SUPER ÁRVORES FILOGENÉTICAS PARA GALERUCINAE (COLEOPTERA: CHRYSOMELIDAE) E SILURIFORMES (TELEOSTEI: OSTARIOPHYSI) AGRUPANDO DADOS MORFOLÓGICOS E MOLECULARES
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Data de Publicação: | 2013 |
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Texto Completo: | http://tede2.uepg.br/jspui/handle/prefix/2379 |
Resumo: | A grande quantidade de dados filogenéticos que vêm sendo disponibilizados, principalmente de caráter molecular, com os avanços de técnicas de obtenção, amplificação e sequenciamento de moléculas de DNA, RNA e proteínas, oferece uma nova perspectiva para a resolução de relações filogenéticas de grupos problemáticos. Porém, esta crescente quantidade de dados necessita de estratégia de integração e análise conjunta tanto entre os dados moleculares a per se quanto com outros dados anteriores, como dados morfológicos, citogenéticos, etológicos, entre outros. Uma alternativa recente para essa integração e metanálise filogenética é a abordagem de construção de super árvores, que consiste no princípio de agrupamento de filogenias independentes menores que possuem táxons terminais em comum em uma filogenia maior, construída com maior número de caracteres, com maior número de táxons terminais, sendo, portanto uma importante ferramenta para inferências mais acuradas quanto à sistemática, evolução, biologia, etologia, biogeografia e citogenética já que oferece uma perspectiva mais ampla do grupo em estudo. Neste estudo, dois grupos problemáticos quanto à sistemática filogenética foram escolhidos e analisados sob a perspectiva da abordagem de construção de super árvore. Para a subfamília Galerucinae sensu lato foi realizada uma filogenia molecular para espécies de Alticinae com ênfase na tribo Oedionychini a partir do alinhamento das sequências do segmento de expansão 2 (D2) do gene nuclear para 28S rDNA (28S-D2) e o gene mitocondrial para a subunidade I do Citocromo Oxidase C (COI), sendo essa filogenia juncionada com sequências associadas a bancos de dados e utilizadas em estudos filogenéticos anteriores. Posteriormente essa filogenia molecular foi integrada a uma super árvore construída para Galerucinae sensu lato. A super árvore recuperou a monofilia de Galerucinae com um grupo Alticinae parafilético. Para a ordem Siluriformes (Teleostei: Ostariophysi) foi construída uma super árvore baseada tanto em dados morfológicos quanto dados moleculares, contendo todas as famílias do grupo na topologia final. A topologia final recuperou a monofilia de Siluriformes, com Diplomystidae sendo o silurídeo mais basal e grupo-irmão do restante dos Eusiluroidei. |
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Porém, esta crescente quantidade de dados necessita de estratégia de integração e análise conjunta tanto entre os dados moleculares a per se quanto com outros dados anteriores, como dados morfológicos, citogenéticos, etológicos, entre outros. Uma alternativa recente para essa integração e metanálise filogenética é a abordagem de construção de super árvores, que consiste no princípio de agrupamento de filogenias independentes menores que possuem táxons terminais em comum em uma filogenia maior, construída com maior número de caracteres, com maior número de táxons terminais, sendo, portanto uma importante ferramenta para inferências mais acuradas quanto à sistemática, evolução, biologia, etologia, biogeografia e citogenética já que oferece uma perspectiva mais ampla do grupo em estudo. Neste estudo, dois grupos problemáticos quanto à sistemática filogenética foram escolhidos e analisados sob a perspectiva da abordagem de construção de super árvore. Para a subfamília Galerucinae sensu lato foi realizada uma filogenia molecular para espécies de Alticinae