Detecção automática de bacilos em baciloscopia de campo claro usando aprendizado profundo e técnica de imagem mosaico
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Data de Publicação: | 2020 |
Outros Autores: | |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM |
Texto Completo: | https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/7938 |
Resumo: | A Tuberculose (Tb) é uma das 10 principais causas de morte em todo o mundo. O diagnóstico e o tratamento da Tb nos seus estados iniciais são fundamentais para o diminuir o índice de pessoas afetadas pela doença, visto que a transmissão do bacilo de Kock, o agente causador da Tb, é feito por via respiratória. Com o objetivo de auxiliar os especialistas no diagnóstico dessa doença, muitos trabalhos têm sido desenvolvidos para a detecção automática do bacilo de Kock em imagens de baciloscopia de campo claro, exame frequentemente utilizado para o diagnóstico da doença. Neste trabalho é apresentado um método de detecção de bacilos utilizando redes neurais convolucionais (RNC) para realizar a tarefa de segmentação associadas a uma técnica de construção das imagens do banco de dados que foi denominado como imagemmosaico. A metodologia consiste na implementação de redes neurais convolucionais para realizar a segmentação de objetos de interesse, no caso bacilos, em uma imagem-mosaico, seguida da contagem dos bacilos segmentados. Foram avaliadas três arquiteturas de RNC, três métodos de otimização e quatro métodos para avaliar a generalização de cada arquitetura. Ao todo foram realizadas 36 simulações. Avaliando os desempenhos das simulações, verificou-se que as redes com poucas camadas tem maior incidência de ruídos, ou seja, pixels classificados erroneamente como bacilos. Isso deve-se ao fato de que poucas camadas prejudicam o aprendizado da rede para diferenciar as classes. A arquitetura com maior quantidade de camadas, método de otimização ADAM e método de generalização com a camada dropout apresentou melhores resultados em relação às outras simulações. Esse modelo alcançou valores acima de 99% para as métricas acurácia, precisão, sensibilidade, especificidade e F1-score, métricas essas que foram utilizadas na avaliação dos modelos. |
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Detecção automática de bacilos em baciloscopia de campo claro usando aprendizado profundo e técnica de imagem mosaicoTuberculose - DiagnósticoBaciloscopiaBacilo de KockRedes neurais (Computação)Imagem-mosaico (Banco de dados)ENGENHARIAS: ENGENHARIA ELÉTRICATuberculoseBaciloscopiaBacilo de KockRedes neurais convolutivasSegmentaçãoImagem-mosaicoA Tuberculose (Tb) é uma das 10 principais causas de morte em todo o mundo. O diagnóstico e o tratamento da Tb nos seus estados iniciais são fundamentais para o diminuir o índice de pessoas afetadas pela doença, visto que a transmissão do bacilo de Kock, o agente causador da Tb, é feito por via respiratória. Com o objetivo de auxiliar os especialistas no diagnóstico dessa doença, muitos trabalhos têm sido desenvolvidos para a detecção automática do bacilo de Kock em imagens de baciloscopia de campo claro, exame frequentemente utilizado para o diagnóstico da doença. Neste trabalho é apresentado um método de detecção de bacilos utilizando redes neurais convolucionais (RNC) para realizar a tarefa de segmentação associadas a uma técnica de construção das imagens do banco de dados que foi denominado como imagemmosaico. A metodologia consiste na implementação de redes neurais convolucionais para realizar a segmentação de objetos de interesse, no caso bacilos, em uma imagem-mosaico, seguida da contagem dos bacilos segmentados. Foram avaliadas três arquiteturas de RNC, três métodos de otimização e quatro métodos para avaliar a generalização de cada arquitetura. Ao todo foram realizadas 36 simulações. Avaliando os desempenhos das simulações, verificou-se que as redes com poucas camadas tem maior incidência de ruídos, ou seja, pixels classificados erroneamente como bacilos. Isso deve-se ao fato de que poucas camadas prejudicam o aprendizado da rede para diferenciar as classes. A arquitetura com maior quantidade de camadas, método de otimização ADAM e método de generalização com a camada dropout apresentou melhores resultados em relação às outras simulações. Esse modelo alcançou valores acima de 99% para as métricas acurácia, precisão, sensibilidade, especificidade e F1-score, métricas essas que foram utilizadas na avaliação dos modelos.Tuberculosis (Tb) is one of the top 10 causes of death worldwide. The diagnosis and treatment of Tb in its early states are fundamental to reduce the rate of people affected by the disease, since the transmission of the Kock bacillus, the agent that causes