Conservação do sagüi-da-serra-escuro – Callithrix aurita (Primates): uma análise molecular e colorimétrica de populações do gênero Callithrix e seus híbridos
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Data de Publicação: | 2015 |
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Título da fonte: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJ |
Texto Completo: | http://www.bdtd.uerj.br/handle/1/18217 |
Resumo: | The buffy-tufted-ear marmoset (Callithrix aurita) is a small primate endemic to the mountainous regions of the South-Eastern Brazilian Atlantic forest. In addition to being classified as "endangered" on the National List of Threatened Species, it has been the subject of particular concern amongst conservationists. Habitat loss and, above all, the rapid invasion of its territory by other species of marmosets introduced by human actions, has resulted in local extinctions and/or the appearance of individuals which are hybrids between C. aurita and its congeners. The perception of a rapid increase in these phenomena has necessitated studies to increase our knowledge about native species and their relationship with the environment. Our objectives are: to review molecular analysis as a tool for research on and conservation of primates; to implement a molecular characterization using lineage markers (COI and SRY) of marmosets of the genus Callithrix – invaders, hybrids, and "pures" – which are currently taking place in the state of Rio de Janeiro; to identify neotropical primates of the genus Callithrix using mini-amplicons of COI in museum samples; and to carry out a colorimetric characterization of the Buffy-tufted-ear marmosets, invaders and hybrids currently present in the Atlantic Forest of Rio de Janeiro, Minas Gerais, and São Paulo, through the use of standardized photographic images. For these purposes, in addition to bibliographical research, 121 biological samples have been taken from individuals in the wild and in captivity, and 16 samples of different tissues were taken from 10 specimens preserved in museums. Photographic images were taken of all of the living individuals. The genetic analyses used the molecular markers COI and SRY: the COI resulted in 114 sequences of 595 bp, and the SRY resulted in fragments of 196 bp for C. aurita, and 205 bp for other species. The mini-amplicons of COI generated five overlapping sequences of approximately 200 bp. Molecular analysis reveled more haplotypes than are considered valid for the species, and confirmed the cases of hybridization in São Paulo, Rio de Janeiro and Minas Gerais, including hybridization with native species in Rio de Janeiro and São Paulo. The museum samples were successfully amplified, and colorimetric analysis separated the three species C. aurita, C. jaccus, and C. penicillata, but did not provide a unique ID for hybrids of native species. |
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Tese (Doutorado em Ecologia e Evolução) - Instituto de Biologia Roberto Alcantara Gomes, Universidade do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 2015.http://www.bdtd.uerj.br/handle/1/18217The buffy-tufted-ear marmoset (Callithrix aurita) is a small primate endemic to the mountainous regions of the South-Eastern Brazilian Atlantic forest. In addition to being classified as "endangered" on the National List of Threatened Species, it has been the subject of particular concern amongst conservationists. Habitat loss and, above all, the rapid invasion of its territory by other species of marmosets introduced by human actions, has resulted in local extinctions and/or the appearance of individuals which are hybrids between C. aurita and its congeners. The perception of a rapid increase in these phenomena has necessitated studies to increase our knowledge about native species and their relationship with the environment. Our objectives are: to review molecular analysis as a tool for research on and conservation of primates; to implement a molecular characterization using lineage markers (COI and SRY) of marmosets of the genus Callithrix – invaders, hybrids, and "pures" – which are currently taking place in the state of Rio de Janeiro; to identify neotropical primates of the genus Callithrix using mini-amplicons of COI in museum samples; and to carry out a colorimetric characterization of the Buffy-tufted-ear marmosets, invaders and hybrids currently present in the Atlantic Forest of Rio de Janeiro, Minas Gerais, and São Paulo, through the use of standardized photographic images. For these purposes, in addition to bibliographical research, 121 biological samples have been taken from individuals in the wild and in captivity, and 16 samples of different tissues were taken from 10 specimens preserved in museums. Photographic images were taken of all of the living individuals. The genetic analyses used the molecular markers COI and SRY: the COI resulted in 114 sequences of 595 bp, and the SRY resulted in fragments of 196 bp for C. aurita, and 205 bp for other species. The mini-amplicons of COI generated five overlapping sequences of approximately 200 bp. Molecular analysis reveled more haplotypes than