Modelagem computacional da teoria de Stern-Volmer aplicada ao estudo da interação de ligantes com proteínas
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Data de Publicação: | 2019 |
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Título da fonte: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJ |
Texto Completo: | http://www.bdtd.uerj.br/handle/1/16503 |
Resumo: | The present work describes a computational mathematical model for the application of the Stern-Volmer theory in the treatment of data obtained from spectrofluorimeters in the method of quenching of fluorescence. Since in current research such treatments are performed by a team of researchers, manually and repeatedly, in addition to the high time consumption, there may be mistakes or incorrect procedures in the process that could compromise the results achieved. Thus, the development of a dedicated tool to accomplish this task becomes relevant, being this model the target of this research. The objective of the work is to develop a program that allows to streamline and systematize the mathematical and statistical treatment of the instrumental data that are applied to the equations and parameters defined by the Stern-Volmer Theory, aiming to obtain the graphs and constants that characterize the interactions between a variety of ligands and proteins, by the fluorescence suppression method. The proposed software was developed in the Netbeans 8.2 Integrated Development Environment (IDE), using the Java 8 language, with JavaFX graphical interface, allowing the direct input of data from the fluorimeters, and providing the simplification, dynamization and refinement in obtaining results.Such software has been implemented and is able to present the graphs, equations and constants related to the phenomenon of fluorescence quenching according to the Stern-Volmer model, automating and speeding up the results in relation to the data analysis of fluorescence quenching due to the interaction of ligands with proteins. |
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Since in current research such treatments are performed by a team of researchers, manually and repeatedly, in addition to the high time consumption, there may be mistakes or incorrect procedures in the process that could compromise the results achieved. Thus, the development of a dedicated tool to accomplish this task becomes relevant, being this model the target of this research. The objective of the work is to develop a program that allows to streamline and systematize the mathematical and statistical treatment of the instrumental data that are applied to the equations and parameters defined by the Stern-Volmer Theory, aiming to obtain the graphs and constants that characterize the interactions between a variety of ligands and proteins, by the fluorescence suppression method. The proposed software was developed in the Netbeans 8.2 Integrated Development Environment (IDE), using the Java 8 language, with JavaFX graphical interface, allowing the direct input of data from the fluorimeters, and providing the simplification, dynamization and refinement in obtaining results.Such software has been implemented and is able to present the graphs, equations and constants related to the phenomenon of fluorescence quenching according to the Stern-Volmer model, automating and speeding up the results in relation to the data analysis of fluorescence quenching due to the interaction of ligands with proteins.O presente trabalho descreve um modelo matemático computacional voltado para a aplicação da teoria de Stern-Volmer no tratamento de dados obtidos dos espectrofluorímetros no método de supressão de fluorescência. Uma vez que nas pesquisas atuais tais tratamentos são realizados manualmente e repetidamente por uma equipe de pesquisadores, além do alto consumo de tempo, é possível que haja a introdução de erros ou de procedimentos incorretos no processo, que podem comprometer os resultados atingidos. Assim, o desenvolvimento de uma ferramenta dedicada para realizar essa tarefa torna-se relevante, sendo esta modelagem o alvo desta pesquisa. O objetivo do trabalho é o de desenvolver um programa que permita agilizar e sistematizar o tratamento matemático e estatístico dos dados instrumentais que são aplicados `as equações e parâmetros definidos pela Teoria de Stern-Volmer, visando a obtenção dos gráficos e constantes que caracterizam as interações entre diversos ligantes e proteínas, através do m´método de supressão de fluorescência. O software proposto foi desenvolvido no Ambiente de Desenvolvimento Integrado (IDE) Netbeans 8.2, utilizando a linguagem Java 8, com interface gráfica JavaFX, permitindo a direta entrada de dados provenientes dos fluorímetros, e proporcionando a simplificação, dinamização e refinamento na obtenção dos resultados. Tal software foi implementado e ´e capaz de apresentar os gráficos, as equações e as constantes relacionadas ao fenômeno de supressão de fluorescência conforme o modelo de Stern-Volmer, automatizando e agilizando a obtenção de resultados no que tange as análises de dados de supressão de fluorescência decorrente da interação de ligantes com proteínas.Submitted by Márcia CTC/A (mfruerj@gmail.com) on 2021-08-25T14:56:35Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Felipe da Costa Thadeu - 2019 - Completa.pdf: 2466995 bytes, checksum: 9af6b3b0d1aef79aaa56d81b0f6df2bd (MD5)Made available in DSpace on 2021-08-25T14:56:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Felipe da Costa Thadeu - 2019 - Completa.pdf: 2466995 bytes, checksum: 9af6b3b0d1aef79aaa56d81b0f6df2bd (MD5) Previous issue date: 2019-02-25application/pdfporUniversidade do Estado do Rio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Ciências ComputacionaisUERJBrasilCentro de Tecnologia e Ciências::Instituto de Matemática e Estatísticahttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessComputational modelingQuenching of fluorescenceStern-Volmer theoryLinear regressionModelagem computacionalSupressão de fluorescênciaTeoria de Stern-VolmerRegressão linearCIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::TEORIA DA COMPUTACAOModelagem computacional da teoria de Stern-Volmer aplicada ao estudo da interação de ligantes com proteínasComputational modeling of Stern-Volmer theory applied to the study of the interaction of protein bindersinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJinstname:Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ)instacron:UERJORIGINALDissertação - Felipe da Costa Thadeu - 2019 - Completa.pdfDissertação - Felipe da Costa Thadeu - 2019 - Completa.pdfapplication/pdf2466995http://www.bdtd.uerj.br/bitstream/1/16503/7/Disserta%C3%A7%C3%A3o+-+Felipe+da+Costa+Thadeu+-+2019+-+Completa.pdf9af6b3b0d1aef79aaa56d81b0f6df2bdMD57LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82123http://www.bdtd.uerj.br/bitstream/1/16503/6/license.txte5502652da718045d7fcd832b79fca29MD561/165032024-02-27 14:34:49.482oai:www.bdtd.uerj.br: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Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.bdtd.uerj.br/PUBhttps://www.bdtd.uerj.br:8443/oai/requestbdtd.suporte@uerj.bropendoar:29032024-02-27T17:34:49Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJ - Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ)false |
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