snRNAs U2 e U5 apresentaram sequências clusterizadas e colocalizadas em um único sítio cromossômico, já o snRNA U1 apresentou marcação em par único. A localização in situ para o snRNA U4 evidenciou marcações dispersas em diversos pares de cromossomos, porém não foram visualizadas marcações com a sonda do snRNA U6. Descritos previamente como “pontos de quebra evolutiva” em Loricariidae, devido a verificação do seu reuso em eventos de quebras e rearranjos cromossômicos, os rDNAs mostraram-se não sintênicos às sondas de snRNAs analisadas. Este é o primeiro estudo de caracterização de sequências e localização in situ de snRNAs em espécies de Ancistrus, porém os dados moleculares e cromossômicos avaliados para estas sequências repetitivas, nas três espécies analisadas, não evidenciaram o envolvimento desta família multigênica nos rearranjos cromossômicos que ocasionaram a diversificação cariotípica das espécies de Ancistrus.
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