Genômica comparativa e filogeográfica em espécies do gênero Atta (HYMENOPTERA: FORMICIDAE)
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2018 |
Tipo de documento: | Tese |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da Universidade Federal de Alagoas (UFAL) |
Texto Completo: | http://www.repositorio.ufal.br/handle/riufal/3264 |
Resumo: | Leaf-cutting ants of the genus Atta are widely distributed throughout the Neotropical Region, being important pests of agricultural and forest crops. In Brazil, they are distributed throughout the national territory. The species Atta opaciceps Borgmeier, 1939 is especially distributed in the Northeast of the country, covering the Caatinga and Atlantic Forest Biomes. The objective of this work was to sequence four complete mitochondrial genomes for the species A. opaciceps, A. colombica, A. texana and A. sexdens rubropilosa and to analyze the population structure of A. opaciceps using cytochrome oxidase I subunit (COI) sequences. In the assemblage of the genome, the reads for the species A. opaciceps were obtained from the sequencing, whereas for the other species the reads were obtained from the NCBI. For the assembly of the genomes, the reads of the four species were mapped using the mitochondrial genome of A. laevigata as reference and Geneious software for the phylogenetic analyzes. The analyzes for the intergenic spaces showed that in Atta they are larger than outside the group, concluding that Atta mitogenomas are characterized by a high conservation in the order and organization of the genes. For a phylogeographic approach based on the mitochondrial COI gene, 11 collection points were sampled for the A. opaciceps species distributed in the Northeast Region with two Biomes (Caatinga and Mata Atlântica). It was also estimated the phylogeographic grouping using Bayesian analysis and modeling of climatic niches thus identifying five haplotypes distributed throughout the geographic region. Revealing that the Caatinga and Atlantic Forest Biomes did not influence the modeling of the populations of A. opaciceps, and suggests that the species has a wide dispersion and adaptation capacity to the different Biomes. |
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Genômica comparativa e filogeográfica em espécies do gênero Atta (HYMENOPTERA: FORMICIDAE)Comparative and philogenografic genomics in gender species Atta (HYMENOPTERA: FORMICIDAE)AttniDNA mitocondrialGenética de populaçõesMitochondrial DNAGenetics of populationsCNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIALeaf-cutting ants of the genus Atta are widely distributed throughout the Neotropical Region, being important pests of agricultural and forest crops. In Brazil, they are distributed throughout the national territory. The species Atta opaciceps Borgmeier, 1939 is especially distributed in the Northeast of the country, covering the Caatinga and Atlantic Forest Biomes. The objective of this work was to sequence four complete mitochondrial genomes for the species A. opaciceps, A. colombica, A. texana and A. sexdens rubropilosa and to analyze the population structure of A. opaciceps using cytochrome oxidase I subunit (COI) sequences. In the assemblage of the genome, the reads for the species A. opaciceps were obtained from the sequencing, whereas for the other species the reads were obtained from the NCBI. For the assembly of the genomes, the reads of the four species were mapped using the mitochondrial genome of A. laevigata as reference and Geneious software for the phylogenetic analyzes. The analyzes for the intergenic spaces showed that in Atta they are larger than outside the group, concluding that Atta mitogenomas are characterized by a high conservation in the order and organization of the genes. For a phylogeographic approach based on the mitochondrial COI gene, 11 collection points were sampled for the A. opaciceps species distributed in the Northeast Region with two Biomes (Caatinga and Mata Atlântica). It was also estimated the phylogeographic grouping using Bayesian analysis and modeling of climatic niches thus identifying five haplotypes distributed throughout the geographic region. Revealing that the Caatinga and Atlantic Forest Biomes did not influence the modeling of the populations of A. opaciceps, and suggests that the species has a wide dispersion and adaptation capacity to the different Biomes.CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorAs formigas cortadeiras do gênero Atta são amplamente distribuídas em toda a Região Neotropical, sendo importantes pragas de culturas agrícolas e florestais. No Brasil, estão distribuídas em todo o território nacional. A espécie Atta opaciceps Borgmeier, 1939 está especialmente distribuída pela Região Nordeste do país, abrangendo os Biomas Caatinga e Mata Atlântica. O trabalho teve como objetivos: sequenciar quatro genomas mitocondriais completos para as espécies A. opaciceps, A. colombica, A. texana e A. sexdens rubropilosa e analisar a estrutura populacional de A. opaciceps utilizando sequências do citocromo oxidase subunidade I (COI). Na montagem do genoma, os reads para a espécie A. opaciceps foi obtido a partir do sequenciamento, já para as outras espécies os reads foram obtidos a partir do NCBI. Para a montagem dos genomas, os reads das quatro espécies foram mapeadas usando o genoma mitocondrial de A. laevigata como referência e software Geneious para as análises filogenéticas. As análises para os espaços intergênicos mostraram que em Atta são maiores do que fora do grupo, concluindo que os mitogenomas de Atta são caracterizados por uma alta conservação na ordem e organização dos genes. Para abordagem filogeográfica baseada no gene mitocondrial COI foram amostrados 11 pontos de coleta para a espécie A. opaciceps distribuídos na Região Nordeste com abrangência de dois Biomas (Caatinga e Mata Atlântica). Também foi estimado o agrupamento filogeográfico usando análise bayesiana e modelagem de nichos climáticos identificando assim, cinco haplótipos distribuídos ao longo de toda a região geográfica. Revelando que os Biomas Caatinga e Mata Atlântica não influenciaram na modelagem das populações de A. opaciceps, e sugere que a espécie possui uma ampla capacidade de dispersão e adaptação aos distintos Biomas.Universidade Federal de AlagoasBrasilPrograma de Pós-Graduação em Proteção de PlantasUFALSantana, Antônio Euzébio Goularthttp://lattes.cnpq.br/8895697287739745Almeida, Cícero Carlos de Souzahttp://lattes.cnpq.br/3876347898308761Lima, Gaus Silvestre de Andradehttp://lattes.cnpq.br/8851828663496808Silva, José Vieirahttp://lattes.cnpq.br/1486976322907798Costa, João Gomes dahttp://lattes.cnpq.br/0449078764189687Barbosa, Josefa Tatiana de Souza2018-08-07T03:03:22Z2018-08-022018-08-07T03:03:22Z2018-02-28info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfBARBOSA, Josefa Tatiana de Souza. Genômica comparativa e filogeográfica em espécies do gênero Atta (HYMENOPTERA: FORMICIDAE). 2018. 62 f. Tese (Doutorado em Proteção de Plantas) – Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Proteção de Plantas, Universidade Federal de Alagoas, Rio Largo, 2018.http://www.repositorio.ufal.br/handle/riufal/3264porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da Universidade Federal de Alagoas (UFAL)instname:Universidade Federal de Alagoas (UFAL)instacron:UFAL2018-08-07T03:19:38Zoai:www.repositorio.ufal.br:riufal/3264Repositório InstitucionalPUBhttp://www.repositorio.ufal.br/oai/requestri@sibi.ufal.bropendoar:2018-08-07T03:19:38Repositório Institucional da Universidade Federal de Alagoas (UFAL) - Universidade Federal de Alagoas (UFAL)false |
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