are considered valid for the species, and confirmed the cases of hybridization in São Paulo, Rio de Janeiro and Minas Gerais, including hybridization with native species in Rio de Janeiro and São Paulo. The museum samples were successfully amplified, and colorimetric analysis separated the three species C. aurita, C. jaccus, and C. penicillata, but did not provide a unique ID for hybrids of native species.O sagüi-da-serra-escuro (Callithrix aurita) é um pequeno primata, endêmico das regiões de floresta de altitude da Mata Atlântica do Sudeste do Brasil, e que, além de estar classificado como “em perigo” pela Lista Nacional de Espécies Ameaçadas, tem sido objeto de preocupação adicional por parte dos conservacionistas. A perda de habitat e sobretudo o acelerado processo de invasão do seu território por sagüis de outras espécies, introduzidos pelas ações humanas, tem resultado em extinções locais e/ou no aparecimento de indivíduos híbridos entre o C. aurita e seus congêneres. A percepção da rápida expansão destes fenômenos tem demandado estudos que aumentem o conhecimento sobre a espécie nativa e seu relacionamento com o meio ambiente. Os objetivos deste trabalho são: realizar uma revisão sobre as análises moleculares como ferramenta de pesquisa e conservação de primatas, implementar uma caracterização molecular com o uso de marcadores de linhagem (COI e SRY) dos sagüis do gênero Callithrix – invasores, híbridos e “puros” – que atualmente ocorrem no Estado do Rio de Janeiro, identificar primatas neotropicais do gênero Callithrix com o uso de mini-amplicons de COI em amostras de museu, e realizar uma caracterização colorimétrica dos sagüis-da-serra-escuro, invasores e híbridos presentes na Mata Atlântica do Rio de Janeiro, Minas Gerais e São Paulo através do uso de imagens fotográficas padronizadas. Para isso, além da pesquisa bibliográfica, 121 amostras biologicas foram retiradas de indivíduos de vida livre e de cativeiro, e 16 amostras de diferentes tecidos foram tiradas de 10 especimes preservados em museus. Imagens fotograficas foram feitas de todos os indivíduos vivos. As análises genéticas usaram os marcadores moleculares COI e SRY, sendo que o COI resultou em 114 sequencias de 595 pb e o SRY resultou em fragmentos de 196 pb para C. aurita e de 205 pb para as outras espécies. Os mini-amplicons de COI geraram cinco sequencias sobrepostas de aproximadamente 200 pb. As análises moleculares revelaram mais haplótipos que as espécies consideradas válidas e comprovaram casos de hibridação em São Paulo, no Rio de Janeiro e em Minas Gerais, sendo que, somente no Rio de Janeiro e em São Paulo, com a especie nativa. A amostras de museu foram amplificadas com sucesso e a análise colorimétrica separou as três espécies C. aurita, C. jaccus e C. penicillata, mas não conseguir uma identificação exclusiva para os híbridos da espécie nativa.Submitted by Patrícia CTC/A (patbme@yahoo.com.br) on 2022-08-17T16:11:17Z No. of bitstreams: 2 TeseparcialRodrigoBDTD.pdf: 9332629 bytes, checksum: e96dbe423034efac255f2a2b724d438f (MD5) TESE_COMPLETA_ RODRIGOBDTD.pdf: 14702001 bytes, checksum: b4398ffc1e768fd1e0ca651ebc7e8fbb (MD5)Made available in DSpace on 2022-08-17T16:11:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TeseparcialRodrigoBDTD.pdf: 9332629 bytes, checksum: e96dbe423034efac255f2a2b724d438f (MD5) TESE_COMPLETA_ RODRIGOBDTD.pdf: 14702001 bytes, checksum: b4398ffc1e768fd1e0ca651ebc7e8fbb (MD5) Previous issue date: 2015-11-30Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESapplication/pdfporUniversidade do Estado do Rio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Ecologia e EvoluçãoUERJBrasilCentro Biomédico::Instituto de Biologia Roberto Alcantara GomesMarmosetsCytochrome oxidaseColorimetryCallithrixSaguiCitocromo OxidaseSRYImagens digitaisCIENCIAS BIOLOGICAS::ECOLOGIAConservação do sagüi-da-serra-escuro – Callithrix aurita (Primates): uma análise molecular e colorimétrica de populações do gênero Callithrix e seus híbridosConservation of the buffy-tufted-ear marmoset – Callithrix aurita (Primates): Analyses in molecular biology and colorimetry of populations of the genus Callithrix and its hybridsinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJinstname:Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ)instacron:UERJORIGINALTese - Rodrigo Salles de Carvalho - 2015 - Completa.pdfTese - Rodrigo Salles de Carvalho - 2015 - Completa.pdfapplication/pdf14702001http://www.bdtd.uerj.br/bitstream/1/18217/3/Tese+-+Rodrigo+Salles+de+Carvalho+-+2015+-+Completa.pdfb4398ffc1e768fd1e0ca651ebc7e8fbbMD53LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82123http://www.bdtd.uerj.br/bitstream/1/18217/1/license.txte5502652da718045d7fcd832b79fca29MD511/182172024-02-26 16:13:49.752oai:www.bdtd.uerj.br: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Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.bdtd.uerj.br/PUBhttps://www.bdtd.uerj.br:8443/oai/requestbdtd.suporte@uerj.bropendoar:29032024-02-26T19:13:49Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJ - Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ)false |
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