Análise comparativa de genomas de Leptospira Interrogans isoladas de cães, humano e roedor em um mesmo cenário epidemiológico.

• Autor(a) principal: Paz, Lucas Nogueira
• Data de Publicação: 2022
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFBA
• Texto Completo: https://repositorio.ufba.br/handle/ri/38353
• topic: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS; Saúde pública; Genômica comparativa; Leptospira; Epidemiologia e serviços de saúde; Public health, Comparative genomics, Average nucleotide identity, Leptospira ssp., Next-generation sequencing

PAZ, L. N. Análise comparativa de genomas de Leptospira interrogans isoladas de cães, humano e roedor em um mesmo cenário epidemiológico, Salvador, 2022. 97p. Tese (Doutor em Ciência Animal nos Trópicos) - Escola de Medicina Veterinária e Zootecnia – Universidade Federal da Bahia. A leptospirose é uma doença infectocontagiosa de caráter zoonótico com importante impacto na saúde pública. O conhecimento sobre a circulação e diversidade de cepas patogênicas de Leptospira e sua interação com os hospedeiros, em diferentes cenários epidemiológicos, é fundamental para o controle e profilaxia da leptospirose. A genômica comparativa auxilia na compreensão de mecanismos de infecção, bem como resistência ou susceptibilidade à antimicrobianos, sendo tais aspectos da patogênese da leptospirose muito pouco compreendidos. O presente estudo objetivou comparar o genoma de cepas de Leptospira interrogans, sorogrupo Icterohaemorrhagiae, isoladas a partir de amostras de cães, roedor e humanos, em um mesmo cenário epidemiológico. Foi realizado o sequenciamento de quatro isolados (C20, C29, C51, C82) de L. interrogans obtidos de amostras de sangue e urina de cães naturalmente infectados e com sintomatologia clínica. Adicionalmente, foram recuperados do GenBank os dados brutos de sequenciamento de uma cepa isolada a partir de amostra de roedor e o arquivo FASTA contendo a sequência da cepa de referência L1-130, isolada de amostra de humanos, ambas provenientes do mesmo cenário epidemiológico que as amostras de cães. Após avaliação da qualidade das leituras, sequências (caninas e roedor) foram submetidas ao pipeline de montagem visando a obtenção de contigs e/ou scaffolds de alta qualidade. Posteriormente, realizou-se análise de filogenia utilizando o gene ppk, com auxílio do programa MEGA-X, e a identidade média de nucleotídeos foi calculada com auxílio do programa pyani. A anotação dos genomas foi realizada com os programas PGAP e RAST. Por fim, a sintenia e a comparação entre o conteúdo gênico foram realizadas com auxílio dos programas BRIG, Artemis e Mauve. O pipeline utilizado permitiu a obtenção de dois scaffolds correspondentes aos cromossomos 1 e 2, em cada uma das amostras. A profundidade mínima observada foi de 81,9 para a amostra C20; e todas as sequencias apresentaram cobertura maior que 99%. As análises filogenética e de similaridade genômica permitiram a confirmação dos isolados como L. interrogans. Quando comparados com a cepa de referência, os genomas dos isolados de caninos e de roedor apresentaram alta identidade e sintenia. Entretanto, também se pode observar pequenas regiões de diferença, sobretudo x quanto ao genoma obtido em amostra de roedor. Foi observada a presença de 23 genes potencialmente associados à formação de biofilme, com identificação de mutações missense em sete genes. A obtenção de genomas com alta qualidade ainda permanece como uma tarefa desafiadora e é indispensável na genômica comparativa, funcional e estrutural. Frente a necessidade do entendimento sobre as bases moleculares envolvidas na formação de biofilme, é de fundamental importância compreender qual efeito das mutações na expressão do fenótipo (biofilme) entre diferentes sorovares. Os dados obtidos nos permitem inferir que cães, roedores e humanos são infectados com cepas altamente relacionadas ressaltando que esses animais desempenham importante papel na saúde pública.