Genômica comparativa de Shigella spp. isoladas de crianças com doenças diarreicas na Amazônia

• Autor(a) principal: Verçosa, João Victor de Melo
• Data de Publicação: 2018
• Outros Autores: http://lattes.cnpq.br/8208209728049681
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM
• Texto Completo: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/7146
• topic: Shigella; Genômica; Bioinformática; Shigelose; SST3; CIÊNCIAS BIOLÓGICAS

A diarreia é a segunda maior causa de mortalidade infantil no mundo. Dentre as doenças diarreicas, destaca-se a shigelose, uma doença caracterizada pela presença de muco e sangue nas fezes, além de febre, cólica e tenesmos. Atualmente no mundo, ocorrem cerca de 165 milhões de casos da doença com 1,5 milhões de mortes por ano. Essa doença tem como seu agente etiológico a Shigella, sendo quatro espécies pertencentes a este gênero: S. flexneri, S. sonnei, S. boydii e S. dysenteriae; sendo as duas primeiras as mais endêmicas no mundo. A patogenicidade da Shigella é dependente do Sistema de Secreção do Tipo 3 (SST3), localizado no pINV, um plasmídeo de invasão encontrado em todas as espécies do gênero. O SST3 expressa proteínas que driblam o sistema imunológico do hospedeiro, fazendo com que a bactéria consiga se alojar e multiplicar-se dentro das células epiteliais do intestino. Além do SST3, podem ser encontrados na Shigella os Sistemas de Secreção Tipo II (SST2) e VI (SST6), o primeiro em S. boydii e o segundo, mais recentemente descrito, em S. sonnei. Um estudo realizado pelo grupo Diagnóstico e Controle de Doenças Infecciosas na Amazônia (DCDIA) em 2009, foram coletadas amostras de fezes de 1339 crianças, no qual foram encontradas 30 cepas de Shigella. Destas, foram selecionadas 7, que seguiram para o sequenciamento completo de seus genomas no equipamento Illumina HiSeq 2500. Os contigs foram montados utilizando a abordagem de novo, no software Velvet e os scaffolds montados pelo ABACAS. A anotação foi feita pelo pipeline do Prokka. As amostras foram classificadas a partir da comparação de sequencias em vários bancos de dados, como Genbank, utilizando a ferramenta BLAST, RDP e SILVA. Das 7 bactérias, 4 foram classificadas como S. flexneri e 3, como S. boydii, uma espécie raramente encontrada fora da índia. Com uma anotação feita pelo KAAS, foram visualizadas vias metabólicas no KEGG, utilizando o pacote Pathway, no qual foi identificado o SST6 nas 3 representantes da S. boydii. Esse sistema garante uma vantagem adaptativa competitiva para a bactéria, podendo ser a resposta do porquê o número de casos com S. boydii fora da Índia tem crescido.