com ênfase na tribo Oedionychini a partir do alinhamento das sequências do segmento de expansão 2 (D2) do gene nuclear para 28S rDNA (28S-D2) e o gene mitocondrial para a subunidade I do Citocromo Oxidase C (COI), sendo essa filogenia juncionada com sequências associadas a bancos de dados e utilizadas em estudos filogenéticos anteriores. Posteriormente essa filogenia molecular foi integrada a uma super árvore construída para Galerucinae sensu lato. A super árvore recuperou a monofilia de Galerucinae com um grupo Alticinae parafilético. Para a ordem Siluriformes (Teleostei: Ostariophysi) foi construída uma super árvore baseada tanto em dados morfológicos quanto dados moleculares, contendo todas as famílias do grupo na topologia final. A topologia final recuperou a monofilia de Siluriformes, com Diplomystidae sendo o silurídeo mais basal e grupo-irmão do restante dos Eusiluroidei.The large amount of phylogenetic data that are being available, with predominance of molecular, with the recent advances in techniques to obtainment, amplification and sequencing of DNA molecules, RNA and proteins, offer a new perspective for solving phylogenetic relationships of problem groups. However, this increased amount of data requires integration strategies and combined analysis of data, gathering the molecular per se with other previous data, such as morphological, cytological, ethological, and others. A recent alternative for this integration and phylogenetic meta-analysis is the Supertree Construction approach, that in principle consists in a gathering of independent smaller phylogenies that have some terminal taxa in common into a larger phylogeny, built with more characters, major number of terminal taxa, being an important tool for more accurate inferences about the systematics, evolution, biology, ethology, biogeography, cytogenetics, and others, once it offers a broader perspective of the study group. In this study, two problematic groups about their phylogenetic systematics were selected and analyzed under the perspective of the Supertree Construction approach. For subfamily Galerucinae sensu lato was performed a molecular phylogeny for Alticinae species with emphasis on the segment Oedionychini, based on alignment of the sequences of expansion segment 2 (D2) of nuclear 28S rDNA gene (28SD2), and the mitochondrial gene for the subunit I of cytochrome oxidase c (COI), being this phylogenies gather with other data used in previous phylogenetic studies. Later, this molecular phylogeny was incorporated into a supertree, constructed for Galerucinae sensu lato. The supertree recovered the monophyly of a Galerucinae group, and paraphyletic Alticinae. To order Siluriformes (Teleostei: Ostariophysi) was built a supertree based on both, morphological and molecular data, containing all families recognized for the group. The final topology recovered the monophyly of Siluriformes with Diplomystidae being the most basal catfish and sister group of the rest of Eusiluroidei.Submitted by Angela Maria de Oliveira (amolivei@uepg.br) on 2017-10-19T19:19:13Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Rafael Bonfim de Almeida.pdf: 1398729 bytes, checksum: b49f522af530568d079f7e0bdc9a7372 (MD5)Made available in DSpace on 2017-10-19T19:19:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Rafael Bonfim de Almeida.pdf: 1398729 bytes, checksum: b49f522af530568d079f7e0bdc9a7372 (MD5) Previous issue date: 2013-02-28Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorporUniversidade Estadual de Ponta GrossaPrograma de Pós-Graduação em Ciências BiológicasUEPGBrasilDepartamento de Biologia GeralAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS28S rDNACOI6EvoluçãoFilogeniaMeta análiseSistemática28SCOIEvolutionMetanalysisPhylogenySystematicsSUPER