MAPEAMENTO DE QTLs PARA TOLERÂNCIA À MURCHA BACTERIANA (Ralstonia solanacearum Smith) EM TABACO

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Souza, Adenilson Mroginski
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPG
Texto Completo: http://tede2.uepg.br/jspui/handle/prefix/2706
Resumo: Os objetivos deste trabalho foram a obtenção de um mapa genético de alta densidade utilizando marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) obtidos através de genotipagem por sequenciamento (GBS) e identificar as regiões genômicas ligadas à tolerância à murcha bacteriana (Ralstonia solanacearum Smith) em uma população de duplo-haploides (DH) de tabaco. As linhagens endogâmicas NC95 (tolerante) e NC2326 (suscetível) foram cruzadas entre si gerando a população F1, anteras foram coletadas destas plantas para produção de haploides e posterior duplicação cromossômica através da cultura de anteras, gerando 180 famílias duplo-haploides que foram avaliadas em ambiente controlado quanto à tolerância à murcha bacteriana, após inoculação com R. solanacearum, através de uma escala de notas com amplitude de 0 a 4. As famílias DH foram genotipadas utilizando a metodologia de GBS e os dados resultantes desta genotipagem foram alinhados com o genoma de referência do tabaco para posterior obtenção dos marcadores SNP utilizados na construção do mapa de ligação. O mapa de ligação juntamente com os dados de fenotipagem foram utilizados para realizar o mapeamento de QTLs através do mapeamento por intervalo composto. Foram identificados 6.842 SNPs, utilizados para construção de um mapa de ligação com 70.583 cM, sendo este o maior mapa de ligação utilizando marcadores SNP disponível para tabaco e com o maior número de marcadores. Utilizando este mapa de ligação foram mapeados 13 QTLs para tolerância à murcha bacteriana em oito grupos de ligação, dos quais oito QTLs ainda não tinham sido identificados na literatura especializada. Os locos presentes nos grupos de ligação 3, 17 e 22 apresentaram os maiores efeitos na variação fenotípica. O elevado número de QTLs mapeados nesta população confirma o padrão de herança quantitativa da tolerância de tabaco à murcha bacteriana causada por R. solanacearum.
id UEPG_615ca3deef0380af1d0683d1e1be0e7c
oai_identifier_str oai:tede2.uepg.br:prefix/2706
network_acronym_str UEPG
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPG
repository_id_str
spelling Matiello, Rodrigo Rodrigueshttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4792496Z7Simões, Christiano CostaCoelho, Caroline de Jesushttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4481609P4Souza, Adenilson Mroginski2018-12-04T18:41:29Z2018-12-042018-12-04T18:41:29Z2018-09-27SOUZA, Adenilson Mroginski de. Mapeamento de QTLs para tolerância à murcha bacteriana (Ralstonia solanacearum Smith) em tabaco.2018, 42f. Dissertação (Mestrado em Agronomia) - Universidade Estadual de Ponta Grossa, Ponta Grossa, 2018.http://tede2.uepg.br/jspui/handle/prefix/2706Os objetivos deste trabalho foram a obtenção de um mapa genético de alta densidade utilizando marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) obtidos através de genotipagem por sequenciamento (GBS) e identificar as regiões genômicas ligadas à tolerância à murcha bacteriana (Ralstonia solanacearum Smith) em uma população de duplo-haploides (DH) de tabaco. As linhagens endogâmicas NC95 (tolerante) e NC2326 (suscetível) foram cruzadas entre si gerando a população F1, anteras foram coletadas destas plantas para produção de haploides e posterior duplicação cromossômica através da cultura de anteras, gerando 180 famílias duplo-haploides que foram avaliadas em ambiente controlado quanto à tolerância à murcha bacteriana, após inoculação com R. solanacearum, através de uma escala de notas com amplitude de 0 a 4. As famílias DH foram genotipadas utilizando a metodologia de GBS e os dados resultantes desta genotipagem foram alinhados com o genoma de referência do tabaco para posterior obtenção dos marcadores SNP utilizados na construção do mapa de ligação. O mapa de ligação juntamente com os dados de fenotipagem foram utilizados para realizar o mapeamento de QTLs através do mapeamento por intervalo composto. Foram identificados 6.842 SNPs, utilizados para construção de um mapa de ligação com 70.583 cM, sendo este o maior mapa de ligação utilizando marcadores SNP disponível para tabaco e com o maior número de marcadores. Utilizando este mapa de ligação foram mapeados 13 QTLs para tolerância à murcha bacteriana em oito grupos de ligação, dos quais oito QTLs ainda não tinham sido identificados na literatura especializada. Os locos presentes nos grupos de ligação 3, 17 e 22 apresentaram os maiores efeitos na variação fenotípica. O elevado número de QTLs mapeados nesta população confirma o padrão de herança quantitativa da tolerância de tabaco à murcha bacteriana causada por R. solanacearum.The objectives of this work were to obtain a high-density genetic map using SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markers obtained through Genotyping-by-Sequencing (GBS) and to identify the genomic regions linked to bacterial wilt tolerance (Ralstonia solanacearum Smith) in a tobacco double-haploid (DH) population. The inbred lines NC95 (tolerant) and NC2326 (susceptible) were crossed generating the F1 population, anthers were collected from these plants for haploid production and subsequent chromosomic duplication using anthers culture, generating 180 double-haploid families that were evaluated in a controlled environment for tolerance to bacterial wilt after inoculation with R. solanacearum, using an assessment scale from 0 to 4. The DH families were genotyped using the GBS methodology and the resulting data from this genotyping were aligned with the reference genome and then to obtain the SNP markers used to construct the genetic linkage map. The linkage map jointly with the phenotyping data were used to QTL mapping through the composite interval mapping method. A total of 6,842 SNPs was identified and used to construct a linkage map with 70,583 cM, being the largest SNP-based genetic linkage map available for tobacco and presenting the highest number of markers. Using this linkage map, 13 QTLs were mapped for bacterial wilt tolerance in eight linkage groups, from those eight QTLs had not yet been identified in the specialized literature. The loci present in linkage groups 3, 17 and 22 had the highest effects on phenotypic variation. The high number of QTLs mapped in this population confirms the quantitative genetic control of tobacco tolerance to bacterial wilt caused by R. solanacearum.Submitted by Angela Maria de Oliveira (amolivei@uepg.br) on 2018-12-04T18:41:29Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Dissertação_final_Adenilson.pdf: 1632453 bytes, checksum: ca3bab925a332585e719109a07462e72 (MD5)Made available in DSpace on 2018-12-04T18:41:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Dissertação_final_Adenilson.pdf: 1632453 bytes, checksum: ca3bab925a332585e719109a07462e72 (MD5) Previous issue date: 2018-09-27porUniversidade Estadual de Ponta GrossaPrograma de Pós-Graduação em AgronomiaUEPGBrasilDepartamento de AgronomiaAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessCNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIARalstonia solanacearum.ResistênciaQTLSNPNicotiana tabacumRalstonia solanacearumResistanceQTLSNPNicotiana tabacumMAPEAMENTO DE QTLs PARA TOLERÂNCIA À MURCHA BACTERIANA (Ralstonia solanacearum Smith) EM TABACOinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPGinstname:Universidade Estadual de Ponta Grossa (UEPG)instacron:UEPGLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81866http://tede2.uepg.br/jspui/bitstream/prefix/2706/3/license.txt43cd690d6a359e86c1fe3d5b7cba0c9bMD53CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811http://tede2.uepg.br/jspui/bitstream/prefix/2706/2/license_rdfe39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34MD52ORIGINALDissertação_final_Adenilson.pdfDissertação_final_Adenilson.pdfdissertação completa em pdfapplication/pdf1632453http://tede2.uepg.br/jspui/bitstream/prefix/2706/1/Disserta%c3%a7%c3%a3o_final_Adenilson.pdfca3bab925a332585e719109a07462e72MD51prefix/27062018-12-04 16:41:29.893oai:tede2.uepg.br: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 Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://tede2.uepg.br/jspui/PUBhttp://tede2.uepg.br/oai/requestbicen@uepg.br||mv_fidelis@yahoo.com.bropendoar:2018-12-04T18:41:29Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPG - Universidade Estadual de Ponta Grossa (UEPG)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv MAPEAMENTO DE QTLs PARA TOLERÂNCIA À MURCHA BACTERIANA (Ralstonia solanacearum Smith) EM TABACO
title MAPEAMENTO DE QTLs PARA TOLERÂNCIA À MURCHA BACTERIANA (Ralstonia solanacearum Smith) EM TABACO
spellingShingle MAPEAMENTO DE QTLs PARA TOLERÂNCIA À MURCHA BACTERIANA (Ralstonia solanacearum Smith) EM TABACO
Souza, Adenilson Mroginski
CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA
Ralstonia solanacearum.
Resistência
QTL
SNP
Nicotiana tabacum
Ralstonia solanacearum
Resistance
QTL
SNP
Nicotiana tabacum
title_short MAPEAMENTO DE QTLs PARA TOLERÂNCIA À MURCHA BACTERIANA (Ralstonia solanacearum Smith) EM TABACO
title_full MAPEAMENTO DE QTLs PARA TOLERÂNCIA À MURCHA BACTERIANA (Ralstonia solanacearum Smith) EM TABACO
title_fullStr MAPEAMENTO DE QTLs PARA TOLERÂNCIA À MURCHA BACTERIANA (Ralstonia solanacearum Smith) EM TABACO
title_full_unstemmed MAPEAMENTO DE QTLs PARA TOLERÂNCIA À MURCHA BACTERIANA (Ralstonia solanacearum Smith) EM TABACO
title_sort MAPEAMENTO DE QTLs PARA TOLERÂNCIA À MURCHA BACTERIANA (Ralstonia solanacearum Smith) EM TABACO
author Souza, Adenilson Mroginski
author_facet Souza, Adenilson Mroginski
author_role author
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Matiello, Rodrigo Rodrigues
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4792496Z7
dc.contributor.referee1.fl_str_mv Simões, Christiano Costa
dc.contributor.referee2.fl_str_mv Coelho, Caroline de Jesus
dc.contributor.authorLattes.fl_str_mv http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4481609P4
dc.contributor.author.fl_str_mv Souza, Adenilson Mroginski
contributor_str_mv Matiello, Rodrigo Rodrigues
Simões, Christiano Costa
Coelho, Caroline de Jesus
dc.subject.cnpq.fl_str_mv CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA
topic CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA
Ralstonia solanacearum.
