Caracterização Estrutural das enzimas Acil-Coa Tioesterase 6 de Homo Sapiens, Álcool Desidrogenase de Naegleria gruberi e Gliceraldeído-3-Fosfato Desidrogenase de Paracoccidioides lutzii
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Data de Publicação: | 2022 |
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Resumo: | A caracterização estrutural de enzimas participantes de rotas metabólicas em organismos patogênicos ou de gêneros similares pode ajudar no planejamento de inibidores. Assim, o presente trabalho teve como objetivo caraterizar as estruturas tridimensionais de Acil-CoA Tioesterase 6 humana, Álcool Desidrogenase de Naegleria gruberi e Gliceraldeído-3-Fosfato Desidrogenase de Paracoccidioides lutzii. Ressalte-se que a primeira participa na regulação metabólica de lipídios nos humanos, a segunda participa da via de fermentação alcoólica do protozoário Naegleria gruberi e a terceira participa da via glicolítica de Paracoccidioides lutzii. Para a Acil-CoA Tioesterase 6 e a Álcool Desidrogenase foram feitos alguns testes de expressão e modelagens por homologia de suas estruturas. A Gliceraldeído-3- Fosfato Desidrogenase teve a sua estrutura resolvida experimentalmente por Cristalografia de Raios X a 2,02 Å de resolução, que foi depositada no PDB sob código 8DE5. Esta é a única GAPDH que possui o trecho hidrofílico HSSSNN (resíduos 61-66), que apresenta uma rede de ligações de hidrogênio que possivelmente repercute na conformação do motivo hairpin no final deste trecho. Assim, especula-se que essa característica poderia auxiliar o desenho diferencial de inibidores. Além disso, a estrutura foi co-cristalizada com o seu cofator NAD+ , com um íon sulfato e com ácido D-galactônico. Quanto ao último, esta é a primeira GAPDH a apresentá-lo e especula-se se não proveio da própria ação da GAPDH. Finalmente, comparações estruturais indicaram que ele se encontra no novo sítio Pi enquanto que o íon sulfato está no sítio Ps. Utilizou-se ainda a estrutura para fazer considerações sobre as diferenças encontradas em relação à enzima humana correspondente. |
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Dissertação (Mestrado em Quimica Aplicada) - Universidade Estadual de Ponta Grossa, Ponta Grossa, 2022.http://tede2.uepg.br/jspui/handle/prefix/3817A caracterização estrutural de enzimas participantes de rotas metabólicas em organismos patogênicos ou de gêneros similares pode ajudar no planejamento de inibidores. Assim, o presente trabalho teve como objetivo caraterizar as estruturas tridimensionais de Acil-CoA Tioesterase 6 humana, Álcool Desidrogenase de Naegleria gruberi e Gliceraldeído-3-Fosfato Desidrogenase de Paracoccidioides lutzii. Ressalte-se que a primeira participa na regulação metabólica de lipídios nos humanos, a segunda participa da via de fermentação alcoólica do protozoário Naegleria gruberi e a terceira participa da via glicolítica de Paracoccidioides lutzii. Para a Acil-CoA Tioesterase 6 e a Álcool Desidrogenase foram feitos alguns testes de expressão e modelagens por homologia de suas estruturas. A Gliceraldeído-3- Fosfato Desidrogenase teve a sua estrutura resolvida experimentalmente por Cristalografia de Raios X a 2,02 Å de resolução, que foi depositada no PDB sob código 8DE5. Esta é a única GAPDH que possui o trecho hidrofílico HSSSNN (resíduos 61-66), que apresenta uma rede de ligações de hidrogênio que possivelmente repercute na conformação do motivo hairpin no final deste trecho. Assim, especula-se que essa característica poderia auxiliar o desenho diferencial de inibidores. Além disso, a estrutura foi co-cristalizada com o seu cofator NAD+ , com um íon sulfato e com ácido D-galactônico. Quanto ao último, esta é a primeira GAPDH a apresentá-lo e especula-se se não proveio da própria ação da GAPDH. Finalmente, comparações estruturais indicaram que ele se encontra no novo sítio Pi enquanto que o íon sulfato está no sítio Ps. Utilizou-se ainda a estrutura para fazer considerações sobre as diferenças encontradas em relação à enzima humana correspondente.The structural characterization of enzymes participating in metabolic pathways in pathogenic organisms or of similar genera can help the design of inhibitors. Thus, the present work aimed to characterize the three dimensional structures of human Acyl- CoA Thioesterase 6, Alcohol Dehydrogenase from Naegleria gruberi and Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Paracoccidioides lutzii. It should be noted that the first participates in the metabolic regulation of lipids in humans, the second participates in the alcoholic fermentation pathway of the protozoan Naegleria gruberi and the third participates in the glycolytic pathway of Paracoccidioides lutzii. For both Acyl-CoA Thioesterase 6 and Alcohol Dehydrogenase some expression tests were carried out and their structures were modeled by homology. Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase had its structure solved experimentally by X-Ray Crystallography at 2.02 Å resolution, which was deposited in the PDB with code 8DE5. This is the only GAPDH that has the hydrophilic stretch HSSSNN (residues 61-66), which presents a hydrogen bond network which possibly affects the hairpin motif conformation at the end of this stretch. Thus, this feature might assist the differential design of inhibitors. Furthermore, the structure was co-crystallized with its cofactor NAD+ , with a sulfate ion and with D-galactonic acid. It is the first GAPDH to present a D-galactonic acid and it is speculated if this ligand came from the action of enzyme itself. Finally, structural comparisons indicated that D-galactonic acid is in the new Pi site and the sulfate ion is in the Ps site. The structure was also used to make considerations about differences to the corresponding human enzyme.Submitted by Ivani Silva (ivsilva@uepg.br) on 2022-12-22T21:26:48Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Dissertacao_Biblioteca (1).pdf: 9415910 bytes, checksum: 4d7ba2c7fece822623e8aebb6d6533cb (MD5)Made available in DSpace on 2022-12-22T21:26:48Z (GMT). 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Caracterização Estrutural das enzimas Acil-Coa Tioesterase 6 de Homo Sapiens, Álcool Desidrogenase de Naegleria gruberi e Gliceraldeído-3-Fosfato Desidrogenase de Paracoccidioides lutzii Hernández Prieto, Jonathan Heiler CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::QUIMICA Acil-CoA Tioesterase 6 humana Álcool Desidrogenase de Naegleria Gruberi Gliceraldeído-3-Fosfato Desidrogenase de Paracoccidioides lutzii ácido D-galactônico Paracoccidioidomicose. Human Acyl-CoA Thioesterase 6 Alcohol Dehydrogenase from Naegleria gruberi Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Paracoccidioides lutzii D-galactonic acid Paracoccidioidomycosis. |
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A caracterização estrutural de enzimas participantes de rotas metabólicas em organismos patogênicos ou de gêneros similares pode ajudar no planejamento de inibidores. Assim, o presente trabalho teve como objetivo caraterizar as estruturas tridimensionais de Acil-CoA Tioesterase 6 humana, Álcool Desidrogenase de Naegleria gruberi e Gliceraldeído-3-Fosfato Desidrogenase de Paracoccidioides lutzii. Ressalte-se que a primeira participa na regulação metabólica de lipídios nos humanos, a segunda participa da via de fermentação alcoólica do protozoário Naegleria gruberi e a terceira participa da via glicolítica de Paracoccidioides lutzii. Para a Acil-CoA Tioesterase 6 e a Álcool Desidrogenase foram feitos alguns testes de expressão e modelagens por homologia de suas estruturas. A Gliceraldeído-3- Fosfato Desidrogenase teve a sua estrutura resolvida experimentalmente por Cristalografia de Raios X a 2,02 Å de resolução, que foi depositada no PDB sob código 8DE5. Esta é a única GAPDH que possui o trecho hidrofílico HSSSNN (resíduos 61-66), que apresenta uma rede de ligações de hidrogênio que possivelmente repercute na conformação do motivo hairpin no final deste trecho. Assim, especula-se que essa característica poderia auxiliar o desenho diferencial de inibidores. Além disso, a estrutura foi co-cristalizada com o seu cofator NAD+ , com um íon sulfato e com ácido D-galactônico. Quanto ao último, esta é a primeira GAPDH a apresentá-lo e especula-se se não proveio da própria ação da GAPDH. Finalmente, comparações estruturais indicaram que ele se encontra no novo sítio Pi enquanto que o íon sulfato está no sítio Ps. Utilizou-se ainda a estrutura para fazer considerações sobre as diferenças encontradas em relação à enzima humana correspondente. |
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