ÁRVORES FILOGENÉTICAS PARA GALERUCINAE (COLEOPTERA: CHRYSOMELIDAE) E SILURIFORMES (TELEOSTEI: OSTARIOPHYSI) AGRUPANDO DADOS MORFOLÓGICOS E MOLECULARESinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPGinstname:Universidade Estadual de Ponta Grossa (UEPG)instacron:UEPGLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81866http://tede2.uepg.br/jspui/bitstream/prefix/2379/3/license.txt43cd690d6a359e86c1fe3d5b7cba0c9bMD53CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811http://tede2.uepg.br/jspui/bitstream/prefix/2379/2/license_rdfe39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34MD52ORIGINALRafael Bonfim de Almeida.pdfRafael Bonfim de Almeida.pdfdissertação completa em pdfapplication/pdf1398729http://tede2.uepg.br/jspui/bitstream/prefix/2379/1/Rafael%20Bonfim%20de%20Almeida.pdfb49f522af530568d079f7e0bdc9a7372MD51prefix/23792017-10-19 17:19:13.06oai:tede2.uepg.br:prefix/2379TElDRU7Dh0EgREUgRElTVFJJQlVJw4fDg08gTsODTy1FWENMVVNJVkEKCkNvbSBhIGFwcmVzZW50YcOnw6NvIGRlc3RhIGxpY2Vuw6dhLCB2b2PDqiAobyBhdXRvciAoZXMpIG91IG8gdGl0dWxhciBkb3MgZGlyZWl0b3MgZGUgYXV0b3IpIGNvbmNlZGUgYW8gUmVwb3NpdMOzcmlvIApJbnN0aXR1Y2lvbmFsIG8gZGlyZWl0byBuw6NvLWV4Y2x1c2l2byBkZSByZXByb2R1emlyLCAgdHJhZHV6aXIgKGNvbmZvcm1lIGRlZmluaWRvIGFiYWl4byksIGUvb3UgZGlzdHJpYnVpciBhIApzdWEgcHVibGljYcOnw6NvIChpbmNsdWluZG8gbyByZXN1bW8pIHBvciB0b2RvIG8gbXVuZG8gbm8gZm9ybWF0byBpbXByZXNzbyBlIGVsZXRyw7RuaWNvIGUgZW0gcXVhbHF1ZXIgbWVpbywgaW5jbHVpbmRvIG9zIApmb3JtYXRvcyDDoXVkaW8gb3UgdsOtZGVvLgoKVm9jw6ogY29uY29yZGEgcXVlIG8gRGVwb3NpdGEgcG9kZSwgc2VtIGFsdGVyYXIgbyBjb250ZcO6ZG8sIHRyYW5zcG9yIGEgc3VhIHB1YmxpY2HDp8OjbyBwYXJhIHF1YWxxdWVyIG1laW8gb3UgZm9ybWF0byAKcGFyYSBmaW5zIGRlIHByZXNlcnZhw6fDo28uCgpWb2PDqiB0YW1iw6ltIGNvbmNvcmRhIHF1ZSBvIERlcG9zaXRhIHBvZGUgbWFudGVyIG1haXMgZGUgdW1hIGPDs3BpYSBkZSBzdWEgcHVibGljYcOnw6NvIHBhcmEgZmlucyBkZSBzZWd1cmFuw6dhLCBiYWNrLXVwIAplIHByZXNlcnZhw6fDo28uCgpWb2PDqiBkZWNsYXJhIHF1ZSBhIHN1YSBwdWJsaWNhw6fDo28gw6kgb3JpZ2luYWwgZSBxdWUgdm9jw6ogdGVtIG8gcG9kZXIgZGUgY29uY2VkZXIgb3MgZGlyZWl0b3MgY29udGlkb3MgbmVzdGEgbGljZW7Dp2EuIApWb2PDqiB0YW1iw6ltIGRlY2xhcmEgcXVlIG8gZGVww7NzaXRvIGRhIHN1YSBwdWJsaWNhw6fDo28gbsOjbywgcXVlIHNlamEgZGUgc2V1IGNvbmhlY2ltZW50bywgaW5mcmluZ2UgZGlyZWl0b3MgYXV0b3JhaXMgCmRlIG5pbmd1w6ltLgoKQ2FzbyBhIHN1YSBwdWJsaWNhw6fDo28gY29udGVuaGEgbWF0ZXJpYWwgcXVlIHZvY8OqIG7Do28gcG9zc3VpIGEgdGl0dWxhcmlkYWRlIGRvcyBkaXJlaXRvcyBhdXRvcmFpcywgdm9jw6ogZGVjbGFyYSBxdWUgCm9idGV2ZSBhIHBlcm1pc3PDo28gaXJyZXN0cml0YSBkbyBkZXRlbnRvciBkb3MgZGlyZWl0b3MgYXV0b3JhaXMgcGFyYSBjb25jZWRlciBhbyBEZXBvc2l0YSBvcyBkaXJlaXRvcyBhcHJlc2VudGFkb3MgCm5lc3RhIGxpY2Vuw6dhLCBlIHF1ZSBlc3NlIG1hdGVyaWFsIGRlIHByb3ByaWVkYWRlIGRlIHRlcmNlaXJvcyBlc3TDoSBjbGFyYW1lbnRlIGlkZW50aWZpY2FkbyBlIHJlY29uaGVjaWRvIG5vIHRleHRvIApvdSBubyBjb250ZcO6ZG8gZGEgcHVibGljYcOnw6NvIG9yYSBkZXBvc2l0YWRhLgoKQ0FTTyBBIFBVQkxJQ0HDh8ODTyBPUkEgREVQT1NJVEFEQSBURU5IQSBTSURPIFJFU1VMVEFETyBERSBVTSBQQVRST0PDjU5JTyBPVSBBUE9JTyBERSBVTUEgQUfDik5DSUEgREUgRk9NRU5UTyBPVSBPVVRSTyAKT1JHQU5JU01PLCBWT0PDiiBERUNMQVJBIFFVRSBSRVNQRUlUT1UgVE9ET1MgRSBRVUFJU1FVRVIgRElSRUlUT1MgREUgUkVWSVPDg08gQ09NTyBUQU1Cw4lNIEFTIERFTUFJUyBPQlJJR0HDh8OVRVMgCkVYSUdJREFTIFBPUiBDT05UUkFUTyBPVSBBQ09SRE8uCgpPIERlcG9zaXRhIHNlIGNvbXByb21ldGUgYSBpZGVudGlmaWNhciBjbGFyYW1lbnRlIG8gc2V1IG5vbWUgKHMpIG91IG8ocykgbm9tZShzKSBkbyhzKSBkZXRlbnRvcihlcykgZG9zIGRpcmVpdG9zIAphdXRvcmFpcyBkYSBwdWJsaWNhw6fDo28sIGUgbsOjbyBmYXLDoSBxdWFscXVlciBhbHRlcmHDp8OjbywgYWzDqW0gZGFxdWVsYXMgY29uY2VkaWRhcyBwb3IgZXN0YSBsaWNlbsOnYS4KBiblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://tede2.uepg.br/jspui/PUBhttp://tede2.uepg.br/oai/requestbicen@uepg.br||mv_fidelis@yahoo.com.bropendoar:2017-10-19T19:19:13Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPG - Universidade Estadual de Ponta Grossa (UEPG)false |
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