Tb, is done through the respiratory route. To assist specialists in the diagnosis of this disease, many studies have been published to automatic detection of Kock's bacillus in bright field smear images, an exam frequently used to diagnose the disease. In this work, a bacillus detection method using convolutional neural networks (RNC) is presented to perform a segmentation task associated with a technique do build the images of the database, called image mosaic names. The methodology consists in the implementation of convolutional neural networks to perform a segmentation of objects of interest, in the case, the bacilli, in a mosaic image, followed by counting of segmented bacilli. Three RNC architectures, three optimization methods and four methods to evaluate a generalization of each architecture were evaluated. In total, 36 simulations were performed. Evaluating the simulation performances, we verified that networks with few layers, with a higher noise incidence, that is, some pixels are wrongly classified as bacilli. This is because few layers impair the network learning and the classes differentiation. An architecture with more layers, using the ADAM optimization method and the dropout generalization method shows the best results when compared to other models. This model reached values for metrics precision, precision, sensitivity, specificity and F1 score above 99%. These metrics were used for model’s evaluation.FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do AmazonasUniversidade Federal do AmazonasFaculdade de TecnologiaBrasilUFAMPrograma de Pós-graduação em Engenharia ElétricaCosta Filho, Cicero Ferreira Fernandeshttp://lattes.cnpq.br/3029011770761387Pereira, José Raimundo Gomeshttp://lattes.cnpq.br/3697983438100904Fujimoto, Luciana Botinelly Mendonçahttp://lattes.cnpq.br/5376739841367427Serrão, Mikaela Kalline Macielhttp://lattes.cnpq.br/52295543600488612020-09-21T23:47:17Z2020-03-03info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfSERRÃO, Mikaela Kalline Maciel. Detecção automática de bacilos em baciloscopia de campo claro usando aprendizado profundo e técnica de imagem mosaico. 2020. 82 f. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade Federal do Amazonas, Manaus, 2020.https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/7938porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAMinstname:Universidade Federal do Amazonas (UFAM)instacron:UFAM2020-09-22T05:04:09Zoai:https://tede.ufam.edu.br/handle/:tede/7938Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://200.129.163.131:8080/PUBhttp://200.129.163.131:8080/oai/requestddbc@ufam.edu.br||ddbc@ufam.edu.bropendoar:65922020-09-22T05:04:09Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM - Universidade Federal do Amazonas (UFAM)false |
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A Tuberculose (Tb) é uma das 10 principais causas de morte em todo o mundo. O diagnóstico e o tratamento da Tb nos seus estados iniciais são fundamentais para o diminuir o índice de pessoas afetadas pela doença, visto que a transmissão do bacilo de Kock, o agente causador da Tb, é feito por via respiratória. Com o objetivo de auxiliar os especialistas no diagnóstico dessa doença, muitos trabalhos têm sido desenvolvidos para a detecção automática do bacilo de Kock em imagens de baciloscopia de campo claro, exame frequentemente utilizado para o diagnóstico da doença. Neste trabalho é apresentado um método de detecção de bacilos utilizando redes neurais convolucionais (RNC) para realizar a tarefa de segmentação associadas a uma técnica de construção das imagens do banco de dados que foi denominado como imagemmosaico. A metodologia consiste na implementação de redes neurais convolucionais para realizar a segmentação de objetos de interesse, no caso bacilos, em uma imagem-mosaico, seguida da contagem dos bacilos segmentados. Foram avaliadas três arquiteturas de RNC, três métodos de otimização e quatro métodos para avaliar a generalização de cada arquitetura. Ao todo foram realizadas 36 simulações. Avaliando os desempenhos das simulações, verificou-se que as redes com poucas camadas tem maior incidência de ruídos, ou seja, pixels classificados erroneamente como bacilos. Isso deve-se ao fato de que poucas camadas prejudicam o aprendizado da rede para diferenciar as classes. A arquitetura com maior quantidade de camadas, método de otimização ADAM e método de generalização com a camada dropout apresentou melhores resultados em relação às outras simulações. Esse modelo alcançou valores acima de 99% para as métricas acurácia, precisão, sensibilidade, especificidade e F1-score, métricas essas que foram utilizadas na avaliação dos modelos. |
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