Resistência
QTL
SNP
Nicotiana tabacum
Ralstonia solanacearum
Resistance
QTL
SNP
Nicotiana tabacum
dc.subject.por.fl_str_mv Ralstonia solanacearum.
Resistência
QTL
SNP
Nicotiana tabacum
Ralstonia solanacearum
Resistance
QTL
SNP
Nicotiana tabacum
description Os objetivos deste trabalho foram a obtenção de um mapa genético de alta densidade utilizando marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) obtidos através de genotipagem por sequenciamento (GBS) e identificar as regiões genômicas ligadas à tolerância à murcha bacteriana (Ralstonia solanacearum Smith) em uma população de duplo-haploides (DH) de tabaco. As linhagens endogâmicas NC95 (tolerante) e NC2326 (suscetível) foram cruzadas entre si gerando a população F1, anteras foram coletadas destas plantas para produção de haploides e posterior duplicação cromossômica através da cultura de anteras, gerando 180 famílias duplo-haploides que foram avaliadas em ambiente controlado quanto à tolerância à murcha bacteriana, após inoculação com R. solanacearum, através de uma escala de notas com amplitude de 0 a 4. As famílias DH foram genotipadas utilizando a metodologia de GBS e os dados resultantes desta genotipagem foram alinhados com o genoma de referência do tabaco para posterior obtenção dos marcadores SNP utilizados na construção do mapa de ligação. O mapa de ligação juntamente com os dados de fenotipagem foram utilizados para realizar o mapeamento de QTLs através do mapeamento por intervalo composto. Foram identificados 6.842 SNPs, utilizados para construção de um mapa de ligação com 70.583 cM, sendo este o maior mapa de ligação utilizando marcadores SNP disponível para tabaco e com o maior número de marcadores. Utilizando este mapa de ligação foram mapeados 13 QTLs para tolerância à murcha bacteriana em oito grupos de ligação, dos quais oito QTLs ainda não tinham sido identificados na literatura especializada. Os locos presentes nos grupos de ligação 3, 17 e 22 apresentaram os maiores efeitos na variação fenotípica. O elevado número de QTLs mapeados nesta população confirma o padrão de herança quantitativa da tolerância de tabaco à murcha bacteriana causada por R. solanacearum.
publishDate 2018
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2018-12-04T18:41:29Z
dc.date.available.fl_str_mv 2018-12-04
2018-12-04T18:41:29Z
dc.date.issued.fl_str_mv 2018-09-27
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv SOUZA, Adenilson Mroginski de. Mapeamento de QTLs para tolerância à murcha bacteriana (Ralstonia solanacearum Smith) em tabaco.2018, 42f. Dissertação (Mestrado em Agronomia) - Universidade Estadual de Ponta Grossa, Ponta Grossa, 2018.
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://tede2.uepg.br/jspui/handle/prefix/2706
identifier_str_mv SOUZA, Adenilson Mroginski de. Mapeamento de QTLs para tolerância à murcha bacteriana (Ralstonia solanacearum Smith) em tabaco.2018, 42f. Dissertação (Mestrado em Agronomia) - Universidade Estadual de Ponta Grossa, Ponta Grossa, 2018.
url http://tede2.uepg.br/jspui/handle/prefix/2706
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Estadual de Ponta Grossa
dc.publisher.program.fl_str_mv Programa de Pós-Graduação em Agronomia
dc.publisher.initials.fl_str_mv UEPG
dc.publisher.country.fl_str_mv Brasil
dc.publisher.department.fl_str_mv Departamento de Agronomia
publisher.none.fl_str_mv Universidade Estadual de Ponta Grossa
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPG
instname:Universidade Estadual de Ponta Grossa (UEPG)
instacron:UEPG
instname_str Universidade Estadual de Ponta Grossa (UEPG)
instacron_str UEPG
institution UEPG
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPG
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPG
bitstream.url.fl_str_mv http://tede2.uepg.br/jspui/bitstream/prefix/2706/3/license.txt
http://tede2.uepg.br/jspui/bitstream/prefix/2706/2/license_rdf
http://tede2.uepg.br/jspui/bitstream/prefix/2706/1/Disserta%c3%a7%c3%a3o_final_Adenilson.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv 43cd690d6a359e86c1fe3d5b7cba0c9b
e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34
ca3bab925a332585e719109a07462e72
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPG - Universidade Estadual de Ponta Grossa (UEPG)
repository.mail.fl_str_mv bicen@uepg.br||mv_fidelis@yahoo.com.br
_version_ 1800232809855451136